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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs-4 mdrun死掉
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ruthxu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】gromacs-4 mdrun死掉

原来用gromacs3.3能跑通的程序，现在用gromacs4不能跑了，em能过去，但在运行md时，总显示到要跑的步数和时间，就没有下文了，而top时，命令却在运行？


[ Last edited by ghcacj on 2011-3-10 at 08:00 ]
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1楼2011-03-09 20:04:59
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-03-10 09:38:14:
是的，你的计算的步数有点长，时间也有点长，如果机器不好的话怕是要等很久了，有可能按天计算。

只是原来的计算，log文件还会输出多少步即将在什么时候完成，现在就不动了，我就以为死掉了！
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9楼2011-03-10 09:50:01
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ruthxu

金虫 (正式写手)
真的没有大侠知道吗？难道只有我遇到了“鬼”？
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3楼2011-03-10 07:35:04
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
机器的事情吧，重新交一次试试~~~
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4楼2011-03-10 08:22:08
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-10 08:22:08:
机器的事情吧，重新交一次试试~~~

终于有人愿意理我了，愁死了。谢谢！

其实我是试了很多次的，而且3.3和4.0都重新提交过。

据说3.3.里是有bug的，不知道我能不能接着用4.0？

你原来也遇到过这样的问题吗？
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5楼2011-03-10 08:24:47
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