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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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[交流] 【整理】今天整理硬盘上的资料,偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧 已有75人参与

硬盘快爆了 整理东西 偶然发现的好玩的小东西 我就直接发上来吧

专门用来存放学习资料的文件夹已经20多G了 大部分文件都比较大 发不上来 很小同时很有意思的小东西 我就随手放上来吧

先来一个 当年自己年轻时候画的,太花哨了


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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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共轭体系能级结构简图

2楼2011-03-20 16:43:05
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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计算机化学及化学软件网站大全

http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/ 化学软件网址列表。
http://antas.agraria.uniss.it/software.html 化学软件列表和FTP站点列表。
http://bogense.chem.ou.dk/~icc/software.html 计算化学软件相关的网址。
http://www.lctn.uhp-nancy.fr/Chercheurs/Xavier.Assfeld/links.html 量化软件,基组库,量化教学。
http://www.sc.ehu.es/powgep99/dcytp/teoricos/txoni/programak.htm 量子化学软件和其它有用的应用程序。
http://www.iupac.org/reports/1996/6802brown/ 量子化学缩写辞典。
http://ftp.nchc.gov.tw/pub/ 台湾高速电脑中心各学科领域研究软件,可以下载。包括Chemistry,databases,parallel,physics,visualization。
http://www.clarkson.edu/~pac/reps.html Clarkson大学相对论有效势数据库。提供第二至第六周期全部元素的相对论有效势基组下载,可以用在Gaussian和COLUMBUS上。
http://www.pnl.gov/quantum/ 有Dyall博士的《相对论量子化学》授课笔记下载,即将出书。
http://www.ccl.net/ Computational Chemistry List,有免费量化软件下载,以及量子化学论坛等。
http://www.scm.com/Doc/publist.html 与ADF软件有关的一些博士论文。从中可以学到很多量化知识。
http://leroy.uwaterloo.ca/ 处理双原子分子光谱参数的一些fortran源程序(LEVEL,BCONT,RKR1,DSParFit)。申请后,就会发到你的E-mail信箱。
http://zeus.polsl.gliwice.pl/~nikodem//linux4chemistry.html 集中了绝大多数用在Linux下的化学软件。
http://www.ghpcc.gzu.edu.cn/ 贵州大学高性能计算化学实验室,提供Gaussian94的Hartree-Fock,DFT,Moller-Plesset微扰和半经验量子化学在线计算。
http://www.chpcc.edu.cn/mulliken/index.html 清华大学高性能计算中心提供的Mulliken远程登录计算。 Mulliken是由IBM公司开发的一个可用于化学、医学、制药、生物等应用领域的软件,基于并行算法,户可以充分利用并行计算优势。用户只需简单地在已设计好的图形用户视窗界面上输入计算选项和参数,Mulliken就会自动把作业拆分到各个节点上去运行。Mulliken的基组函数丰富,作业递交简单明了,数据处理直观。 Mulliken可以处理的分子性质包括能量、生成热、离子势、电子亲和力、平衡构型、过渡态构型、活化能、反应路径、红外光谱、多极矩、静电势、可极化性以及原子电荷。在计算宏观性质时的主要对象是溶液,这些性质包括热容、可压缩性、径向分布函数、溶剂化自由能、蒸汽压、差分溶剂化自由能、分配系数和扩散系数。
http://linus.chem.wesleyan.edu/icc/ 一些量子化学计算的实验。
http://theo1.theochem.tu-muenchen.de/qcl/info/welcome_fe.html 一些量子化学计算的练习(需要注册获得账号密码)。
http://www.cobalt.chem.ucalgary. ... hm373/lectures.html 2001年计算化学冬季课程。从原子物理、光谱学,到量子化学的基础知识都有,可以下载很多PowerPoint、PDF文件。
http://202.206.106.100/qc/lzhx-0.htm 河北师范大学计算量子化学研究所蔡新华教授的量子化学在线教学。结构为:绪论,量子力学基础,原子结构,分子结构,量化程序应用。其中,量化程序应用一章包含详细的Gaussian98W和Hyperchem应用图示。
http://allserv.rug.ac.be/~tkuppens/chem.shtml 网上免费化学软件资源。按字母顺序排列,并允许访问者添加新软件。
http://chem.yonsei.ac.kr/~lsk/software.html 化学软件。
http://www.acm.org/calgo/contents/ 各种算法的程序。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/proj/crdb/ EMSL计算化学结果数据库,察看用各种理论、各种基组计算出的结果。255种分子,41种Atoms,37,071项数据。
http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/ David Young的计算化学专题文章。
http://www.webelements.com/ 元素周期表。
http://www.cpc.cs.qub.ac.uk/cpc/ 著名的物理和物理化学程序库,需要交钱注册才可以下载。
http://zarbi.chem.yale.edu/products/ 一些化学软件。其中有些是免费下载的。
http://users.unimi.it/~ddl/other_projects.htm 一些自由下载的化学软件,包括半经验量化计算程序MoPac 5.00和预测蛋白质结构的PREDATOR等。
http://pcgate.thch.uni-bonn.de/tc/grimme/vdftci/vdftci.html 对分子激发态使用组态相关的密度泛函计算。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/forms/basisform.html 著名的基组库。
http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/RHF.TABLES.txt ROOTHAAN-HARTREE-FOCK基态的原子波函。包括原子序数Z=2-54的Slater型轨道展开和期待值。
http://www.chem.uni-potsdam.de/linkcenter/download.html PC机化学软件下载站点。
http://www.smps.ntu.edu.au/chem_ref.html 网上的计算化学资源。
http://www.infochembio.ethz.ch/cheminfo/TheoretChemie.html 理论化学网络资源。
http://saturn.nchc.gov.tw:9091/soft_doc/ 量化、分子模型软件信息,包含G98中文使用说明。但是大部分无权访问。请与作者联系。 http://www.chem.swin.edu.au/modules/ 计算化学模型。简要介绍了半经验方法、从头计算方法、分子力学和分子动力学的理论和应用,以及Gaussian和Gamess的使用。在Direct use of interfaces中,包含MOPAC,Gaussian94,GAMESS在线计算。
http://dft.rutgers.edu/lib/http://www.physics.rutgers.edu/~happel/lib/ 密度泛函Fortran程序库。提供很多DFT代码的子程序,每个子程序都有输入和输出的例子。
http://www.fz-juelich.de/nic-series/ 量化理论文章(第一至第三卷),PDF和PS格式。其中,第一卷和第三卷内容相同,第二卷只有摘要。
http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/SEARCH.en.html 计算化学资源。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/Richard%20Martin/martin.htm 密度泛函理论在线教程。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/ 伊利诺斯大学计算材料暑期学校在线课程。大部分课程都有讲义,演示,练习,以及理论计算代码下载。
http://www.imp.leeds.ac.uk/homes/PH/QWWAD/ 一些量子理论计算代码。
http://vchihaia.tripod.com/ASM.html 计算化学方面的资料。
http://webbook.nist.gov/chemistry/ 美国国家标准技术研究所主页(化学类),可以查找包括光谱在内的一些信息。
http://sdpd.univ-lemans.fr/museum/ 结晶学源代码博物馆,提供1960年至今相关源代码下载。
http://www.qchem.pnpi.spb.ru/publication/recp.html 有效核势库。不过内容比较少。
http://www.adi.uam.es/Docs/Knowl ... _Theory/theory.html 量化的一些基本理论
http://www.nchc.gov.tw/chinese/07_publication/nchcs/search.html G94中文简介和关键字,其中关键字缺少一部分(BIG5)。
http://www.asc.edu/outreach/seminars.shtml 计算化学讲座
4楼2011-03-20 16:46:21
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禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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5楼2011-03-20 16:48:06
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禁虫 (文坛精英)

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看电脑眼睛不酸不胀的好方法

看电脑眼睛不酸不胀的好方法!(转载)     2007-06-07 21:18:06

我一个朋友前一段时间因为常常加班导致眼睛过度疲劳得了干眼症,医生建议她电脑屏幕不要用白色,因为白色对眼睛的刺激是最大的。像我们这样整天对着电脑,也应该注意一下。所以我就来向大家介绍一下怎样将电脑屏幕由刺眼的白色改为淡绿色,让大家在工作的同时,尽可能的将电脑对我们眼睛的伤害降到最低!
设置方法:打开控制面板中的"显示"选择外观(appearance)-高级(advanced),然后在项目(items)那栏选窗口(windows),再点颜色(color)-其它颜色(others),然后把Hue(色调)设为85,Sat(饱和度)设为90,Lum(亮度)设为205。然后单击添加到自定义颜色(Add to custom colors),按“确定”...一直确定。
把窗口设成绿色之后,再来把IE的网页背景也变成养眼的绿色吧:打开IE,点击工具(TOOLS),点INTERNET选项(INTERNET OPTIONS),点右下角的辅助功能(Assessibility),然后勾选不使用网页中指定的颜色(ignore colors specified on web pages),然后点“确定”退出。
  OK,现在你就会发现你的屏幕已经变成淡淡的绿色了 。
  这个颜色会比白色柔和许多,刚开始可能你还有些不适应,但确实对我们的眼睛有好处,所以贴出来给大家分享下
6楼2011-03-20 16:48:36
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原子轨道图像

8楼2011-03-20 16:49:40
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禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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国家级精品课程之化学

生物化学 北京大学 贾弘禔 医学 基础医学类
链接:http://jpkc.bjmu.edu.cn; 用户名:jpkc; 口令:jpkc; 备注:无

生物化学 中国医科大学 于秉治 医学 基础医学类
链接:http://www.cmu.edu.cn/curriculum/coursehome.asp?courseid=51221634; 用户名:无; 口令:无; 备注:无


中药化学 黑龙江中医药大学 匡海学 医学 中医学类
链接:http://www.hljucm.net/department/ver70item/jpk04/zyhx/setmain.htm; 用户名:无; 口令:无; 备注:教学录像
链接:http://210.46.96.21/jpsystem/properview.asp?lessonid=331; 用户名:无; 口令:无; 备注:其他资源

药物化学 中国药科大学 尤启冬 医学 药学类
链接:http://www.cpu.edu.cn/jpkc/mc/html/root/index.htm; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

反应工程 天津大学 辛峰 工学 化工与制药类
链接:http://202.113.13.85/; 用户名:tjujpk; 口令:tjujpk; 备注:无
链接:http://202.113.7.174:8080/; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

分析化学及实验 湖南大学 王玉枝 工学 化工与制药类
链接:http://jpkc.hnu.net.cn/; 用户名:无; 口令:无; 备注:无
链接:http://jpkc.hnu.cn/; 用户名:无; 口令:无; 备注:无
链接:http://jpkc.hunu.edu.cn/; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

化工原理 华东理工大学 齐鸣斋 工学 化工与制药类
链接:http://202.120.96.27; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

化工原理及实验 天津大学 贾绍义 工学 化工与制药类
链接:http://202.113.7.174/webclass; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

化工原理 北京化工大学 杨祖荣 工学 化工与制药类
链接:http://202.4.135.9; 用户名:buctjwc; 口令:buctjwc; 备注:无

物理化学 华东理工大学 黑恩成 工学 化工与制药类
链接:http://www.ecust.edu.cn/jpkc/index.htm; 用户名:无; 口令:无; 备注:暂时未设权限

食品化学 中国海洋大学 汪东风 工学 轻工纺织食品类
链接:http://211.64.132.80/food/index.asp; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

海洋化学 中国海洋大学 张正斌 理学 海洋科学类
链接:http://211.64.132.80/Chem/index.asp; 用户名:ocean; 口令:ocean; 备注:无

环境化学 浙江大学 朱利中 理学 环境科学类
链接:http://jpkc.zju.edu.cn; 用户名:zlz; 口令:123456; 备注:网上课件
链接:http://jpkc.zju.edu.cn/crs/hjhx/shitiku.htm; 用户名:zlz; 口令:123456; 备注:试题库

统计热力学 内蒙古大学 梁希侠 理学 物理学类
链接:http://202.207.146.222:9000/; 用户名:无; 口令:无; 备注:教学大纲、参考文献目录
链接:http://202.207.146.222:9000/; 用户名:无; 口令:无; 备注:课程教案、多媒体课件
链接:http://202.207.146.222:9000/; 用户名:无; 口令:无; 备注:部分习题解答、课后答疑
链接:http://202.207.146.222:9000/; 用户名:无; 口令:无; 备注:现场教学录象

反应工程 天津大学 辛峰 工学 化工与制药类
链接:http://202.113.13.85/; 用户名:tjujpk; 口令:tjujpk; 备注:无
链接:http://202.113.7.174:8080/; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

分析化学及实验 湖南大学 王玉枝 工学 化工与制药类
链接:http://jpkc.hnu.net.cn/; 用户名:无; 口令:无; 备注:无
链接:http://jpkc.hnu.cn/; 用户名:无; 口令:无; 备注:无
链接:http://jpkc.hunu.edu.cn/; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

化工原理 华东理工大学 齐鸣斋 工学 化工与制药类
链接:http://202.120.96.27; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

化工原理及实验 天津大学 贾绍义 工学 化工与制药类
链接:http://202.113.7.174/webclass; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

化工原理 北京化工大学 杨祖荣 工学 化工与制药类
链接:http://202.4.135.9; 用户名:buctjwc; 口令:buctjwc; 备注:无

物理化学 华东理工大学 黑恩成 工学 化工与制药类
链接:http://www.ecust.edu.cn/jpkc/index.htm; 用户名:无; 口令:无; 备注:暂时未设权限

无机化学 吉林大学 宋天佑 理学 化学类
链接:http://eol.jlu.edu.cn; 用户名:songty; 口令:970305; 备注:课程资源
链接http://eol.jlu.edu.cn/software/s... /inorchem/index.htm; 用户名:无; 口令:无; 备注:网络课程
链接:http://chem.jlu.edu.cn/eclass/; 用户名:无; 口令:无; 备注:视频课程
链接http://eol.jlu.edu.cn/software/s... /wjhx/rm/index.html; 用户名:无; 口令:无; 备注:教学录像

分析化学 北京大学 李克安 理学 化学类
链接:http://www.chem.pku.edu.cn/analcourse; 用户名:无; 口令:无; 备注:无
链接:http://www.chem.pku.edu.cn/; 用户名:zfl; 口令:2003chem; 备注:关于化学分析课及实验,注意请点击下面的栏目→教师FTP→分析化学
链接http://www.chem.pku.edu.cn/; 用户名:instanal; 口令:chem2001; 备注:关于仪器分析课及实验,注意请点击下面的栏目→教师FTP→分析化学

物理化学(工科) 北京化工大学 张常群 理学 化学类
链接:http://202.4.135.9/; 用户名:buctjwc; 口令:buctjwc; 备注:无

物理化学 南京大学 沈文霞 理学 化学类
链接:http://jw.nju.edu.cn/jingpin; 用户名:无; 口令:无; 备注:进入网站后请点击相应课程

有机化学及实验 大连理工大学 高占先 理学 化学类
链接:http://netclass.dlut.edu.cn; 用户名:u1; 口令:u1; 备注:课程资料(点击“有机化学”)
链接:http://202.118.76.6; 用户名:ylm; 口令:123456; 备注:网络课程(以教师身份登陆)

无机化学及实验 大连理工大学 孟长功 理学 化学类
链接:http://netclass.dlut.edu.cn; 用户名:u2; 口令:u2; 备注:课程资料

谱学导论 复旦大学 范康年 理学 化学类
链接:http://vcampus.fudan.edu.cn/jpkc; 用户名:psjs; 口令:psjs890; 备注:无

有机化学 中山大学 古练权 理学 化学类
链接:http://202.116.65.193/jinpinkc/index_sheng.htm; 用户名:无; 口令:无; 备注:无
链接:http://202.116.65.193/jinpinkc/youjihuaxue/; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

大学化学实验 南京大学 吴琴媛 理学 化学类
链接:http://jw.nju.edu.cn/jingpin2004; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

高分子化学 湖州师范学院 李敬芬 理学 化学类
链接:http://smkxxy.hutc.zj.cn/gaofenzi/1-kcjs/1-kcdw.htm; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

结构化学 兰州大学 李炳瑞 理学 化学类
链接:http://courseware.lzu.edu.cn; 用户名:无; 口令:无; 备注:详细资源名称列表请见后表"网上资源名称列表"

大学化学 哈尔滨工业大学 强亮生 理学 化学类
链接:http://hitjpkc.hit.edu.cn/; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

化学概论 南开大学 车云霞 理学 化学类
链接:http://202.113.21.85/jpkc.htm; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

结构化学 厦门大学 林梦海 理学 化学类
链接:http://210.34.0.161; 用户名:jpkc; 口令:xmujpkc; 备注:厦门大学精品课程建设网站教育网通道
链接:http://218.5.84.172; 用户名:jpkc; 口令:xmujpkc; 备注:厦门大学精品课程建设网站公众网通道
链接:http://ctc.xmu.edu.cn/jiegou; 用户名:无; 口令:无; 备注:厦门大学化学系结构化学网络课程

分析化学 厦门大学 郭祥群 理学 化学类
链接:http://210.34.0.161; 用户名:jpkc; 口令:xmujpkc; 备注:厦门大学精品课程建设网站教育网
链接:http://218.5.84.172; 用户名:jpkc; 口令:xmujpkc; 备注:厦门大学精品课程建设网站公众网
链接:http://chem.xmu.edu.cn/teach/fxhx/index.htm; 用户名:无; 口令:无; 备注:厦门大学分析化学网上教学
链接:http://210.34.14.15/teach/fxhx/netedu/public_html/index.html; 用户名:无; 口令:无; 备注:厦门大学分析化学网络课程

中级无机化学 西北大学 唐宗薰 理学 化学类
链接:http://jpkc.nwu.edu.cn/zjwjhx/index.htm; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

物理化学 吉林大学 杨永华 理学 化学类
链接:http://chem.jlu.edu.cn/eclass/zyjck/phychem/index.htm; 用户名:无; 口令:无; 备注:物理化学网络课程网址
链接rtsp://jpkc.jlu.edu.cn/jpkc/wlhx/1.rm; 用户名:无; 口令:无; 备注:主讲教师教学录像网址
链接rtsp://jpkc.jlu.edu.cn/jpkc/wlhx/2.rm; 用户名:无; 口令:无; 备注:主讲教师教学录像网址
链接rtsp://jpkc.jlu.edu.cn/jpkc/wlhx/3.rm; 用户名:无; 口令:无; 备注:主讲教师教学录像网址

分析化学及实验 大连理工大学 刘志广 理学 化学类
链接:http://netclass.dlut.edu.cn; 用户名:u7; 口令:u7; 备注:无
链接:http://analab.dlut.edu.cn; 用户名:无; 口令:无; 备注:无

普通和无机化学 北京大学 姚光庆 理学 化学类
链接:http://www.chem.pku.edu.cn/wuji; 用户名:无; 口令:无; 备注:无
链接:http://www.chem.pku.edu.cn-教师ftp-教师姓名; 用户名:无; 口令:无; 备注:无
10楼2011-03-20 16:51:28
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禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

11楼2011-03-20 16:52:10
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红外校正系数

12楼2011-03-20 16:53:00
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分子平衡构型

************************************
  分子的几何构型(Molecular Geometry)
  ************************************
  分子的平衡构型(molecular equilibrium geometry)是分子电子能量和核间排斥能量最小时分子的核排列。

  分子势能
  一个含有N个原子核的非线性分子的几何构型可以用3N-6个独立的核坐标决定,分子的电子能量,U(q1,q2,…,q3N-6)是这些坐标的函数。
  U = Ee +VNN
  注意到3个平移和3个转动自由度(线性分子的转动自由度为2)对U是没有贡献的,因此对一个双原子分子,U的表达式中仅仅保护一个变量,即两个核之间的距离U。
  对一个多原子分子,U是每两个原子核之间距离的函数,是分子势能面(potential energy surface, PES)的一部分。对某一特定的分子核排列下U的计算被成为单点(single-point)计算,因为这一计算仅仅涉及到分子PES上的一个点。一个大分子可能在其PES上有多个极小点,对应于不同的平衡构象和鞍点。

  分子构象
  分子构象(molecular conformation)可以通过指定围绕单键的二面角的指得到。在能量极小点处的分子构象称为构型(conformer)。

  几何构型优化
  从初始几何构型出发寻找U的极小值的过程称几何构型优化(geometry optimization)或者能量极小化(energy minimization)。极小化的算法同时计算U和U梯度。
  在一个局部最小点,U的3N-6个偏微分都是0。PES上▽U = 0的点称为稳定点(stationary point)或者判据点(critical point),它可以是极小点,极大点或者鞍点。
  除了▽U之外,一些最小化方法使用到U的二阶偏微分,从而生成Hessian矩阵,又称为力常数(force constant)矩阵,因为d^2U/Qi^2 = fi为力常数。
  如果一个稳定点是电子能量面上的一个极小点,其力常数矩阵的所有特征值都是正值。然而,若一个稳定点是过渡态(transition state, TS),其中一个特征值是负值。

  Newton-Rapson
  Newton-Rapson方法是一种非常有效的寻找多变量函数的局部极小点的算法,它将函数用Taylor展开到二次项,包括函数的一次和二次微分,并以此作为函数的近似。

  Quasi-Newton-Rapson
  计算自洽场(self consistent field, SCF)能量的二阶微分是非常耗时的,因此在优化时经常使用一种修正的方法,即quasi-Newton(或quasi-Newton-Rapson)方法。这种方法在每一步优化中通过计算梯度对Hessian值进行初始估算。

  优化方法
  为了优化几何构型,要先对平衡构型做一个估算,通常使用键长和键角的经验值。此外,我们还要选择好适当的方法和基组,然后就可以在所估算的平衡构型附近进行极小点的搜索了。软件对电子Schrodinger方程进行求解并得到U及其在初始构型处的梯度。通过这些数值对Hessian矩阵进行估算,并调整3N-6个核坐标以得到在初始构型附近但能量更低的新的分子构型。对新构型的U和▽U进行计算以继续改进分子坐标使分子构型更接近于极小点。SCF计算对新的分子构型不断重复,直到▽U和0之间的差足够小能满足对极小点的判据(critia)。一般而言,需要进行3N-6至两倍的SCF循环次数以找到一个极小点。(Gaussian默认的循环次数为两倍要优化的变量,有时候对OPT=Tight/Vtight需要增大循环次数)。
  [Schafer, J. Mol. Struct., 100, 51 (1983)]

  中间体
  局域最小点代表反应物,产物或者一个中间体(Intermediate),该中间体在多步反应中是既是一个反应的产物,同时又是另一个反应的反应物。因为反应中间体通常很快被反应掉或者其寿命很短而不能被光谱仪器检测到,中间体结构和能量的计算是计算化学中一个重要的应用。

  反应表面
  为了得到一个完整的反应表面U,假设我们需要在解电子Schrodinger方程时在反应面上对3N-6个变量各取约10个点,这样一共要进行103N-6个计算。实际上并非如此,我们利用反应面别的重要性质来得到局部最小点和过渡态。对于利用U表面特征的分析算法可以参照Szabo & Ostlund, Modern Quantum Chemistry, pp. 437 - 458.

  TS计算算法
  为寻找过渡态,在Gaussian程序中有几种方法可供选择。
  在Gaussian中的OPT=(TS,CalcFC)算法,需要输入一个估计的过渡态结构,该过渡态是反应物和产物之间的一个中间体。CalcFC指定对初始结构进行Hessian数值计算(用Newton-Rapson方法),而不是默认地对其二阶微分进行估算(用quasi-Newton-Rapson方法)。这一步骤增加了计算时间,但增大了TS寻找地成功率。
  另一个Gaussian TS搜索算法,由OPT=QST2指定,让程序自己通过反应物和产物的结构计算一个TS的初始结构。然后Gaussian用这一初始TS作为TS搜索的起始点。
  第三种Gaussian TS搜索方法,用OPT=QST3指定,在反应物,产物和用户给定的初始TS基础上进行搜索。
  判断一个鞍点和TS构型,我们需要进行频率计算。如果我们想知道一个鞍点是否是TS构型,并要研究反应机理,需要从鞍点出发,沿U表面的反应路径分别得到反应物和产物。
  对一个TS,其虚频所对应的简振模式下的原子位移方向分别指象反应物和产物。当计算出TS构型和振动频率以及能垒高度后,就可以通过过渡态理论(Transition State Theory)对反应速率进行计算了。
  一阶鞍点
  如果一个稳定点,即电子能量面上的一个极小点,是一个过渡态TS,其Hessian矩阵有且仅有一个负特征值。这个一阶鞍点条件意味着TS的能量在一个方向(负特征值)取得最大值,这一方向即反应坐标方向;而在其它方向上能量都是最小值(正特征值)。
  TS振动模式
  一个TS有3N-7(线性分子为3N-6)个标准振动,比正常的分子少一个。负的力常数的物理意义在于,与Hooke定律所定义的力不同,与TS虚频v#相关的力沿反应坐标,指向相反的,朝着产物的方向。频率v#,沿着反应坐标,是一个虚数。
13楼2011-03-20 16:53:35
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