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ltakashi

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】为什么用拼接软件，不能将我的序列拼接起来？已有6人参与

如题！
哪位高手指导下！
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1楼2011-03-10 10:26:53
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ltakashi

银虫 (小有名气)
有人不？
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2楼2011-03-10 10:45:17
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gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”
★ ★ ★
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1949stone(金币+2): 鼓励 2011-03-10 11:52:18
我也遇到过这样的问题。我当初是拿基因全长，3‘、5’与我已有片段就是拼不起来，分析的结果是PCR产物特异性不够，在我测序序列中尽然找不到我的引物。我不知道你具体是做的什么，所以以上仅供参考！！！
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持之以恒、永不放弃！
3楼2011-03-10 11:00:46
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ltakashi

银虫 (小有名气)
1949stone: 见楼下 2011-03-10 11:54:01
怎么手动拼接？
我的是16s rDNA特征片段
当时没拼接，现在我想要拼接的序列，上传到GENBANK里
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4楼2011-03-10 11:02:50
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
学习下，呵呵，帮顶
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风雪夜归人
5楼2011-03-10 11:09:27
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yabxxh

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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1949stone(金币+2): 顶--- 2011-03-10 11:54:18
拼接的方法就是用比对软件把你的测序结果的重合部分找出来，理想的情况是你的重合部分100%一样，然后把前段、重合的部分和后端拼接起来就可以了。多条测序结果的话同理。不过有时候测序公司会给你反向互补，有时候又不反向互补，所以拼接的时候如果没重合部分，就反向互补以下。好运
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6楼2011-03-10 11:10:29
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★
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1949stone(金币+1): 估计不会这么惨吧 2011-03-10 11:54:46
引用回帖:
Originally posted by ltakashi at 2011-03-10 11:02:50:
怎么手动拼接？
我的是16s rDNA特征片段
当时没拼接，现在我想要拼接的序列，上传到GENBANK里

如果你的两个序列没能测到重叠的部分，肯定拼接不上啊。
比如：1500bp的序列，正向测到700，反向测到700，那中间有100bp的gap，那肯定拼不上。
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7楼2011-03-10 11:48:09
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gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ltakashi at 2011-03-10 11:02:50:
怎么手动拼接？
我的是16s rDNA特征片段
当时没拼接，现在我想要拼接的序列，上传到GENBANK里

拼接的前提是你的片段有重复序列。这样你只需要下载一个拼接软件就可以了，比如DNAstar。
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持之以恒、永不放弃！
8楼2011-03-10 11:56:19
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cjl2fl

金虫 (正式写手)
Vector这个软件试试
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9楼2011-03-10 13:16:44
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ltakashi

银虫 (小有名气)
谢谢大家的回复！
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10楼2011-03-11 12:31:28
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