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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教第二次 预平衡 问题
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crispsoft

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教第二次 预平衡 问题

各位高手：
我最近按照《蛋白质结构预测实验指南》一书中的例子做一个蛋白的minimize 和平衡。
首先是固定CA碳进行第一次预平衡。这个没有问题。
问题出在第二次预平衡（全放开的结构优化过程）：
我安装书上的要求，将structure 后文件改为xxx.coor，按照.xsc文件内容修改盒子信息，并取消了CA碳的限制并取消minimize。
运行后提示：
charm++ FATAL ERROR：
FATAL ERROR: ABNORMAL EOF FOUND - buffer=*@@*

——请问这是为什么？
谢谢

附conf文件：
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################
# Minimization and Equilibration of
# protein in a Water Box

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################
structure          ../2/eq1.coor                                  #书上说这步用coor文件取代原来的psf文件
coordinates        ../common/ionized.pdb
set temperature    310
set outputname     eq2
firsttimestep      0

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################
# Input
paraTypeCharmm     on
parameters          ../common/par_all27_prot_lipid.inp
temperature         $temperature

# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0
pairlistdist        13.5

# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       2
fullElectFrequency  4  
stepspercycle       20

# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;#  
langevinHydrogen    off    ;#

# Periodic Boundary Conditions  
cellBasisVector1    57.8367    0.   0.      #这里的信息我按照xsc文件改了
cellBasisVector2     0.   57.8367    0.
cellBasisVector3     0.    0   48.1973   
cellOrigin          15.01   5.22  -9.89
wrapAll             on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSpacing      1.0
#manual grid definition
PMEGridSizeX        72
PMEGridSizeY        72
PMEGridSizeZ        64  

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no
langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  200.0
langevinPistonDecay   100.0
langevinPistonTemp    $temperature
if {0} {
constraints        on
consref            ../common/ionized.pdb
conskfile          ../common/ionized.pdb
conskcol           B
constraintscaling  10.0
}
# Output
outputName          $outputname
restartname       eq2r
restartfreq         1000     ;#  
dcdfreq             1000
xstFreq             1000
outputEnergies      1000
outputPressure      1000

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################
# Minimization
if {0} {
minimize            1000
reinitvels          $temperature
}
run 2500000 ;#

[ Last edited by crispsoft on 2011-3-20 at 16:36 ]
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1楼 2011-03-20 16:32:56
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crispsoft

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by crispsoft at 2011-03-20 16:32:56:
各位高手：
我最近按照《蛋白质结构预测实验指南》一书中的例子做一个蛋白的minimize 和平衡。
首先是固定CA碳进行第一次预平衡。这个没有问题。
问题出在第二次预平衡（全放开的结构优化过程）：
我安装书上 ...

有同学指出
structure          ../2/eq1.coor不对，应该在bincoordinates 中指定。
我想知道除了这个命令外还需要其他命名吗？另外，如果有了这个命令，原来的structure还需要再指定吗？

谢谢
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2楼2011-03-21 12:33:53
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
crispsoft(金币+6): 谢谢帮助 2011-03-22 12:03:47
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-22 12:09:57
structure和coordinate不是一回事，你得搞清楚了。多看ug

# coordinates $ <$ coordinate PDB file $ >$
Acceptable Values: UNIX filename
Description: The PDB file containing initial position coordinate data. Note that path names can be either absolute or relative. Only one value may be specified.

# structure $ <$ PSF file $ >$
Acceptable Values: UNIX filename
Description: The X-PLOR format PSF file describing the molecular system to be simulated. Only one value may be specified.

bincoordinates $ <$ binary coordinate restart file $ >$
Acceptable Values: UNIX filename
Description: The binary restart file containing initial position coordinate data. A binary coordinate restart file is created as output from NAMD by activating the binaryrestart or binaryoutput options. Note that, in the current implementation at least, the bincoordinates option must be used in addition to the coordinates option, but the positions specified by coordinates will then be ignored.
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3楼2011-03-22 11:31:15
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