[交流] 【求助】gromacs-4 mdrun死掉

Originally posted by shengxiang at 2011-03-10 08:22:08:
机器的事情吧，重新交一次试试~~~

Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 08:39:13:
应该是正常的，剩下的是事情就是等，有时候要几个小时或更长，看你步数和盒子的大小了

Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 09:32:54:
你的意思是并没有死掉，只是没有显示更新时吧？好的，我试试！

Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 09:38:14:
是的，你的计算的步数有点长，时间也有点长，如果机器不好的话怕是要等很久了，有可能按天计算。

Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 09:50:01:
只是原来的计算，log文件还会输出多少步即将在什么时候完成，现在就不动了，我就以为死掉了！

Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 09:55:09:
没关系，md的计算是比较特殊的

Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 10:04:36:
感谢楼主的钢板

Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 08:24:47:
终于有人愿意理我了，愁死了。谢谢！

其实我是试了很多次的，而且3.3和4.0都重新提交过。

据说3.3.里是有bug的，不知道我能不能接着用4.0？

你原来也遇到过这样的问题吗？

Originally posted by shengxiang at 2011-03-10 10:37:11:
我之前也遇到过几次，重新提交过，但是可能仅仅是我们的服务器的问题，我觉得楼下的说的也有道理，再有就是你的有输出文件吗？还有结束时间有显示吗？

Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 10:40:42:
没有结束时间显示，输出文件也有，只是，可能我的输出频率有问题，xtc文件没有输出。

Originally posted by shengxiang at 2011-03-11 09:45:07:
这都过去好几天了，还没有输出？

Originally posted by ruthxu at 2011-03-11 09:48:25:
有了有了，我犯了个低级错误，在mdrun命令后面没有加-v，以至于没有输出更新

Originally posted by shengxiang at 2011-03-11 16:47:20:
我的个天呢，我的个天呢~~~

Originally posted by ruthxu at 2011-03-12 18:15:47:
这句话我也喊了很久~~~ 嘲笑吧！