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baiyuefei

版主 (文学泰斗)

[交流] 【请教】弱弱地问下关于氢键表？已经解决

我做了个有机单晶，PLATON计算出来的氢键表信息如下：
:: CPU-time:    0.6 (Total:    0.4)

Donor --- H....Acceptor [ ARU  ]    D - H    H...A    D...A  D - H...A

C(11) --H(11)  ..O(1) [       ]    0.98    2.38 2.740(4)       101
C(11) --H(11)  ..N(3) [       ]    0.98    2.38 2.968(4)       118
C(17) --H(17)  ..N(2) [       ]    0.93    2.51 2.854(6)       102
C(18) --H(18B) ..O(2) [       ]    0.97    2.35 2.707(6)       101
C(22) --H(22)  ..O(2) [  3575.01]    0.93    2.52 3.429(9)       166

:: No Classic Hydrogen Bonds Found

:: CPU-time:    0.2 (Total:    0.6)

有些疑问：
1.从氢键表中能看出具体那个是分子间氢键还是分子内氢键吗？（难道是结合晶体图中看出吗？还是光凭这个表就能看出那个是分子间还是分子内氢键？）
2.具体看那个值在多少范围呢才算作是氢键呢？
3.上述列的是否全是氢键呢？本人写SCI文章用，希望准确些，希望高手们解答，可再加金币

[ Last edited by baiyuefei on 2011-3-8 at 07:46 ]

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1楼 2011-03-06 10:57:19

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454106649

木虫 (著名写手)

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虫号: 1017764

引用回帖:

Originally posted by baiyuefei at 2011-03-07 07:52:19:
那您n能告诉我下，那个是比较强的氢键，那个是弱的氢键呢？具体的得看那些值呢？

氢键强弱看距离，除了距离3.4那个，都算是强氢键！

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6楼2011-03-07 07:58:28

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454106649

木虫 (著名写手)

CMEI: 1
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~

baiyuefei(金币+20): 又是高手您啊，呵呵，非常感谢你。 2011-03-07 07:44:45

C-H 的氢键用htab 2 计算，好像不能在lst中列出来！只能是一个一个找，比如C11，你用envi 找到合适的氢键受体原子（你这里PLATON已经计算出来了），然后在INS中加上htab C11 O1，然后精修！
如果有对称操作，在INS中加上 :
   EQIV $1 ....
   HTAB A1 B1_$1
然后精修！在lst中就会产生C-H氢键表！
PS：氢键距离一般小于3.2，但是C-H距离有时候也会大些（比如，这里C22-O2距离为3.429，platon也认为有氢键存在）
   以上内容不全是权威论著，有些只是小弟个人的理解，欢迎指正！

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2楼2011-03-06 11:25:44

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