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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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[交流] 【整理】今天整理硬盘上的资料,偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧 已有75人参与

硬盘快爆了 整理东西 偶然发现的好玩的小东西 我就直接发上来吧

专门用来存放学习资料的文件夹已经20多G了 大部分文件都比较大 发不上来 很小同时很有意思的小东西 我就随手放上来吧

先来一个 当年自己年轻时候画的,太花哨了


[ Last edited by yjcmwgk on 2011-3-20 at 17:33 ]
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

Lacvp

我看见好多关于铁卟啉与氧原子作用的文章,很多人都在用schrodinger公司编写的jagua
r软件中的lacvp基组。我就想啊,这个lacvp到底是何方神圣?周围用jaguar软件的人很少
,步老师那里的学生似乎也没有。后来在浩如烟海的CCL里面查了一通,终于查到了如下信
息:

From: Per-Ola Norrby <pon@kemi.dtu.dk>
Subject: CCL: W:LACVP
Date: Mon, 3 Oct 2005 09:57:33 +0200
Does anyone know where we can find the LACVP basis set? We're interested in mo
deling Platinum based drug compounds.

Sent to CCL by: Per-Ola Norrby [pon@kemi.dtu.dk]
It comes with the Jaguar program, it's just the old Hay-Wadt ECP+basis. In Gau
ssian, you get the same basis set by specifying a GEN basis with LANL2DZ on Pt
, 6-31G* on everything else, AND also read in the LANL2DZ pseudo-potentials us
ing PSEUDO=READ.
In Gaussian, you also have the option of adding some f-type polarization fro P
t without loosing too much performance, and also to split the basis a bit.

shit!原来LACVP就是把LANL2DZ和6-31G*用GENECP连接起来就行!让schrodinger公司故弄玄
虚!真是侮辱了伟大的薛定谔的大名!后来继续在google上折腾,在wavefunction网站上
,终于查清了详细的设置:

What is the LACVP basis set?
The LACVP series of basis sets is a combination of the successful 6-31G basis
set with the LANL2DZ effective core basis set. Specifically the atoms H - Ar a
re described with the 6-31G (or 6-31G*, 6-31+G** etc) basis set while heavier
atoms are modeled using the LANL2DZ basis set.

The atoms available in LACVP are shown in the following periodic table

  H                                                                   He
Li  Be                                            B   C   N   O   F  Ne
Na  Mg                                           Al  Si   P   S  Cl  Ar
  K  Ca  Sc   Ti   V  Cr  Mn  Fe  Co  Ni  Cu  Zn  Ga  Ge  As  Se  Br  Kr
Rb  Sr   Y   Zr  Nb  Mo  Tc  Ru  Rh  Pd  Ag  Cd  In  Sn  Sb  Te   I  Xe
Cs  Ba  La ^ Hf  Ta   W  Re  Os  Ir  Pt  Au  Hg  Tl  Pb  Bi  __  __  __
__  __  __ ^ __  __
    Lanthanides : __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __
    Actinides   : __ __  U Np Pu __ __ __ __ __ __ __ __ __

A summary of the shell splitting used in the basis set is as follows

[Symbol] [Splitting description] [C = core-electrons]
  H-He :    31 (SP)
Li-Ne :  6-31 (SP)
Na-Ar : 66-31 (SP)
  K-Ca : C3-41 (p=3-11)           C = Ne           (10e)
Sc-Cu : C3-41 (p=3-11 d=41)      C = Ne           (10e)
Zn    :  C-21 (p=11   d=41)      C = Ar           (18e)
Ga-Kr :  C-21 (p=21)             C = Ar + 3d      (28e)
Rb-Sr : C3-41 (p=3-21)           C = Ar + 3d      (28e)
  Y-Ag : C3-41 (p=3-21 d=31)      C = Ar + 3d      (28e)
Cd    :  C-21 (p=21   d=31)      C = Kr           (36e)
In-Xe :  C-21 (p=21)             C = Kr + 4d      (46e)
Cs-Ba : C3-41 (p=3-21)           C = Kr + 4d      (46e)
La    : C3-41 (p=3-21 d=21)      C = Kr + 4d      (46e)
Hf-Au : C3-41 (p=3-21 d=21)      C = Kr + 4d + 4f (60e)
Hg    :  C-21 (p=21   d=21)      C = Xe + 4f      (68e)
Tl-Rn :  C-21 (p=21   d=21)      C = Xe + 5d + 4f (78e)
Th-Lr : C4-51 (p=3-41 d=11 f=22) C = Xe + 5d + 4f (78e)

总之这个lacvp算是查清了。贴出来,大家一齐鄙视下schrodinger公司!!
18楼2011-03-20 16:57:46
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

共轭体系能级结构简图

2楼2011-03-20 16:43:05
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3楼2011-03-20 16:45:41
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

计算机化学及化学软件网站大全

http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/ 化学软件网址列表。
http://antas.agraria.uniss.it/software.html 化学软件列表和FTP站点列表。
http://bogense.chem.ou.dk/~icc/software.html 计算化学软件相关的网址。
http://www.lctn.uhp-nancy.fr/Chercheurs/Xavier.Assfeld/links.html 量化软件,基组库,量化教学。
http://www.sc.ehu.es/powgep99/dcytp/teoricos/txoni/programak.htm 量子化学软件和其它有用的应用程序。
http://www.iupac.org/reports/1996/6802brown/ 量子化学缩写辞典。
http://ftp.nchc.gov.tw/pub/ 台湾高速电脑中心各学科领域研究软件,可以下载。包括Chemistry,databases,parallel,physics,visualization。
http://www.clarkson.edu/~pac/reps.html Clarkson大学相对论有效势数据库。提供第二至第六周期全部元素的相对论有效势基组下载,可以用在Gaussian和COLUMBUS上。
http://www.pnl.gov/quantum/ 有Dyall博士的《相对论量子化学》授课笔记下载,即将出书。
http://www.ccl.net/ Computational Chemistry List,有免费量化软件下载,以及量子化学论坛等。
http://www.scm.com/Doc/publist.html 与ADF软件有关的一些博士论文。从中可以学到很多量化知识。
http://leroy.uwaterloo.ca/ 处理双原子分子光谱参数的一些fortran源程序(LEVEL,BCONT,RKR1,DSParFit)。申请后,就会发到你的E-mail信箱。
http://zeus.polsl.gliwice.pl/~nikodem//linux4chemistry.html 集中了绝大多数用在Linux下的化学软件。
http://www.ghpcc.gzu.edu.cn/ 贵州大学高性能计算化学实验室,提供Gaussian94的Hartree-Fock,DFT,Moller-Plesset微扰和半经验量子化学在线计算。
http://www.chpcc.edu.cn/mulliken/index.html 清华大学高性能计算中心提供的Mulliken远程登录计算。 Mulliken是由IBM公司开发的一个可用于化学、医学、制药、生物等应用领域的软件,基于并行算法,户可以充分利用并行计算优势。用户只需简单地在已设计好的图形用户视窗界面上输入计算选项和参数,Mulliken就会自动把作业拆分到各个节点上去运行。Mulliken的基组函数丰富,作业递交简单明了,数据处理直观。 Mulliken可以处理的分子性质包括能量、生成热、离子势、电子亲和力、平衡构型、过渡态构型、活化能、反应路径、红外光谱、多极矩、静电势、可极化性以及原子电荷。在计算宏观性质时的主要对象是溶液,这些性质包括热容、可压缩性、径向分布函数、溶剂化自由能、蒸汽压、差分溶剂化自由能、分配系数和扩散系数。
http://linus.chem.wesleyan.edu/icc/ 一些量子化学计算的实验。
http://theo1.theochem.tu-muenchen.de/qcl/info/welcome_fe.html 一些量子化学计算的练习(需要注册获得账号密码)。
http://www.cobalt.chem.ucalgary. ... hm373/lectures.html 2001年计算化学冬季课程。从原子物理、光谱学,到量子化学的基础知识都有,可以下载很多PowerPoint、PDF文件。
http://202.206.106.100/qc/lzhx-0.htm 河北师范大学计算量子化学研究所蔡新华教授的量子化学在线教学。结构为:绪论,量子力学基础,原子结构,分子结构,量化程序应用。其中,量化程序应用一章包含详细的Gaussian98W和Hyperchem应用图示。
http://allserv.rug.ac.be/~tkuppens/chem.shtml 网上免费化学软件资源。按字母顺序排列,并允许访问者添加新软件。
http://chem.yonsei.ac.kr/~lsk/software.html 化学软件。
http://www.acm.org/calgo/contents/ 各种算法的程序。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/proj/crdb/ EMSL计算化学结果数据库,察看用各种理论、各种基组计算出的结果。255种分子,41种Atoms,37,071项数据。
http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/ David Young的计算化学专题文章。
http://www.webelements.com/ 元素周期表。
http://www.cpc.cs.qub.ac.uk/cpc/ 著名的物理和物理化学程序库,需要交钱注册才可以下载。
http://zarbi.chem.yale.edu/products/ 一些化学软件。其中有些是免费下载的。
http://users.unimi.it/~ddl/other_projects.htm 一些自由下载的化学软件,包括半经验量化计算程序MoPac 5.00和预测蛋白质结构的PREDATOR等。
http://pcgate.thch.uni-bonn.de/tc/grimme/vdftci/vdftci.html 对分子激发态使用组态相关的密度泛函计算。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/forms/basisform.html 著名的基组库。
http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/RHF.TABLES.txt ROOTHAAN-HARTREE-FOCK基态的原子波函。包括原子序数Z=2-54的Slater型轨道展开和期待值。
http://www.chem.uni-potsdam.de/linkcenter/download.html PC机化学软件下载站点。
http://www.smps.ntu.edu.au/chem_ref.html 网上的计算化学资源。
http://www.infochembio.ethz.ch/cheminfo/TheoretChemie.html 理论化学网络资源。
http://saturn.nchc.gov.tw:9091/soft_doc/ 量化、分子模型软件信息,包含G98中文使用说明。但是大部分无权访问。请与作者联系。 http://www.chem.swin.edu.au/modules/ 计算化学模型。简要介绍了半经验方法、从头计算方法、分子力学和分子动力学的理论和应用,以及Gaussian和Gamess的使用。在Direct use of interfaces中,包含MOPAC,Gaussian94,GAMESS在线计算。
http://dft.rutgers.edu/lib/http://www.physics.rutgers.edu/~happel/lib/ 密度泛函Fortran程序库。提供很多DFT代码的子程序,每个子程序都有输入和输出的例子。
http://www.fz-juelich.de/nic-series/ 量化理论文章(第一至第三卷),PDF和PS格式。其中,第一卷和第三卷内容相同,第二卷只有摘要。
http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/SEARCH.en.html 计算化学资源。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/Richard%20Martin/martin.htm 密度泛函理论在线教程。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/ 伊利诺斯大学计算材料暑期学校在线课程。大部分课程都有讲义,演示,练习,以及理论计算代码下载。
http://www.imp.leeds.ac.uk/homes/PH/QWWAD/ 一些量子理论计算代码。
http://vchihaia.tripod.com/ASM.html 计算化学方面的资料。
http://webbook.nist.gov/chemistry/ 美国国家标准技术研究所主页(化学类),可以查找包括光谱在内的一些信息。
http://sdpd.univ-lemans.fr/museum/ 结晶学源代码博物馆,提供1960年至今相关源代码下载。
http://www.qchem.pnpi.spb.ru/publication/recp.html 有效核势库。不过内容比较少。
http://www.adi.uam.es/Docs/Knowl ... _Theory/theory.html 量化的一些基本理论
http://www.nchc.gov.tw/chinese/07_publication/nchcs/search.html G94中文简介和关键字,其中关键字缺少一部分(BIG5)。
http://www.asc.edu/outreach/seminars.shtml 计算化学讲座
4楼2011-03-20 16:46:21
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