[交流] 【讨论】用GO3做TD-DFT优化激发态怎么弄

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

我的

» 猜你喜欢

澳大利亚昆士兰科技大学PhD博士奖学金已经有0人回复
【211博士招生】环境化学、地学、毒理方向，擅长污染物迁移转化降解、计算模拟者优先已经有17人回复
物理化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有300人回复
求助如何利用vasp计算磁光克尔效应已经有1人回复
070300总分298求调剂已经有2人回复
一志愿厦门大学化学学硕307求调剂已经有13人回复
理论与计算化学方向调剂——初试388分（数学144）已经有1人回复
招生材料与化工、环境科学调剂研究生已经有5人回复
调剂招生已经有7人回复
河南理工大学化工学院招收调剂生啦！已经有1人回复
硕士研究生调剂已经有0人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2011-02-27 11:30:18

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

8tao7

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1483.3
帖子: 229
在线: 158.2小时
虫号: 583342

★
renxingye(金币+1):谢谢参与

http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm
参考step4

赞一下(2人)

4楼2011-02-27 16:25:28

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

普通回帖

qlihytc

新虫 (小有名气)

应助: 14 (小学生)
金币: 462.6
帖子: 80
在线: 67.6小时
虫号: 567407

★
renxingye(金币+1):谢谢参与

人说“授人以鱼不如授人以渔”
如果初学者可以要学会基本的输入，如何优化，计算频率等，建议看gaussian配套的exploring chemistry with electronic structure methods ，上面第九章有专门介绍，也有算例。
另外，如果你想对TDDFT有更深了解，推荐一篇综述：Head-Gordon的2005年的Chem-review 105，4009-4037

2楼2011-02-27 11:52:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

renxingye

铁杆木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 7146.5
帖子: 261
在线: 281.4小时
虫号: 868277

引用回帖:

Originally posted by qlihytc at 2011-02-27 11:52:06:
人说“授人以鱼不如授人以渔”
如果初学者可以要学会基本的输入，如何优化，计算频率等，建议看gaussian配套的exploring chemistry with electronic structure methods ，上面第九章有专门介绍，也有算例。
另外 ...

不是

我以前没做过激发态

最近才开始弄不知道知道弄

谢谢

3楼2011-02-27 12:42:38

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

renxingye

铁杆木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 7146.5
帖子: 261
在线: 281.4小时
虫号: 868277

引用回帖:

Originally posted by 8tao7 at 2011-02-27 16:25:28:
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm
参考step4

GO3貌似不行！我试过！

5楼2011-02-28 09:10:43

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

★ ★ ★ ★
renxingye(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+3): 2011-02-28 11:27:49

给你个例子

z矩阵：

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

test

0 1
C
O 1 r1
O 1 r1 2 180.0

r1 1.25

直角坐标：

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

test

0 1
C  0.0  0.0  0.0
O  0.0  0.0  r1
O  0.0  0.0  -r1

r1 1.25

关键点：G03的TDDFT只能用数值梯度。和解析梯度优化不同，数值梯度做优化需要指明优化的变量（这里的r1）。如果坐标里不含变量，程序不做优化。

赞一下(2人)

6楼2011-02-28 10:43:53

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

8tao7

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1483.3
帖子: 229
在线: 158.2小时
虫号: 583342

引用回帖:

Originally posted by renxingye at 2011-02-28 09:10:43:
GO3貌似不行！我试过！

高斯03是不可以做td优化

7楼2011-02-28 10:52:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

handsome_yj

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 636
帖子: 189
在线: 228.6小时
虫号: 919497

★
renxingye(金币+1):谢谢参与

G03 不可以用于激发态的优化！

8楼2011-02-28 15:46:56

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

cysqxr

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 721.9
帖子: 177
在线: 264.9小时
虫号: 299084

★
renxingye(金币+1):谢谢参与

09可以算。但是用TD-DFT作激发态的优化，还是不准确的，因为密度泛函本身缺陷所致。

10楼2011-02-28 21:23:43

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

tiechong

金虫 (著名写手)

应助: 9 (幼儿园)
金币: 493.7
帖子: 1094
在线: 391.7小时
虫号: 793352

★
renxingye(金币+1):谢谢参与

TDDFT 优化的结果还是有用的,不过用起来要谨慎

11楼2011-03-01 05:49:51

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

renxingye

铁杆木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 7146.5
帖子: 261
在线: 281.4小时
虫号: 868277

引用回帖:

Originally posted by cysqxr at 2011-02-28 21:23:43:
09可以算。但是用TD-DFT作激发态的优化，还是不准确的，因为密度泛函本身缺陷所致。

那一般用什么方法做作激发态的优化？

谢谢

12楼2011-03-01 09:07:11

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

cysqxr

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 721.9
帖子: 177
在线: 264.9小时
虫号: 299084

CASSCF/CASPT2

13楼2011-03-04 09:50:23

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

djl2008d

木虫 (文坛精英)

应助: 67 (初中生)
金币: 161
帖子: 11890
在线: 466.9小时
虫号: 422060

★
renxingye(金币+1):谢谢参与

我怎么见过有人发的文章就是用G03做的激发态的优化呀

14楼2011-03-28 21:46:02

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xjiao

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 666.3
帖子: 19
在线: 62小时
虫号: 1122658

★
renxingye(金币+1): 谢谢参与

引用回帖:

44211楼: Originally posted by beefly at 2011-02-28 10:43:53:
给你个例子

z矩阵：

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

test

0 1
C
O 1 r1
O 1 r1 2 180.0

r1 1.25

直角坐标：

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

tes ...

你好！请问一下g09可以用TTDFT优化过渡态结构吗？如果能命令行怎么写？先谢谢了！

15楼2012-03-19 14:42:42

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

yangwenpeng

新虫 (正式写手)

应助: 13 (小学生)
金币: 670.5
帖子: 583
在线: 91.5小时
虫号: 1468602

★
renxingye(金币+1): 谢谢参与

引用回帖:

44211楼: Originally posted by beefly at 2011-02-28 10:43:53
给你个例子

z矩阵：

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

test

0 1
C
O 1 r1
O 1 r1 2 180.0

r1 1.25

直角坐标：

# b3lyp/3-21g td(Singlets,NStates=3,Root=1) opt

test
...

请问这个变量是怎么设置的

16楼2012-09-28 17:08:59

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

gcworm

木虫 (职业作家)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1193.7
帖子: 3741
在线: 109.5小时
虫号: 1973891

★
renxingye(金币+1): 谢谢参与

路过，帮你顶一下

18楼2012-09-28 19:18:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

gcworm

木虫 (职业作家)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1193.7
帖子: 3741
在线: 109.5小时
虫号: 1973891

路过，帮你顶一下

19楼2012-09-29 17:38:31

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

引用回帖:

1349719楼: Originally posted by xjiao at 2012-03-19 14:42:42
你好！请问一下g09可以用TTDFT优化过渡态结构吗？如果能命令行怎么写？先谢谢了！...

g09的tddft目前没有解析的力常数矩阵，不能直接优化过渡态。可以先用cis计算激发态的力常数矩阵，存到chk文件里，然后在tddft计算中读入。理论上可以这么做（gaussian中，所有没有解析二阶导数的方法都用这种办法优化过渡态），但是程序是否支持这么做，有没有bug，只有试过才知道。

另外，如果cis与tddft计算的激发态组态因子（也就是跃迁的成份）相差太大，上面的方法无效。

20楼2012-09-29 21:00:51

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

引用回帖:

1366097楼: Originally posted by yangwenpeng at 2012-09-28 17:08:59
请问这个变量是怎么设置的...

z矩阵的变量设置，参考使用手册。

直角坐标。SF6（Oh点群）的例子：
S  0 0.0 0.0 0.0
F  0 rsf 0.0 0.0
F  0 0.0 rsf 0.0
F  0 0.0 0.0 rsf
F  0 -rsf 0.0 0.0
F  0 0.0  -rsf 0.0
F  0 0.0 0.0  -rsf

rsf = 1.6

注意：
1，Gaussian认为：原子符号+分隔符之后如果存在其他符号，一定是数字。如果是0或浮点数，就是直角坐标，否则是z矩阵。因此原子符号之后一般要写上0，表示本行是直角坐标。否则在读取第一、第三个氟原子坐标的时候，会出错。
2，变量必须满足所需要的对称性。上面的例子中，所有的优化变量都使用同一符号rsf。这样做可以在优化过程中保持Oh对称性，并且降低数值梯度计算的计算量（它与变量个数成正比）。但是有些体系的直角坐标变量无法满足对称性要求，比如CH4（Td点群）、PF5（Dh3点群），它们的x、y、z分量是相互依赖的。这类体系最好采用z矩阵坐标。
3，变量个数不能超过3N-5或3N-6，否则变量就线性依赖了。与上面不同，在这里，对称等价的变量分别计数，所以上面的例子中，变量个数=6，小于3N-6=15。例如CO分子，这样的直角坐标没有意义：
C
O  0  x  y  z

x=0.0
y=0.0
z=1.1

[ Last edited by beefly on 2012-9-29 at 21:36 ]