应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧
53/1返回列表
查看: 18189  |  回复: 105
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 QC强帖 ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧 已有75人参与

硬盘快爆了 整理东西 偶然发现的好玩的小东西 我就直接发上来吧

专门用来存放学习资料的文件夹已经20多G了 大部分文件都比较大 发不上来 很小同时很有意思的小东西 我就随手放上来吧

先来一个 当年自己年轻时候画的，太花哨了


[ Last edited by yjcmwgk on 2011-3-20 at 17:33 ]
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

cup.qzu ZDBWHZ 350735697 zln1987

» 猜你喜欢
1楼 2011-03-20 16:42:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

关于虚频的一个简单的理解

【奖励】 本贴被会员评价14次，作者zzgyb增加金币 11 个  
zzgyb  
Moderator

小木虫警察局局长



贵宾: 2.08
金币: 7108.7
帖子: 3801
流量: 16.9 MB
注册: 2005-12-16
来自: 北京
状态: 离线  
性别: GG
专业: 木虫学
专辑: 论坛文集
关于虚频的一个简单的理解
★ ★ ★ ★
spur(金币+4,VIP+0):谢谢解惑！！

首先，什么是频率。
中学的时候我们学过简谐振动，对应的回复力是f=-kx,对应的能量曲线，是一个开口向上的二次函数E=kx^2/2. 这样的振动，对应的x=0的点是能量极小值点（简单情况下也就是最小值点）。这时的振动频率我们也会求：ω=2π sqrt(k/m)。显然它是一个正的频率，也就是通常意义下的振动频率。

那么，一维情况下，如果能量曲线是一个开口向下的二次曲线呢？首先，从能量上看，这是个不稳定的点，中学的物理书上称为“不稳平衡”。用现在的观点看，就是这一点导数是零（受力为0），且是能量极大值。如果套用上面的公式，“回复力”f=-k'x（实际上已经不是回复，而是让x越来越远了），这里k'是个负数，ω=2π sqrt(k'/m)显然就是一个虚数了，即所谓的虚频。Gaussian里面给出一个负的频率，就是对应这个虚频的。

实际情况下，分子的能量是一个高维的势能面，构型优化的时候，有时得到了极小值点，这样这个点的任意方向上，都可以近似为开口向上的二次函数，这样这里对应的振动频率就都是正的。对于极大值点，在每个方向都是开口向下的二次函数，那么频率就会都是负的——当然一般优化很少会遇到这样的情况。对于频率有正有负的情况，说明找到的点在某些方向上是极大值，有些方向上是极小值。如果要得到稳定的能量最低构型，显然需要通过微调分子的构型，消去所有的虚频。如何微调？要看虚频的振动方向。想象着虚频对应的就是开口向下的二次函数，显然，把分子坐标按照振动的方向移动一点点，分子应该就可以顺着势能面找到新的稳定点，但是也不能太小。而所谓的过渡态，则是连接反应物和产物之间的最低能量路径上的能量极大值。好比山谷中的A，B两点，它们之间的一个小土丘，就是过渡态，从A到B的反应，需要越过的是这个小土丘，而不是两边的高山。这样，过渡态就是在一个方向上是极大值，而在其它方向上都是极小值的点。因此，过渡态只有一个虚频。
赞一下 回复此楼
21楼2011-03-20 17:01:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 106 个回答

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

共轭体系能级结构简图

赞一下 回复此楼
2楼2011-03-20 16:43:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

0710811132

3楼2011-03-20 16:45:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

计算机化学及化学软件网站大全

http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/ 化学软件网址列表。
http://antas.agraria.uniss.it/software.html 化学软件列表和FTP站点列表。
http://bogense.chem.ou.dk/~icc/software.html 计算化学软件相关的网址。
http://www.lctn.uhp-nancy.fr/Chercheurs/Xavier.Assfeld/links.html 量化软件，基组库，量化教学。
http://www.sc.ehu.es/powgep99/dcytp/teoricos/txoni/programak.htm 量子化学软件和其它有用的应用程序。
http://www.iupac.org/reports/1996/6802brown/ 量子化学缩写辞典。
http://ftp.nchc.gov.tw/pub/ 台湾高速电脑中心各学科领域研究软件，可以下载。包括Chemistry，databases，parallel，physics，visualization。
http://www.clarkson.edu/~pac/reps.html Clarkson大学相对论有效势数据库。提供第二至第六周期全部元素的相对论有效势基组下载，可以用在Gaussian和COLUMBUS上。
http://www.pnl.gov/quantum/ 有Dyall博士的《相对论量子化学》授课笔记下载，即将出书。
http://www.ccl.net/ Computational Chemistry List，有免费量化软件下载，以及量子化学论坛等。
http://www.scm.com/Doc/publist.html 与ADF软件有关的一些博士论文。从中可以学到很多量化知识。
http://leroy.uwaterloo.ca/ 处理双原子分子光谱参数的一些fortran源程序（LEVEL，BCONT，RKR1，DSParFit）。申请后，就会发到你的E-mail信箱。
http://zeus.polsl.gliwice.pl/~nikodem//linux4chemistry.html 集中了绝大多数用在Linux下的化学软件。
http://www.ghpcc.gzu.edu.cn/ 贵州大学高性能计算化学实验室，提供Gaussian94的Hartree-Fock，DFT，Moller-Plesset微扰和半经验量子化学在线计算。
http://www.chpcc.edu.cn/mulliken/index.html 清华大学高性能计算中心提供的Mulliken远程登录计算。 Mulliken是由IBM公司开发的一个可用于化学、医学、制药、生物等应用领域的软件，基于并行算法，户可以充分利用并行计算优势。用户只需简单地在已设计好的图形用户视窗界面上输入计算选项和参数，Mulliken就会自动把作业拆分到各个节点上去运行。Mulliken的基组函数丰富，作业递交简单明了，数据处理直观。 Mulliken可以处理的分子性质包括能量、生成热、离子势、电子亲和力、平衡构型、过渡态构型、活化能、反应路径、红外光谱、多极矩、静电势、可极化性以及原子电荷。在计算宏观性质时的主要对象是溶液，这些性质包括热容、可压缩性、径向分布函数、溶剂化自由能、蒸汽压、差分溶剂化自由能、分配系数和扩散系数。
http://linus.chem.wesleyan.edu/icc/ 一些量子化学计算的实验。
http://theo1.theochem.tu-muenchen.de/qcl/info/welcome_fe.html 一些量子化学计算的练习（需要注册获得账号密码）。
http://www.cobalt.chem.ucalgary. ... hm373/lectures.html 2001年计算化学冬季课程。从原子物理、光谱学，到量子化学的基础知识都有，可以下载很多PowerPoint、PDF文件。
http://202.206.106.100/qc/lzhx-0.htm 河北师范大学计算量子化学研究所蔡新华教授的量子化学在线教学。结构为：绪论，量子力学基础，原子结构，分子结构，量化程序应用。其中，量化程序应用一章包含详细的Gaussian98W和Hyperchem应用图示。
http://allserv.rug.ac.be/~tkuppens/chem.shtml 网上免费化学软件资源。按字母顺序排列，并允许访问者添加新软件。
http://chem.yonsei.ac.kr/~lsk/software.html 化学软件。
http://www.acm.org/calgo/contents/ 各种算法的程序。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/proj/crdb/ EMSL计算化学结果数据库，察看用各种理论、各种基组计算出的结果。255种分子，41种Atoms，37,071项数据。
http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/ David Young的计算化学专题文章。
http://www.webelements.com/ 元素周期表。
http://www.cpc.cs.qub.ac.uk/cpc/ 著名的物理和物理化学程序库，需要交钱注册才可以下载。
http://zarbi.chem.yale.edu/products/ 一些化学软件。其中有些是免费下载的。
http://users.unimi.it/~ddl/other_projects.htm 一些自由下载的化学软件，包括半经验量化计算程序MoPac 5.00和预测蛋白质结构的PREDATOR等。
http://pcgate.thch.uni-bonn.de/tc/grimme/vdftci/vdftci.html 对分子激发态使用组态相关的密度泛函计算。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/forms/basisform.html 著名的基组库。
http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/RHF.TABLES.txt ROOTHAAN-HARTREE-FOCK基态的原子波函。包括原子序数Z=2-54的Slater型轨道展开和期待值。
http://www.chem.uni-potsdam.de/linkcenter/download.html PC机化学软件下载站点。
http://www.smps.ntu.edu.au/chem_ref.html 网上的计算化学资源。
http://www.infochembio.ethz.ch/cheminfo/TheoretChemie.html 理论化学网络资源。
http://saturn.nchc.gov.tw:9091/soft_doc/ 量化、分子模型软件信息，包含G98中文使用说明。但是大部分无权访问。请与作者联系。 http://www.chem.swin.edu.au/modules/ 计算化学模型。简要介绍了半经验方法、从头计算方法、分子力学和分子动力学的理论和应用，以及Gaussian和Gamess的使用。在Direct use of interfaces中，包含MOPAC，Gaussian94，GAMESS在线计算。
http://dft.rutgers.edu/lib/和http://www.physics.rutgers.edu/~happel/lib/ 密度泛函Fortran程序库。提供很多DFT代码的子程序，每个子程序都有输入和输出的例子。
http://www.fz-juelich.de/nic-series/ 量化理论文章（第一至第三卷），PDF和PS格式。其中，第一卷和第三卷内容相同，第二卷只有摘要。
http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/SEARCH.en.html 计算化学资源。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/Richard%20Martin/martin.htm 密度泛函理论在线教程。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/ 伊利诺斯大学计算材料暑期学校在线课程。大部分课程都有讲义，演示，练习，以及理论计算代码下载。
http://www.imp.leeds.ac.uk/homes/PH/QWWAD/ 一些量子理论计算代码。
http://vchihaia.tripod.com/ASM.html 计算化学方面的资料。
http://webbook.nist.gov/chemistry/ 美国国家标准技术研究所主页（化学类），可以查找包括光谱在内的一些信息。
http://sdpd.univ-lemans.fr/museum/ 结晶学源代码博物馆，提供1960年至今相关源代码下载。
http://www.qchem.pnpi.spb.ru/publication/recp.html 有效核势库。不过内容比较少。
http://www.adi.uam.es/Docs/Knowl ... _Theory/theory.html 量化的一些基本理论
http://www.nchc.gov.tw/chinese/07_publication/nchcs/search.html G94中文简介和关键字，其中关键字缺少一部分（BIG5）。
http://www.asc.edu/outreach/seminars.shtml 计算化学讲座
赞一下(7人) 回复此楼
4楼2011-03-20 16:46:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 106 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭