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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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[交流] 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧 已有75人参与

硬盘快爆了 整理东西 偶然发现的好玩的小东西 我就直接发上来吧

专门用来存放学习资料的文件夹已经20多G了 大部分文件都比较大 发不上来 很小同时很有意思的小东西 我就随手放上来吧

先来一个 当年自己年轻时候画的，太花哨了


[ Last edited by yjcmwgk on 2011-3-20 at 17:33 ]
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1楼 2011-03-20 16:42:32
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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电子书下载地址

<<>>
电子图书馆：http://mail.zzrtu.com/book/
浙江大学：http://www.cadal.zju.edu.cn/Index.action
广东电子书刊：http://www.guangdongdz.com/kind1.html
35000本电子书免费下载：http://epasser.aydc.com.cn/
华东理工大图书馆：http://202.120.96.42/jbook/querybookx.aspx
国内图书馆大全：http://www.lib.tsinghua.edu.cn/chinese/otherlib
超多免费英文杂志全文可下载（1440种杂志）http://www.freemedicaljournals.com/
超多资料下载：http://www.gse.pku.edu.cn/yearbo ... arbook01/indexC.htm
清华大学网络课件资源库：http://202.200.144.26/ex/tsinghua/index.htm
免费电子图书仓库：http://cq.netsh.com/eden/bbs/745606/
北海市图书馆：http://www.bhlib.com/PDF-01.htm
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14楼2011-03-20 16:54:01
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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gaussian中得到波函数文件的方法在AIM进行下一步的计算

用AIM计算分子有关性质，首先需要用gaussian得到其波函数文件，一般情况下对构建的3D分子需要进行优化。得到gaussian的输入文件有很多办法，可以手动输入，也可通过相应软件如gaussview 或chem3D等。
以丙稀C3H6为例。首先在Chem3D中得到其3D分子构型。以PM3进行预优化，创建gaussian输入文件如下:

%Chk=c3h6.chk
# RHF/6-31G(d,p) Opt
c3h6

0 1
C 0 -1.107827 -0.000354 -0.596735
C 0 0.220172 -0.000354 -0.596735
C 0 1.034471 -0.000354 0.639204
H 0 -1.693653 0.000548 -1.510653
H 0 -1.703206 -0.000748 0.312312
H 0 0.782056 -0.000536 -1.538424
H 0 1.681046 -0.887459 0.675106
H 0 0.424156 0.002492 1.552111
H 0 1.684919 0.884001 0.672241

对此文件稍加修改，在＃行后加入 output＝wfn，在坐标最后加上存放的名字，如C3H6.wfn。默认的存放路径为gaussian安装路径下的Scratch文件夹。可将其改为所需的另外的文件夹,如F:\GaussOutput\C3H6.wfn。至此gaussian中输入文件变为

%Chk=c3h6.chk
# RHF/6-31G(d,p) Opt output=wfn

c3h6

0 1
C 0 -1.107827 -0.000354 -0.596735
C 0 0.220172 -0.000354 -0.596735
C 0 1.034471 -0.000354 0.639204
H 0 -1.693653 0.000548 -1.510653
H 0 -1.703206 -0.000748 0.312312
H 0 0.782056 -0.000536 -1.538424
H 0 1.681046 -0.887459 0.675106
H 0 0.424156 0.002492 1.552111
H 0 1.684919 0.884001 0.672241

F:\GaussOutput\C3H6.wfn

计算完毕，正常结束即可导入AIM2000中进行下一步的计算。
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15楼2011-03-20 16:54:30
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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常用积分公式

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16楼2011-03-20 16:55:16
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yjcmwgk

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Mulliken

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17楼2011-03-20 16:56:37
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

Lacvp

我看见好多关于铁卟啉与氧原子作用的文章，很多人都在用schrodinger公司编写的jagua
r软件中的lacvp基组。我就想啊，这个lacvp到底是何方神圣？周围用jaguar软件的人很少
，步老师那里的学生似乎也没有。后来在浩如烟海的CCL里面查了一通，终于查到了如下信
息：

From: Per-Ola Norrby <pon@kemi.dtu.dk>
Subject: CCL: W:LACVP
Date: Mon, 3 Oct 2005 09:57:33 +0200
Does anyone know where we can find the LACVP basis set? We're interested in mo
deling Platinum based drug compounds.

Sent to CCL by: Per-Ola Norrby [pon@kemi.dtu.dk]
It comes with the Jaguar program, it's just the old Hay-Wadt ECP+basis. In Gau
ssian, you get the same basis set by specifying a GEN basis with LANL2DZ on Pt
, 6-31G* on everything else, AND also read in the LANL2DZ pseudo-potentials us
ing PSEUDO=READ.
In Gaussian, you also have the option of adding some f-type polarization fro P
t without loosing too much performance, and also to split the basis a bit.

shit！原来LACVP就是把LANL2DZ和6-31G*用GENECP连接起来就行！让schrodinger公司故弄玄
虚！真是侮辱了伟大的薛定谔的大名！后来继续在google上折腾，在wavefunction网站上
，终于查清了详细的设置：

What is the LACVP basis set?
The LACVP series of basis sets is a combination of the successful 6-31G basis
set with the LANL2DZ effective core basis set. Specifically the atoms H - Ar a
re described with the 6-31G (or 6-31G*, 6-31+G** etc) basis set while heavier
atoms are modeled using the LANL2DZ basis set.

The atoms available in LACVP are shown in the following periodic table

  H                                                                   He
Li  Be                                            B   C   N   O   F  Ne
Na  Mg                                           Al  Si   P   S  Cl  Ar
  K  Ca  Sc   Ti   V  Cr  Mn  Fe  Co  Ni  Cu  Zn  Ga  Ge  As  Se  Br  Kr
Rb  Sr   Y   Zr  Nb  Mo  Tc  Ru  Rh  Pd  Ag  Cd  In  Sn  Sb  Te   I  Xe
Cs  Ba  La ^ Hf  Ta   W  Re  Os  Ir  Pt  Au  Hg  Tl  Pb  Bi  __  __  __
__  __  __ ^ __  __
    Lanthanides : __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __
    Actinides   : __ __  U Np Pu __ __ __ __ __ __ __ __ __

A summary of the shell splitting used in the basis set is as follows

[Symbol] [Splitting description] [C = core-electrons]
  H-He :    31 (SP)
Li-Ne :  6-31 (SP)
Na-Ar : 66-31 (SP)
  K-Ca : C3-41 (p=3-11)           C = Ne           (10e)
Sc-Cu : C3-41 (p=3-11 d=41)      C = Ne           (10e)
Zn    :  C-21 (p=11   d=41)      C = Ar           (18e)
Ga-Kr :  C-21 (p=21)             C = Ar + 3d      (28e)
Rb-Sr : C3-41 (p=3-21)           C = Ar + 3d      (28e)
  Y-Ag : C3-41 (p=3-21 d=31)      C = Ar + 3d      (28e)
Cd    :  C-21 (p=21   d=31)      C = Kr           (36e)
In-Xe :  C-21 (p=21)             C = Kr + 4d      (46e)
Cs-Ba : C3-41 (p=3-21)           C = Kr + 4d      (46e)
La    : C3-41 (p=3-21 d=21)      C = Kr + 4d      (46e)
Hf-Au : C3-41 (p=3-21 d=21)      C = Kr + 4d + 4f (60e)
Hg    :  C-21 (p=21   d=21)      C = Xe + 4f      (68e)
Tl-Rn :  C-21 (p=21   d=21)      C = Xe + 5d + 4f (78e)
Th-Lr : C4-51 (p=3-41 d=11 f=22) C = Xe + 5d + 4f (78e)

总之这个lacvp算是查清了。贴出来，大家一齐鄙视下schrodinger公司！！
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18楼2011-03-20 16:57:46
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AK47导气工作原理

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19楼2011-03-20 16:59:07
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yjcmwgk

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4f轨道图像







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20楼2011-03-20 17:00:30
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关于虚频的一个简单的理解

【奖励】 本贴被会员评价14次，作者zzgyb增加金币 11 个  
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专业: 木虫学
专辑: 论坛文集
关于虚频的一个简单的理解
★ ★ ★ ★
spur(金币+4,VIP+0):谢谢解惑！！

首先，什么是频率。
中学的时候我们学过简谐振动，对应的回复力是f=-kx,对应的能量曲线，是一个开口向上的二次函数E=kx^2/2. 这样的振动，对应的x=0的点是能量极小值点（简单情况下也就是最小值点）。这时的振动频率我们也会求：ω=2π sqrt(k/m)。显然它是一个正的频率，也就是通常意义下的振动频率。

那么，一维情况下，如果能量曲线是一个开口向下的二次曲线呢？首先，从能量上看，这是个不稳定的点，中学的物理书上称为“不稳平衡”。用现在的观点看，就是这一点导数是零（受力为0），且是能量极大值。如果套用上面的公式，“回复力”f=-k'x（实际上已经不是回复，而是让x越来越远了），这里k'是个负数，ω=2π sqrt(k'/m)显然就是一个虚数了，即所谓的虚频。Gaussian里面给出一个负的频率，就是对应这个虚频的。

实际情况下，分子的能量是一个高维的势能面，构型优化的时候，有时得到了极小值点，这样这个点的任意方向上，都可以近似为开口向上的二次函数，这样这里对应的振动频率就都是正的。对于极大值点，在每个方向都是开口向下的二次函数，那么频率就会都是负的——当然一般优化很少会遇到这样的情况。对于频率有正有负的情况，说明找到的点在某些方向上是极大值，有些方向上是极小值。如果要得到稳定的能量最低构型，显然需要通过微调分子的构型，消去所有的虚频。如何微调？要看虚频的振动方向。想象着虚频对应的就是开口向下的二次函数，显然，把分子坐标按照振动的方向移动一点点，分子应该就可以顺着势能面找到新的稳定点，但是也不能太小。而所谓的过渡态，则是连接反应物和产物之间的最低能量路径上的能量极大值。好比山谷中的A，B两点，它们之间的一个小土丘，就是过渡态，从A到B的反应，需要越过的是这个小土丘，而不是两边的高山。这样，过渡态就是在一个方向上是极大值，而在其它方向上都是极小值的点。因此，过渡态只有一个虚频。
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21楼2011-03-20 17:01:43
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过渡态的优化

10月13日
过渡态的优化
寻找过渡态不是一件容易的事（对于我和大多数刚涉及量化的人来说），因此我希望通过写这个经验小结能对大家有些帮助。

   1.首先遇到的问题是，用哪种方法来寻找过渡态？
   GAUSSIAN提供的方法是QSTN和TSN方法。两种方法各有优点和缺点。QSTN方法特别QST3方法要求输入反应物，过渡态的猜测结构，产物这三者的结构。特别麻烦。但很管用，一般不会出现不收敛的情况。对于TSN（对应关键词为OPT=TS）方法，只要求输入过渡态的初始结构，但这个初始结构非常的关键，如果结构不好，则很容易出现不收敛的情况。所以我建议，如果是刚开始做过度态的话，用QSTN方法是好的选择，等有了“感觉”之后，再用TSN方法。

   2. 怎么解决经常出现的错误？
   在找过度态的时候，经常碰到的一些问题就是（1）不收敛，（2）有一个错误的本征值（错误信息为：there is a wrong sign eigenvalue in hessian matrix.....)，（3）和LINK9999错误导致退出。对于不收敛的情况，可以分为两类，比如提示信息里的CONVERGENCE FAILER 提醒收敛到了10（-5），而此时你设定的SCF循环次数也仅仅是64步，那么完全有希望通过加大SCF循环次数来达到收敛的目的。倘若只收敛到10（-3）或10（-2），此时加大循环次数可能就没用了。结果还是CONVERGE FAILER。 此时可采用SCF=QC，来达到强制收敛的目的 。因为SCF=QC（LINK508）的计算量比默认的L502要大，所以不到万不得以就不用它了。出现第二个错误可以直接用 关键词OPT=NOEIGEN 来实现。LINK9999出错是因为已经走完了默认的步数，但还未完成。系统会自动跳出。出现这种情况大多数就是因为优化步数和SCF步数超过了默认值。可用OPT（MAXCYCLE=100）和SCF（MAXCYCLE=300）来改错。

   3.怎么样控制过渡态的优化，使得过渡态不至于收敛到其他的分子结构中去？
   我用GAUSS VIEW 可以解决这个问题 ，当刚开始运行GAUSSIAN时，你用GVIEW去打开输出文件时，你可以看到你的过渡态的初始输入结构，当一个循环过后（从上一个LINK502到下一个LINK502），你再打开输出文件，你就可以清晰地看到优化一步后分子的构型，这样就可以随时监控过度态分子的结构，倘若已经有收敛到其他分子构型的趋势时，你就可以把它给KILL了，而不至于需要等全部工作结束后，打开输出文件才知道已经不是想要的过渡态了。 如果收敛到其它的构型上去，可以考虑缩小OPT的步长.iop(1/8=2或3）即可。

   4. 还需要加其它的关键词吗？
   建议在OPT中加入CALCFC。这样可以加大找到过渡态的几率。本人深有体会！

   5. 如何控制寻找过渡态的步长？
   这个可以用IOP来实现。具体相应的IOP是iop(1/8)=2，此语句说明在找过度态的时候，以2A（A为基本单位长度）为单位来寻找过渡态。
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22楼2011-03-20 17:04:06
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Si的计算

10月13日
Si的计算
最近在用Gauss研究和Si有关的体系。和导师讨论之后有一些收获，与大家共享。

  1、 理论分析

   Si原子基态组态为3s23p2，即3s轨道填满，3p轨道填2个电子。这2个同科p电子耦合可以形成3P，1D和1S共三个谱项，每个谱项对应于一个总能。其中3P为基态，是9（3×3）重简并的（这里不考虑LS耦合）；1D和1S为激发态，分别是5重和单重简并的；因此共15个态。其能量由低到高的顺序可以由洪特规则判断为：3P1D–1S。

   如果允许一个s电子激发到p轨道，则可以形成3s13p3的激发组态。由1个s电子和3个同科p电子耦合可能形成的谱项可以如下判定：首先考虑3个同科p电子耦合，可以形成2P，2D和4S三个谱项；再耦合一个s电子，则可能形成的谱项为1P，3P；1D，3D；3S和5S，它们分别是3重、9重、5重、15重、3重和5重简并的，共40个态。由洪特规则判断其能量由低到高的顺序为：5S–3D–3P–3S–1D–1P。

   如果允许两个s电子都激发到p轨道，形成更高的激发组态3s03p4，则可能形成的谱项与3p2相同，为3P， 1D和1S。

   因此对于单重态Si原子，可能的谱项按能量由低到高应为：1D–1S–1D–1P–1D–1S；一共有5+1+5+3+5+1＝20个不同的态；而对于三重态Si原子，可能谱项的顺序则为：3P–3D–3P–3S–3P，一共有9+15+9+3+9＝45个不同的态。接下来我们用CAS分别对单重态和三重态进行计算。

  2、 使用CAS进行计算单重态Si原子

   对于CAS计算，需要指定活性空间的电子数N和分子轨道数M。对于Si原子，选择3s和3p价电子为活性空间的电子，并把3s和3p轨道作为活性空间的分子轨道，即N＝4，M=4。作为一个例子，这里选择较小的基组STO-3G计算。在通常情况下，还需要使用Guess=Alter或Guess=Permute以确定所选的轨道是所需的。但由于这个例子非常简单，因此无需进行判断。

   首先用如下的输入对单重态Si原子进行计算：

  #P CASSCF(4,4)/STO-3G

  Si Atom Singlet

  0 1
  Si

  
   在输出文件中可以找到如下的信息（部分被省略）：

   PRIMARY BASIS FUNCTION= 1 2 1 2
   2 SYMMETRY TYPE = 3
   1 2
   1 3
   3 SYMMETRY TYPE = 1
   1 3
   1 3
   ……
   20 SYMMETRY TYPE = 1
   3 4
   3 4
   NO OF BASIS FUNCTIONS = 20 NO TO BE DELETED = 0

   第一行“PRIMARY BASIS FUNCTION= 1 2 1 2”给出初始组态。在这个计算中活性空间一共有4个轨道，可以编号为1，2，3，4；并填入4个电子（2个alpha电子、2个beta电子）。这里“ 1 2 1 2”前面的“ 1 2”表示2个alpha电子分别填入1和2轨道，后面的“ 1 2”表示2个beta电子也填入1和2轨道。接下来输出的是激发组态，每3行表示一个组态。其中第一行是序号，及对称类型，第二行表示alpha电子的填充情况，第三行表示beta电子的填充情况。例如：

   2 SYMMETRY TYPE = 3
   1 2
   1 3

  表示第2个组态（即第1个激发组态）中2个alpha电子填入1和2轨道，而两个beta电子则填入1和3轨道。其余类推。

   从输出文件中可以看出，这4个电子在我们选定的4个轨道中一共可以形成20个不同的态，这和我们前面的分析是符合的。接下来我们加上NRoot=20选项输出所有20个能量本征值：

  #P CASSCF(4,4,NRoot=20)/STO-3G

  Si Atom Singlet

  0 1
  Si

  
   能量本征值的输出结果如下（省略了本征函数的结果）：

   ( 1) EIGENVALUE -285.4244894198
   ( 2) EIGENVALUE -285.4244894198
   ( 3) EIGENVALUE -285.4244894198
   ( 4) EIGENVALUE -285.4244894198
   ( 5) EIGENVALUE -285.4244894198
   ( 6) EIGENVALUE -285.3800354911
   ( 7) EIGENVALUE -284.9597239594
   ( 8) EIGENVALUE -284.9597239594
   ( 9) EIGENVALUE -284.9597239594
   (10) EIGENVALUE -284.9597239594
   (11) EIGENVALUE -284.9597239594
   (12) EIGENVALUE -284.9050226210
   (13) EIGENVALUE -284.9050226210
   (14) EIGENVALUE -284.9050226210
   (15) EIGENVALUE -284.6587631295
   (16) EIGENVALUE -284.6587631295
   (17) EIGENVALUE -284.6587631295
   (18) EIGENVALUE -284.6587631295
   (19) EIGENVALUE -284.6587631295
   (20) EIGENVALUE -284.5391130431

   可以看出( 1)到( 5)是5重简并的，对应于我们分析的1D (3s23p2)；( 6)不简并，对应于1S (3s23p2)；接下来的( 7)到(11)则对应于1D (3s23p2)；(12)到(14)对应于1P (3s13p3)；(15)到(19)对应于1D (3s03p4)；(20)对应于1S (3s03p4)。顺序与简并度都与我们的判断完全符合。另一方面，实验上可以定出Si原子在某些态跃迁时对应的光子频率（以cm-1为单位），因此可以得到对应态之间的能量差。例如对于3s23p2形成的1D和1S态，实验给出的能量差为：
  (15394.24 - 6298.81) / 109737.31 * 13.6 = 1.13 (eV)；
  而计算得到的能量差则为：
  (285.4244894198 - 285.3800354911) * 27.2 = 1.21 (eV)。
  二者也符合非常好。这样我们不仅完全理解了CAS对于Si原子激发态的计算结果，并对CAS的计算精度也有了一定了解。

  3、 使用CAS计算三重态Si原子

   仍然采用CAS(4,4)/STO-3G，输入如下：

  #P CASSCF(4,4)/STO-3G

  Si Atom Singlet

  0 3
  Si

  
   在输出文件中可以看到（部分被省略）：：

   PRIMARY BASIS FUNCTION= 1 2 3 1
   2 SYMMETRY TYPE = 2
   1 2 4
   1
   ……
   15 SYMMETRY TYPE = 3
   2 3 4
   4
   NO OF BASIS FUNCTIONS = 15 NO TO BE DELETED = 0

   也就是说Gauss判断只有15个态，即我们预期45个态的3分之一。考虑到我们计算的是3重态Si原子，我们可以判断：Gauss的这15个态并没有把自旋多重度包含进来；也就是说，对于3重态Si，总自旋z方向分量可以有-1、0、1三种可能，而显然Gauss只考虑了其中一种，即z方向分量为1的情况。因子只有预期的3分之一。为了验证这个判断，我们接下来我们用NRoot=15输出15个态的总能：

  #P CASSCF(4,4,NRoot=15)/STO-3G

  Si Atom Singlet

  0 3
  Si

  
   本征能量的输出结果如下（省略了本征矢量）：

   ( 1) EIGENVALUE -285.4771931916
   ( 2) EIGENVALUE -285.4771705603
   ( 3) EIGENVALUE -285.4755331430
   ( 4) EIGENVALUE -285.1588544212
   ( 5) EIGENVALUE -285.1587180933
   ( 6) EIGENVALUE -285.1586346814
   ( 7) EIGENVALUE -285.1581896041
   ( 8) EIGENVALUE -285.1581891466
   ( 9) EIGENVALUE -285.1041229954
   (10) EIGENVALUE -285.1040032414
   (11) EIGENVALUE -285.1034018646
   (12) EIGENVALUE -284.9396659869
   (13) EIGENVALUE -284.7136826269
   (14) EIGENVALUE -284.7114674021
   (15) EIGENVALUE -284.7113936872

   可以看出( 1)到( 3)是近似简并的，对应于我们预期的3P (3s23p2)，( 4)到( 8)也近似简并，对应于3D (3s13p3)，接下来的( 9)到(11)对应于3P (3s13p3)，(12)对应于3S (3s13p3)，(13)到(15)则对应于3P (3s03p4)。可以看出，除了各个态能量不简并之外，结果基本上和我们的预期符合，因此这进一步证实了我们的判断。当然，如果考虑LS耦合之后，3P也会按照总角量子数J而分裂。但由于Gauss在默认情况下没有考虑这个效应，因此Gauss给出的3P内部分裂不能与实验相比较，只能比较不同态之间的能量差。例如实验上给出3D (3s13p3)和3P (3s23p2)的能量差为：
  48399.15 / 109737.31 * 13.6 = 6.00 (eV)，
  而我们的结果为：
  (285.1581891466 - 285.4771931916) * 27.2 = 8.68 (eV)。
  二者有一定差别。另外，实验定出1D (3s23p2)与3P (3s23p2)的能量差（即单重态Si原子基态与三重态Si原子基态的能量差）为：
  6298.81 / 109737.31 * 13.6 = 0.78 (eV)；
  计算结果为：
  (285.4771931916 - 285.4244894198) * 27.2 = 1.12 (eV)。
  这些差别应该和基组较小、没有正确处理自旋轨道耦合等有关。

  光谱数据来源：Charlotte E. Moore，《Atomic Energy Levels as Derived From the Analyses of Optical Spectra, Volume I, H to V》，1971
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23楼2011-03-20 17:04:24
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