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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧 已有75人参与

硬盘快爆了 整理东西 偶然发现的好玩的小东西 我就直接发上来吧

专门用来存放学习资料的文件夹已经20多G了 大部分文件都比较大 发不上来 很小同时很有意思的小东西 我就随手放上来吧

先来一个 当年自己年轻时候画的，太花哨了


[ Last edited by yjcmwgk on 2011-3-20 at 17:33 ]
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1楼 2011-03-20 16:42:32
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

Lacvp

我看见好多关于铁卟啉与氧原子作用的文章，很多人都在用schrodinger公司编写的jagua
r软件中的lacvp基组。我就想啊，这个lacvp到底是何方神圣？周围用jaguar软件的人很少
，步老师那里的学生似乎也没有。后来在浩如烟海的CCL里面查了一通，终于查到了如下信
息：

From: Per-Ola Norrby <pon@kemi.dtu.dk>
Subject: CCL: W:LACVP
Date: Mon, 3 Oct 2005 09:57:33 +0200
Does anyone know where we can find the LACVP basis set? We're interested in mo
deling Platinum based drug compounds.

Sent to CCL by: Per-Ola Norrby [pon@kemi.dtu.dk]
It comes with the Jaguar program, it's just the old Hay-Wadt ECP+basis. In Gau
ssian, you get the same basis set by specifying a GEN basis with LANL2DZ on Pt
, 6-31G* on everything else, AND also read in the LANL2DZ pseudo-potentials us
ing PSEUDO=READ.
In Gaussian, you also have the option of adding some f-type polarization fro P
t without loosing too much performance, and also to split the basis a bit.

shit！原来LACVP就是把LANL2DZ和6-31G*用GENECP连接起来就行！让schrodinger公司故弄玄
虚！真是侮辱了伟大的薛定谔的大名！后来继续在google上折腾，在wavefunction网站上
，终于查清了详细的设置：

What is the LACVP basis set?
The LACVP series of basis sets is a combination of the successful 6-31G basis
set with the LANL2DZ effective core basis set. Specifically the atoms H - Ar a
re described with the 6-31G (or 6-31G*, 6-31+G** etc) basis set while heavier
atoms are modeled using the LANL2DZ basis set.

The atoms available in LACVP are shown in the following periodic table

  H                                                                   He
Li  Be                                            B   C   N   O   F  Ne
Na  Mg                                           Al  Si   P   S  Cl  Ar
  K  Ca  Sc   Ti   V  Cr  Mn  Fe  Co  Ni  Cu  Zn  Ga  Ge  As  Se  Br  Kr
Rb  Sr   Y   Zr  Nb  Mo  Tc  Ru  Rh  Pd  Ag  Cd  In  Sn  Sb  Te   I  Xe
Cs  Ba  La ^ Hf  Ta   W  Re  Os  Ir  Pt  Au  Hg  Tl  Pb  Bi  __  __  __
__  __  __ ^ __  __
    Lanthanides : __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __
    Actinides   : __ __  U Np Pu __ __ __ __ __ __ __ __ __

A summary of the shell splitting used in the basis set is as follows

[Symbol] [Splitting description] [C = core-electrons]
  H-He :    31 (SP)
Li-Ne :  6-31 (SP)
Na-Ar : 66-31 (SP)
  K-Ca : C3-41 (p=3-11)           C = Ne           (10e)
Sc-Cu : C3-41 (p=3-11 d=41)      C = Ne           (10e)
Zn    :  C-21 (p=11   d=41)      C = Ar           (18e)
Ga-Kr :  C-21 (p=21)             C = Ar + 3d      (28e)
Rb-Sr : C3-41 (p=3-21)           C = Ar + 3d      (28e)
  Y-Ag : C3-41 (p=3-21 d=31)      C = Ar + 3d      (28e)
Cd    :  C-21 (p=21   d=31)      C = Kr           (36e)
In-Xe :  C-21 (p=21)             C = Kr + 4d      (46e)
Cs-Ba : C3-41 (p=3-21)           C = Kr + 4d      (46e)
La    : C3-41 (p=3-21 d=21)      C = Kr + 4d      (46e)
Hf-Au : C3-41 (p=3-21 d=21)      C = Kr + 4d + 4f (60e)
Hg    :  C-21 (p=21   d=21)      C = Xe + 4f      (68e)
Tl-Rn :  C-21 (p=21   d=21)      C = Xe + 5d + 4f (78e)
Th-Lr : C4-51 (p=3-41 d=11 f=22) C = Xe + 5d + 4f (78e)

总之这个lacvp算是查清了。贴出来，大家一齐鄙视下schrodinger公司！！
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18楼2011-03-20 16:57:46
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

共轭体系能级结构简图

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2楼2011-03-20 16:43:05
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0710811132

3楼2011-03-20 16:45:41
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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http://antas.agraria.uniss.it/software.html 化学软件列表和FTP站点列表。
http://bogense.chem.ou.dk/~icc/software.html 计算化学软件相关的网址。
http://www.lctn.uhp-nancy.fr/Chercheurs/Xavier.Assfeld/links.html 量化软件，基组库，量化教学。
http://www.sc.ehu.es/powgep99/dcytp/teoricos/txoni/programak.htm 量子化学软件和其它有用的应用程序。
http://www.iupac.org/reports/1996/6802brown/ 量子化学缩写辞典。
http://ftp.nchc.gov.tw/pub/ 台湾高速电脑中心各学科领域研究软件，可以下载。包括Chemistry，databases，parallel，physics，visualization。
http://www.clarkson.edu/~pac/reps.html Clarkson大学相对论有效势数据库。提供第二至第六周期全部元素的相对论有效势基组下载，可以用在Gaussian和COLUMBUS上。
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http://chem.yonsei.ac.kr/~lsk/software.html 化学软件。
http://www.acm.org/calgo/contents/ 各种算法的程序。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/proj/crdb/ EMSL计算化学结果数据库，察看用各种理论、各种基组计算出的结果。255种分子，41种Atoms，37,071项数据。
http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/ David Young的计算化学专题文章。
http://www.webelements.com/ 元素周期表。
http://www.cpc.cs.qub.ac.uk/cpc/ 著名的物理和物理化学程序库，需要交钱注册才可以下载。
http://zarbi.chem.yale.edu/products/ 一些化学软件。其中有些是免费下载的。
http://users.unimi.it/~ddl/other_projects.htm 一些自由下载的化学软件，包括半经验量化计算程序MoPac 5.00和预测蛋白质结构的PREDATOR等。
http://pcgate.thch.uni-bonn.de/tc/grimme/vdftci/vdftci.html 对分子激发态使用组态相关的密度泛函计算。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/forms/basisform.html 著名的基组库。
http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/RHF.TABLES.txt ROOTHAAN-HARTREE-FOCK基态的原子波函。包括原子序数Z=2-54的Slater型轨道展开和期待值。
http://www.chem.uni-potsdam.de/linkcenter/download.html PC机化学软件下载站点。
http://www.smps.ntu.edu.au/chem_ref.html 网上的计算化学资源。
http://www.infochembio.ethz.ch/cheminfo/TheoretChemie.html 理论化学网络资源。
http://saturn.nchc.gov.tw:9091/soft_doc/ 量化、分子模型软件信息，包含G98中文使用说明。但是大部分无权访问。请与作者联系。 http://www.chem.swin.edu.au/modules/ 计算化学模型。简要介绍了半经验方法、从头计算方法、分子力学和分子动力学的理论和应用，以及Gaussian和Gamess的使用。在Direct use of interfaces中，包含MOPAC，Gaussian94，GAMESS在线计算。
http://dft.rutgers.edu/lib/和http://www.physics.rutgers.edu/~happel/lib/ 密度泛函Fortran程序库。提供很多DFT代码的子程序，每个子程序都有输入和输出的例子。
http://www.fz-juelich.de/nic-series/ 量化理论文章（第一至第三卷），PDF和PS格式。其中，第一卷和第三卷内容相同，第二卷只有摘要。
http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/SEARCH.en.html 计算化学资源。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/Richard%20Martin/martin.htm 密度泛函理论在线教程。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/ 伊利诺斯大学计算材料暑期学校在线课程。大部分课程都有讲义，演示，练习，以及理论计算代码下载。
http://www.imp.leeds.ac.uk/homes/PH/QWWAD/ 一些量子理论计算代码。
http://vchihaia.tripod.com/ASM.html 计算化学方面的资料。
http://webbook.nist.gov/chemistry/ 美国国家标准技术研究所主页（化学类），可以查找包括光谱在内的一些信息。
http://sdpd.univ-lemans.fr/museum/ 结晶学源代码博物馆，提供1960年至今相关源代码下载。
http://www.qchem.pnpi.spb.ru/publication/recp.html 有效核势库。不过内容比较少。
http://www.adi.uam.es/Docs/Knowl ... _Theory/theory.html 量化的一些基本理论
http://www.nchc.gov.tw/chinese/07_publication/nchcs/search.html G94中文简介和关键字，其中关键字缺少一部分（BIG5）。
http://www.asc.edu/outreach/seminars.shtml 计算化学讲座
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