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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【请教】弱弱地问下关于氢键表？已经解决
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)

[交流] 【请教】弱弱地问下关于氢键表？已经解决

我做了个有机单晶，PLATON计算出来的氢键表信息如下：
:: CPU-time:     0.6 (Total:     0.4)

Donor --- H....Acceptor [    ARU  ]      D - H      H...A      D...A  D - H...A


C(11) --H(11)  ..O(1)   [         ]       0.98       2.38   2.740(4)        101
C(11) --H(11)  ..N(3)   [         ]       0.98       2.38   2.968(4)        118
C(17) --H(17)  ..N(2)   [         ]       0.93       2.51   2.854(6)        102
C(18) --H(18B) ..O(2)   [         ]       0.97       2.35   2.707(6)        101
C(22) --H(22)  ..O(2)   [  3575.01]       0.93       2.52   3.429(9)        166

:: No Classic Hydrogen Bonds Found                                             


:: CPU-time:     0.2 (Total:     0.6)

有些疑问：
1.从氢键表中能看出具体那个是分子间氢键还是分子内氢键吗？（难道是结合晶体图中看出吗？还是光凭这个表就能看出那个是分子间还是分子内氢键？）
2.具体看那个值在多少范围呢才算作是氢键呢？
3.上述列的是否全是氢键呢？本人写SCI文章用，希望准确些，希望高手们解答，可再加金币

[ Last edited by baiyuefei on 2011-3-8 at 07:46 ]
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1楼 2011-03-06 10:57:19
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454106649

木虫 (著名写手)

~

baiyuefei(金币+20): 又是高手您啊，呵呵，非常感谢你。 2011-03-07 07:44:45
C-H 的氢键用htab 2 计算，好像不能在lst中列出来！只能是一个一个找，比如C11，你用envi 找到合适的氢键受体原子（你这里PLATON已经计算出来了），然后在INS中加上htab C11 O1，然后精修！
    如果有对称操作，在INS中加上 :
       EQIV $1 ....
       HTAB A1 B1_$1
    然后精修！在lst中就会产生C-H氢键表！
PS：氢键距离一般小于3.2，但是C-H距离有时候也会大些（比如，这里C22-O2距离为3.429，platon也认为有氢键存在）
      以上内容不全是权威论著，有些只是小弟个人的理解，欢迎指正！
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2楼2011-03-06 11:25:44
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缥色玉柔情

金虫 (小有名气)
baiyuefei(金币+20): 非常感谢你。 2011-03-07 07:44:04
有些疑问：
1.从氢键表中能看出,前4个为分子内氢键， 最后一个为分子间氢键
2.如前位所说，氢键一般小于3.2，但是C-H距离有时候也会大些
3.我认为都是，写文章可以用的
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3楼2011-03-06 20:28:17
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
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4楼2011-03-07 07:50:06
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
引用回帖:
Originally posted by 缥色玉柔情 at 2011-03-06 20:28:17:
有些疑问：
1.从氢键表中能看出,前4个为分子内氢键， 最后一个为分子间氢键
2.如前位所说，氢键一般小于3.2，但是C-H距离有时候也会大些
3.我认为都是，写文章可以用的

那您n能告诉我下，那个是比较强的氢键，那个是弱的氢键呢？具体的得看那些值呢？
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5楼2011-03-07 07:52:19
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454106649

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by baiyuefei at 2011-03-07 07:52:19:
那您n能告诉我下，那个是比较强的氢键，那个是弱的氢键呢？具体的得看那些值呢？

氢键强弱看距离，除了距离3.4那个，都算是强氢键！
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6楼2011-03-07 07:58:28
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
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7楼2011-03-07 08:45:42
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454106649

木虫 (著名写手)
baiyuefei(金币+20): 2011-03-07 10:07:16
baiyuefei(金币+50): 无以为报，只能给您金币了，非常感谢你高手，偶像呵呵 2011-03-07 12:18:30
引用回帖:
Originally posted by baiyuefei at 2011-03-07 08:45:42:
朋友我想问下你，我光用platon计算出来的这个表，发文章，可以吗？（想发JMS）
还有就是我看文献上氢键表都是有坐标的，什么XYZ等，我是不是应该也写上啊，可我找不到对应的坐标啊，我该怎么找呢？

下面这个 ...

看了一下角度！好像就这两个还合适！
C(22) --H(22)  ..O(2)   [  3575.01]       0.93       2.52   3.429(9)        166
C(11) --H(11)  ..N(3)   [         ]       0.98       2.38   2.968(4)        118
做法就是我第一次回帖那样！
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8楼2011-03-07 09:54:43
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
引用回帖:
Originally posted by 454106649 at 2011-03-07 09:54:43:
看了一下角度！好像就这两个还合适！
C(22) --H(22)  ..O(2)   [  3575.01]       0.93       2.52   3.429(9)        166
C(11) --H(11)  ..N(3)   [         ]       0.98       2.38   2.968(4)        11 ...

我给你您发过去了朋友，您第一次方法说的我也不会做，非本专业，难啊，看不明白。麻烦您了
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9楼2011-03-07 10:06:22
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
引用回帖:
Originally posted by 454106649 at 2011-03-07 09:54:43:
看了一下角度！好像就这两个还合适！
C(22) --H(22)  ..O(2)   [  3575.01]       0.93       2.52   3.429(9)        166
C(11) --H(11)  ..N(3)   [         ]       0.98       2.38   2.968(4)        11 ...

你好，我想问您下：π-π堆积不需要给出具体值吧或作出表吧？
我在文章上就写有π-π堆积作用，这种堆积作用可以在堆积图上看出。这么写行吗？

问得粗浅了些，还望高手指教下小弟。
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10楼2011-03-07 13:03:57
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454106649

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
堆积图上画出就可以，文中给出面间距离等！
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11楼2011-03-07 13:17:11
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
引用回帖:
Originally posted by 454106649 at 2011-03-07 07:58:28:
氢键强弱看距离，除了距离3.4那个，都算是强氢键！

朋友你好，类似的问题，你还能帮我看一下吗非常感谢你了https://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2930911
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12楼2011-03-08 07:58:17
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