应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs-4 mdrun死掉
211/1返回列表
查看: 2435  |  回复: 20
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ruthxu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】gromacs-4 mdrun死掉

原来用gromacs3.3能跑通的程序，现在用gromacs4不能跑了，em能过去，但在运行md时，总显示到要跑的步数和时间，就没有下文了，而top时，命令却在运行？


[ Last edited by ghcacj on 2011-3-10 at 08:00 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-03-09 20:04:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
谢谢专家们！
回复此楼
2楼2011-03-09 20:05:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
真的没有大侠知道吗？难道只有我遇到了“鬼”？
赞一下 回复此楼
3楼2011-03-10 07:35:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
机器的事情吧，重新交一次试试~~~
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-03-10 08:22:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-10 08:22:08:
机器的事情吧，重新交一次试试~~~

终于有人愿意理我了，愁死了。谢谢！

其实我是试了很多次的，而且3.3和4.0都重新提交过。

据说3.3.里是有bug的，不知道我能不能接着用4.0？

你原来也遇到过这样的问题吗？
赞一下 回复此楼
5楼2011-03-10 08:24:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Youngchsh

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ruthxu(金币+5): 送你几个钢板 2011-03-10 10:01:04
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-11 11:58:53
应该是正常的，剩下的是事情就是等，有时候要几个小时或更长，看你步数和盒子的大小了
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2011-03-10 08:39:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 08:39:13:
应该是正常的，剩下的是事情就是等，有时候要几个小时或更长，看你步数和盒子的大小了

你的意思是并没有死掉，只是没有显示更新时吧？好的，我试试！
赞一下 回复此楼
7楼2011-03-10 09:32:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Youngchsh

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-11 11:58:43
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 09:32:54:
你的意思是并没有死掉，只是没有显示更新时吧？好的，我试试！

是的，你的计算的步数有点长，时间也有点长，如果机器不好的话怕是要等很久了，有可能按天计算。
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2011-03-10 09:38:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 09:38:14:
是的，你的计算的步数有点长，时间也有点长，如果机器不好的话怕是要等很久了，有可能按天计算。

只是原来的计算，log文件还会输出多少步即将在什么时候完成，现在就不动了，我就以为死掉了！
赞一下 回复此楼
9楼2011-03-10 09:50:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Youngchsh

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-11 11:58:33
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 09:50:01:
只是原来的计算，log文件还会输出多少步即将在什么时候完成，现在就不动了，我就以为死掉了！

没关系，md的计算是比较特殊的
赞一下(2人) 回复此楼
10楼2011-03-10 09:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 09:55:09:
没关系，md的计算是比较特殊的

好，那我就先做个测试，十分感谢！
赞一下 回复此楼
11楼2011-03-10 09:59:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Youngchsh

木虫 (正式写手)
感谢楼主的钢板
回复此楼
12楼2011-03-10 10:04:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 10:04:36:
感谢楼主的钢板

呵呵，应该的！
不过我的积分算法是sd，按道理应该不会这样的！
赞一下 回复此楼
13楼2011-03-10 10:33:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 08:24:47:
终于有人愿意理我了，愁死了。谢谢！

其实我是试了很多次的，而且3.3和4.0都重新提交过。

据说3.3.里是有bug的，不知道我能不能接着用4.0？

你原来也遇到过这样的问题吗？

我之前也遇到过几次，重新提交过，但是可能仅仅是我们的服务器的问题，我觉得楼下的说的也有道理，再有就是你的有输出文件吗？还有结束时间有显示吗？
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2011-03-10 10:37:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-10 10:37:11:
我之前也遇到过几次，重新提交过，但是可能仅仅是我们的服务器的问题，我觉得楼下的说的也有道理，再有就是你的有输出文件吗？还有结束时间有显示吗？

没有结束时间显示，输出文件也有，只是，可能我的输出频率有问题，xtc文件没有输出。
赞一下 回复此楼
15楼2011-03-10 10:40:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-10 10:40:42:
没有结束时间显示，输出文件也有，只是，可能我的输出频率有问题，xtc文件没有输出。

这都过去好几天了，还没有输出？
赞一下(1人) 回复此楼
16楼2011-03-11 09:45:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-11 09:45:07:
这都过去好几天了，还没有输出？

有了有了，我犯了个低级错误，在mdrun命令后面没有加-v，以至于没有输出更新
赞一下 回复此楼
17楼2011-03-11 09:48:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-11 09:48:25:
有了有了，我犯了个低级错误，在mdrun命令后面没有加-v，以至于没有输出更新

我的个天呢，我的个天呢~~~
赞一下(1人) 回复此楼
18楼2011-03-11 16:47:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-11 16:47:20:
我的个天呢，我的个天呢~~~

这句话我也喊了很久~~~ 嘲笑吧！
赞一下 回复此楼
19楼2011-03-12 18:15:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-12 18:15:47:
这句话我也喊了很久~~~ 嘲笑吧！

没有 没有 没有嘲笑的意思~~~
赞一下(1人) 回复此楼
20楼2011-03-14 08:50:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
没碰到过这种情况
赞一下 回复此楼
21楼2011-03-14 09:47:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ruthxu 的主题更新
211/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-14 22:32 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +5 Ldrop2023 2026-08-13 5/250 2026-08-14 18:48 by ssxclkj
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-14 18:36 by 正能量1斤
[基金申请] filecode +6 cratir 2026-08-14 10/500 2026-08-14 18:29 by 笑叹辞穷
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +5 工厂打螺丝 2026-08-08 5/250 2026-08-14 11:03 by 玖戈弋
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +10 Tide man 2026-08-10 11/550 2026-08-14 10:30 by 沁言学术
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭