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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs-4 mdrun死掉
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ruthxu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】gromacs-4 mdrun死掉

原来用gromacs3.3能跑通的程序，现在用gromacs4不能跑了，em能过去，但在运行md时，总显示到要跑的步数和时间，就没有下文了，而top时，命令却在运行？


[ Last edited by ghcacj on 2011-3-10 at 08:00 ]
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1楼2011-03-09 20:04:59
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ruthxu

金虫 (正式写手)
谢谢专家们！
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2楼2011-03-09 20:05:24
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ruthxu

金虫 (正式写手)
真的没有大侠知道吗？难道只有我遇到了“鬼”？
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3楼2011-03-10 07:35:04
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
机器的事情吧，重新交一次试试~~~
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4楼2011-03-10 08:22:08
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-10 08:22:08:
机器的事情吧，重新交一次试试~~~

终于有人愿意理我了，愁死了。谢谢！

其实我是试了很多次的，而且3.3和4.0都重新提交过。

据说3.3.里是有bug的，不知道我能不能接着用4.0？

你原来也遇到过这样的问题吗？
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5楼2011-03-10 08:24:47
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Youngchsh

木虫 (正式写手)
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ruthxu(金币+5): 送你几个钢板 2011-03-10 10:01:04
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-11 11:58:53
应该是正常的，剩下的是事情就是等，有时候要几个小时或更长，看你步数和盒子的大小了
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6楼2011-03-10 08:39:13
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 08:39:13:
应该是正常的，剩下的是事情就是等，有时候要几个小时或更长，看你步数和盒子的大小了

你的意思是并没有死掉，只是没有显示更新时吧？好的，我试试！
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7楼2011-03-10 09:32:54
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Youngchsh

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-11 11:58:43
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Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 09:32:54:
你的意思是并没有死掉，只是没有显示更新时吧？好的，我试试！

是的，你的计算的步数有点长，时间也有点长，如果机器不好的话怕是要等很久了，有可能按天计算。
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8楼2011-03-10 09:38:14
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 09:38:14:
是的，你的计算的步数有点长，时间也有点长，如果机器不好的话怕是要等很久了，有可能按天计算。

只是原来的计算，log文件还会输出多少步即将在什么时候完成，现在就不动了，我就以为死掉了！
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9楼2011-03-10 09:50:01
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Youngchsh

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-11 11:58:33
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 09:50:01:
只是原来的计算，log文件还会输出多少步即将在什么时候完成，现在就不动了，我就以为死掉了！

没关系，md的计算是比较特殊的
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10楼2011-03-10 09:55:09
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 09:55:09:
没关系，md的计算是比较特殊的

好，那我就先做个测试，十分感谢！
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11楼2011-03-10 09:59:44
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Youngchsh

木虫 (正式写手)
感谢楼主的钢板
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12楼2011-03-10 10:04:36
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 10:04:36:
感谢楼主的钢板

呵呵，应该的！
不过我的积分算法是sd，按道理应该不会这样的！
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13楼2011-03-10 10:33:20
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 08:24:47:
终于有人愿意理我了，愁死了。谢谢！

其实我是试了很多次的，而且3.3和4.0都重新提交过。

据说3.3.里是有bug的，不知道我能不能接着用4.0？

你原来也遇到过这样的问题吗？

我之前也遇到过几次，重新提交过，但是可能仅仅是我们的服务器的问题，我觉得楼下的说的也有道理，再有就是你的有输出文件吗？还有结束时间有显示吗？
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14楼2011-03-10 10:37:11
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-10 10:37:11:
我之前也遇到过几次，重新提交过，但是可能仅仅是我们的服务器的问题，我觉得楼下的说的也有道理，再有就是你的有输出文件吗？还有结束时间有显示吗？

没有结束时间显示，输出文件也有，只是，可能我的输出频率有问题，xtc文件没有输出。
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15楼2011-03-10 10:40:42
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 10:40:42:
没有结束时间显示，输出文件也有，只是，可能我的输出频率有问题，xtc文件没有输出。

这都过去好几天了，还没有输出？
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16楼2011-03-11 09:45:07
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ruthxu

金虫 (正式写手)
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Originally posted by shengxiang at 2011-03-11 09:45:07:
这都过去好几天了，还没有输出？

有了有了，我犯了个低级错误，在mdrun命令后面没有加-v，以至于没有输出更新
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17楼2011-03-11 09:48:25
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-11 09:48:25:
有了有了，我犯了个低级错误，在mdrun命令后面没有加-v，以至于没有输出更新

我的个天呢，我的个天呢~~~
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18楼2011-03-11 16:47:20
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ruthxu

金虫 (正式写手)
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Originally posted by shengxiang at 2011-03-11 16:47:20:
我的个天呢，我的个天呢~~~

这句话我也喊了很久~~~ 嘲笑吧！
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19楼2011-03-12 18:15:47
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by ruthxu at 2011-03-12 18:15:47:
这句话我也喊了很久~~~ 嘲笑吧！

没有 没有 没有嘲笑的意思~~~
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20楼2011-03-14 08:50:47
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memgr

铜虫 (正式写手)
没碰到过这种情况
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21楼2011-03-14 09:47:40
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