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[交流]
【请教】弱弱地问下关于氢键表？已经解决
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我做了个有机单晶，PLATON计算出来的氢键表信息如下： :: CPU-time: 0.6 (Total: 0.4) Donor --- H....Acceptor [ ARU ] D - H H...A D...A D - H...A C(11) --H(11) ..O(1) [ ] 0.98 2.38 2.740(4) 101 C(11) --H(11) ..N(3) [ ] 0.98 2.38 2.968(4) 118 C(17) --H(17) ..N(2) [ ] 0.93 2.51 2.854(6) 102 C(18) --H(18B) ..O(2) [ ] 0.97 2.35 2.707(6) 101 C(22) --H(22) ..O(2) [ 3575.01] 0.93 2.52 3.429(9) 166 :: No Classic Hydrogen Bonds Found :: CPU-time: 0.2 (Total: 0.6) 有些疑问： 1.从氢键表中能看出具体那个是分子间氢键还是分子内氢键吗？（难道是结合晶体图中看出吗？还是光凭这个表就能看出那个是分子间还是分子内氢键？） 2.具体看那个值在多少范围呢才算作是氢键呢？ 3.上述列的是否全是氢键呢？本人写SCI文章用，希望准确些，希望高手们解答，可再加金币  [ Last edited by baiyuefei on 2011-3-8 at 07:46 ] |
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11楼2011-03-07 13:17:11
~
baiyuefei(金币+20): 又是高手您啊，呵呵，非常感谢你。 2011-03-07 07:44:45
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C-H 的氢键用htab 2 计算，好像不能在lst中列出来！只能是一个一个找，比如C11，你用envi 找到合适的氢键受体原子（你这里PLATON已经计算出来了），然后在INS中加上htab C11 O1，然后精修！ 如果有对称操作，在INS中加上 : EQIV $1 .... HTAB A1 B1_$1 然后精修！在lst中就会产生C-H氢键表！ PS：氢键距离一般小于3.2，但是C-H距离有时候也会大些（比如，这里C22-O2距离为3.429，platon也认为有氢键存在） 以上内容不全是权威论著，有些只是小弟个人的理解，欢迎指正！ |
2楼2011-03-06 11:25:44
3楼2011-03-06 20:28:17
5楼2011-03-07 07:52:19