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renxingye

铁杆木虫 (小有名气)


[交流] 【讨论】用GO3做TD-DFT优化激发态怎么弄

用GO3做TD-DFT优化激发态怎么弄

怎么写关键词?

谢谢
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8tao7

木虫 (小有名气)



renxingye(金币+1):谢谢参与
4楼2011-02-27 16:25:28
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普通回帖

qlihytc

新虫 (小有名气)



renxingye(金币+1):谢谢参与
人说“授人以鱼不如授人以渔”
如果初学者可以要学会基本的输入,如何优化,计算频率等,建议看gaussian配套的exploring chemistry with electronic structure methods ,上面第九章有专门介绍,也有算例。
另外,如果你想对TDDFT有更深了解,推荐一篇综述:Head-Gordon的2005年的Chem-review 105,4009-4037
2楼2011-02-27 11:52:06
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renxingye

铁杆木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by qlihytc at 2011-02-27 11:52:06:
人说“授人以鱼不如授人以渔”
如果初学者可以要学会基本的输入,如何优化,计算频率等,建议看gaussian配套的exploring chemistry with electronic structure methods ,上面第九章有专门介绍,也有算例。
另外 ...

不是

我以前没做过激发态

最近才开始弄 不知道知道弄

谢谢
3楼2011-02-27 12:42:38
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renxingye

铁杆木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by 8tao7 at 2011-02-27 16:25:28:
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm
参考step4

GO3貌似不行!我试过!
5楼2011-02-28 09:10:43
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★ ★ ★ ★
renxingye(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+3): 2011-02-28 11:27:49
给你个例子

z矩阵:

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

test

0 1
C
O 1 r1
O 1 r1 2 180.0

r1 1.25

直角坐标:

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

test

0 1
C  0.0  0.0  0.0
O  0.0  0.0  r1
O  0.0  0.0  -r1

r1 1.25

关键点:G03的TDDFT只能用数值梯度。和解析梯度优化不同,数值梯度做优化需要指明优化的变量(这里的r1)。如果坐标里不含变量,程序不做优化。
6楼2011-02-28 10:43:53
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8tao7

木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by renxingye at 2011-02-28 09:10:43:
GO3貌似不行!我试过!

高斯03是不可以做td优化
7楼2011-02-28 10:52:57
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handsome_yj

金虫 (小有名气)



renxingye(金币+1):谢谢参与
G03 不可以用于激发态的优化!
8楼2011-02-28 15:46:56
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cysqxr

木虫 (小有名气)



renxingye(金币+1):谢谢参与
09可以算。但是用TD-DFT作激发态的优化,还是不准确的,因为密度泛函本身缺陷所致。
10楼2011-02-28 21:23:43
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tiechong

金虫 (著名写手)



renxingye(金币+1):谢谢参与
TDDFT 优化的结果还是有用的,不过用起来要谨慎
11楼2011-03-01 05:49:51
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renxingye

铁杆木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by cysqxr at 2011-02-28 21:23:43:
09可以算。但是用TD-DFT作激发态的优化,还是不准确的,因为密度泛函本身缺陷所致。

那一般用什么方法做作激发态的优化?

谢谢
12楼2011-03-01 09:07:11
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cysqxr

木虫 (小有名气)


CASSCF/CASPT2
13楼2011-03-04 09:50:23
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djl2008d

木虫 (文坛精英)



renxingye(金币+1):谢谢参与
我怎么见过有人发的文章就是用G03做的激发态的优化呀
14楼2011-03-28 21:46:02
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xjiao

金虫 (初入文坛)



renxingye(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
44211楼: Originally posted by beefly at 2011-02-28 10:43:53:
给你个例子

z矩阵:

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

test

0 1
C
O 1 r1
O 1 r1 2 180.0

r1 1.25

直角坐标:

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

tes ...

你好!请问一下g09可以用TTDFT优化过渡态结构吗?如果能命令行怎么写?先谢谢了!
15楼2012-03-19 14:42:42
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yangwenpeng

新虫 (正式写手)



renxingye(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
44211楼: Originally posted by beefly at 2011-02-28 10:43:53
给你个例子

z矩阵:

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

test

0 1
C
O 1 r1
O 1 r1 2 180.0

r1 1.25

直角坐标:

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

test
...

请问这个变量是怎么设置的
16楼2012-09-28 17:08:59
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gcworm

木虫 (职业作家)



renxingye(金币+1): 谢谢参与
路过,帮你顶一下
18楼2012-09-28 19:18:57
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gcworm

木虫 (职业作家)


路过,帮你顶一下
19楼2012-09-29 17:38:31
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引用回帖:
1349719楼: Originally posted by xjiao at 2012-03-19 14:42:42
你好!请问一下g09可以用TTDFT优化过渡态结构吗?如果能命令行怎么写?先谢谢了!...

g09的tddft目前没有解析的力常数矩阵,不能直接优化过渡态。可以先用cis计算激发态的力常数矩阵,存到chk文件里,然后在tddft计算中读入。理论上可以这么做(gaussian中,所有没有解析二阶导数的方法都用这种办法优化过渡态),但是程序是否支持这么做,有没有bug,只有试过才知道。

另外,如果cis与tddft计算的激发态组态因子(也就是跃迁的成份)相差太大,上面的方法无效。
20楼2012-09-29 21:00:51
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引用回帖:
1366097楼: Originally posted by yangwenpeng at 2012-09-28 17:08:59
请问这个变量是怎么设置的...

z矩阵的变量设置,参考使用手册。

直角坐标。SF6(Oh点群)的例子:
S  0    0.0   0.0   0.0
F  0    rsf   0.0   0.0
F  0    0.0   rsf   0.0
F  0    0.0   0.0   rsf
F  0   -rsf   0.0   0.0
F  0    0.0  -rsf   0.0
F  0    0.0   0.0  -rsf

rsf = 1.6

注意:
1,Gaussian认为:原子符号+分隔符之后如果存在其他符号,一定是数字。如果是0或浮点数,就是直角坐标,否则是z矩阵。因此原子符号之后一般要写上0,表示本行是直角坐标。否则在读取第一、第三个氟原子坐标的时候,会出错。
2,变量必须满足所需要的对称性。上面的例子中,所有的优化变量都使用同一符号rsf。这样做可以在优化过程中保持Oh对称性,并且降低数值梯度计算的计算量(它与变量个数成正比)。但是有些体系的直角坐标变量无法满足对称性要求,比如CH4(Td点群)、PF5(Dh3点群),它们的x、y、z分量是相互依赖的。这类体系最好采用z矩阵坐标。
3,变量个数不能超过3N-5或3N-6,否则变量就线性依赖了。与上面不同,在这里,对称等价的变量分别计数,所以上面的例子中,变量个数=6,小于3N-6=15。例如CO分子,这样的直角坐标没有意义:
C
O  0  x  y  z

x=0.0
y=0.0
z=1.1

[ Last edited by beefly on 2012-9-29 at 21:36 ]
21楼2012-09-29 21:22:19
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简单回复
xbx04079楼
2011-02-28 15:55   回复  
renxingye(金币+1):谢谢参与
gujing13617楼
2012-09-28 17:31   回复  
renxingye(金币+1): 谢谢参与
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