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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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[交流] 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧 已有75人参与

硬盘快爆了 整理东西 偶然发现的好玩的小东西 我就直接发上来吧

专门用来存放学习资料的文件夹已经20多G了 大部分文件都比较大 发不上来 很小同时很有意思的小东西 我就随手放上来吧

先来一个 当年自己年轻时候画的，太花哨了


[ Last edited by yjcmwgk on 2011-3-20 at 17:33 ]
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cup.qzu ZDBWHZ 350735697 zln1987

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1楼 2011-03-20 16:42:32
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

gaussian中得到波函数文件的方法在AIM进行下一步的计算

用AIM计算分子有关性质，首先需要用gaussian得到其波函数文件，一般情况下对构建的3D分子需要进行优化。得到gaussian的输入文件有很多办法，可以手动输入，也可通过相应软件如gaussview 或chem3D等。
以丙稀C3H6为例。首先在Chem3D中得到其3D分子构型。以PM3进行预优化，创建gaussian输入文件如下:

%Chk=c3h6.chk
# RHF/6-31G(d,p) Opt
c3h6

0 1
C 0 -1.107827 -0.000354 -0.596735
C 0 0.220172 -0.000354 -0.596735
C 0 1.034471 -0.000354 0.639204
H 0 -1.693653 0.000548 -1.510653
H 0 -1.703206 -0.000748 0.312312
H 0 0.782056 -0.000536 -1.538424
H 0 1.681046 -0.887459 0.675106
H 0 0.424156 0.002492 1.552111
H 0 1.684919 0.884001 0.672241

对此文件稍加修改，在＃行后加入 output＝wfn，在坐标最后加上存放的名字，如C3H6.wfn。默认的存放路径为gaussian安装路径下的Scratch文件夹。可将其改为所需的另外的文件夹,如F:\GaussOutput\C3H6.wfn。至此gaussian中输入文件变为

%Chk=c3h6.chk
# RHF/6-31G(d,p) Opt output=wfn

c3h6

0 1
C 0 -1.107827 -0.000354 -0.596735
C 0 0.220172 -0.000354 -0.596735
C 0 1.034471 -0.000354 0.639204
H 0 -1.693653 0.000548 -1.510653
H 0 -1.703206 -0.000748 0.312312
H 0 0.782056 -0.000536 -1.538424
H 0 1.681046 -0.887459 0.675106
H 0 0.424156 0.002492 1.552111
H 0 1.684919 0.884001 0.672241

F:\GaussOutput\C3H6.wfn

计算完毕，正常结束即可导入AIM2000中进行下一步的计算。
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15楼2011-03-20 16:54:30
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

共轭体系能级结构简图

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2楼2011-03-20 16:43:05
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0710811132

3楼2011-03-20 16:45:41
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

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http://antas.agraria.uniss.it/software.html 化学软件列表和FTP站点列表。
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http://www.iupac.org/reports/1996/6802brown/ 量子化学缩写辞典。
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http://allserv.rug.ac.be/~tkuppens/chem.shtml 网上免费化学软件资源。按字母顺序排列，并允许访问者添加新软件。
http://chem.yonsei.ac.kr/~lsk/software.html 化学软件。
http://www.acm.org/calgo/contents/ 各种算法的程序。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/proj/crdb/ EMSL计算化学结果数据库，察看用各种理论、各种基组计算出的结果。255种分子，41种Atoms，37,071项数据。
http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/ David Young的计算化学专题文章。
http://www.webelements.com/ 元素周期表。
http://www.cpc.cs.qub.ac.uk/cpc/ 著名的物理和物理化学程序库，需要交钱注册才可以下载。
http://zarbi.chem.yale.edu/products/ 一些化学软件。其中有些是免费下载的。
http://users.unimi.it/~ddl/other_projects.htm 一些自由下载的化学软件，包括半经验量化计算程序MoPac 5.00和预测蛋白质结构的PREDATOR等。
http://pcgate.thch.uni-bonn.de/tc/grimme/vdftci/vdftci.html 对分子激发态使用组态相关的密度泛函计算。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/forms/basisform.html 著名的基组库。
http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/RHF.TABLES.txt ROOTHAAN-HARTREE-FOCK基态的原子波函。包括原子序数Z=2-54的Slater型轨道展开和期待值。
http://www.chem.uni-potsdam.de/linkcenter/download.html PC机化学软件下载站点。
http://www.smps.ntu.edu.au/chem_ref.html 网上的计算化学资源。
http://www.infochembio.ethz.ch/cheminfo/TheoretChemie.html 理论化学网络资源。
http://saturn.nchc.gov.tw:9091/soft_doc/ 量化、分子模型软件信息，包含G98中文使用说明。但是大部分无权访问。请与作者联系。 http://www.chem.swin.edu.au/modules/ 计算化学模型。简要介绍了半经验方法、从头计算方法、分子力学和分子动力学的理论和应用，以及Gaussian和Gamess的使用。在Direct use of interfaces中，包含MOPAC，Gaussian94，GAMESS在线计算。
http://dft.rutgers.edu/lib/和http://www.physics.rutgers.edu/~happel/lib/ 密度泛函Fortran程序库。提供很多DFT代码的子程序，每个子程序都有输入和输出的例子。
http://www.fz-juelich.de/nic-series/ 量化理论文章（第一至第三卷），PDF和PS格式。其中，第一卷和第三卷内容相同，第二卷只有摘要。
http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/SEARCH.en.html 计算化学资源。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/Richard%20Martin/martin.htm 密度泛函理论在线教程。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/ 伊利诺斯大学计算材料暑期学校在线课程。大部分课程都有讲义，演示，练习，以及理论计算代码下载。
http://www.imp.leeds.ac.uk/homes/PH/QWWAD/ 一些量子理论计算代码。
http://vchihaia.tripod.com/ASM.html 计算化学方面的资料。
http://webbook.nist.gov/chemistry/ 美国国家标准技术研究所主页（化学类），可以查找包括光谱在内的一些信息。
http://sdpd.univ-lemans.fr/museum/ 结晶学源代码博物馆，提供1960年至今相关源代码下载。
http://www.qchem.pnpi.spb.ru/publication/recp.html 有效核势库。不过内容比较少。
http://www.adi.uam.es/Docs/Knowl ... _Theory/theory.html 量化的一些基本理论
http://www.nchc.gov.tw/chinese/07_publication/nchcs/search.html G94中文简介和关键字，其中关键字缺少一部分（BIG5）。
http://www.asc.edu/outreach/seminars.shtml 计算化学讲座
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4楼2011-03-20 16:46:21
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