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[交流]
【求助】请教第二次 预平衡 问题
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各位高手： 我最近按照《蛋白质结构预测实验指南》一书中的例子做一个蛋白的minimize 和平衡。 首先是固定CA碳进行第一次预平衡。这个没有问题。 问题出在第二次预平衡（全放开的结构优化过程）： 我安装书上的要求，将structure 后文件改为xxx.coor，按照.xsc文件内容修改盒子信息，并取消了CA碳的限制并取消minimize。 运行后提示： charm++ FATAL ERROR： FATAL ERROR: ABNORMAL EOF FOUND - buffer=*@@* ——请问这是为什么？ 谢谢 附conf文件： ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # protein in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../2/eq1.coor #书上说这步用coor文件取代原来的psf文件 coordinates ../common/ionized.pdb set temperature 310 set outputname eq2 firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 2 fullElectFrequency 4 stepspercycle 20 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# langevinHydrogen off ;# # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 57.8367 0. 0. #这里的信息我按照xsc文件改了 cellBasisVector2 0. 57.8367 0. cellBasisVector3 0. 0 48.1973 cellOrigin 15.01 5.22 -9.89 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition PMEGridSizeX 72 PMEGridSizeY 72 PMEGridSizeZ 64 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 200.0 langevinPistonDecay 100.0 langevinPistonTemp $temperature if {0} { constraints on consref ../common/ionized.pdb conskfile ../common/ionized.pdb conskcol B constraintscaling 10.0 } # Output outputName $outputname restartname eq2r restartfreq 1000 ;# dcdfreq 1000 xstFreq 1000 outputEnergies 1000 outputPressure 1000 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization if {0} { minimize 1000 reinitvels $temperature } run 2500000 ;# [ Last edited by crispsoft on 2011-3-20 at 16:36 ] |
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2楼2011-03-21 12:33:53
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crispsoft(金币+6): 谢谢帮助 2011-03-22 12:03:47
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-22 12:09:57
crispsoft(金币+6): 谢谢帮助 2011-03-22 12:03:47
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-22 12:09:57
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structure和coordinate不是一回事，你得搞清楚了。多看ug # coordinates $ <$ coordinate PDB file $ >$ Acceptable Values: UNIX filename Description: The PDB file containing initial position coordinate data. Note that path names can be either absolute or relative. Only one value may be specified. # structure $ <$ PSF file $ >$ Acceptable Values: UNIX filename Description: The X-PLOR format PSF file describing the molecular system to be simulated. Only one value may be specified. bincoordinates $ <$ binary coordinate restart file $ >$ Acceptable Values: UNIX filename Description: The binary restart file containing initial position coordinate data. A binary coordinate restart file is created as output from NAMD by activating the binaryrestart or binaryoutput options. Note that, in the current implementation at least, the bincoordinates option must be used in addition to the coordinates option, but the positions specified by coordinates will then be ignored. |
3楼2011-03-22 11:31:15
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