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konglingbing

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[交流] 【请教】Squeeze使用

MOF框架中的溶剂分子无序，
1：于是使用squeeze掉溶剂分子，因为自学，所以不知道自己的操作是否正确，请高手赐教具体步骤？
2：如果要使用OMIT命令，是squeeze掉后OMIT，还是先OMIT再squeeze
3：投稿时，不是要上传squeeze之前和squeeze之后的cif,这是指把squeeze之前处理好的数据，然后squeeze，做好cif--check上传,想问如果squeeze之后发现有问题是否还可以再精修数据，或者再加一些限制命令，或者还能否OMIT
4: 对于MOF，最后完成度达到最低多少可以发表

[ Last edited by konglingbing on 2011-2-17 at 13:26 ]

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1楼 2011-02-16 22:51:30

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腾龙云飞

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konglingbing(金币+3): 2011-02-25 20:37:07

个人认为：
1、用platon squeeze处理ins或者res，把sqf中的数据考入cif
2、omit可以放在最后用
3、squeeze之后数据一般都会变好，可以使用其它的命令修改数据到最完美。
4、好象是0.95，最好要大于0.97
另外，在溶剂分子能确认的情况下不建议使用squeeze，可以用低温等方法测试后实在无法确认才使用，并且在文章中要做说明。

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2楼2011-02-24 17:05:08

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konglingbing

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引用回帖:

Originally posted by 腾龙云飞 at 2011-02-24 17:05:08:
个人认为：
1、用platon squeeze处理ins或者res，把sqf中的数据考入cif
2、omit可以放在最后用
3、squeeze之后数据一般都会变好，可以使用其它的命令修改数据到最完美。
4、好象是0.95，最好要大于0.97
另外 ...

请教squeeze 之后，产生的sqf文件中例如下面所示各代表什么
# SQUEEZE RESULTS (APPEND TO CIF)
loop_
  _platon_squeeze_void_nr
  _platon_squeeze_void_average_x
  _platon_squeeze_void_average_y
  _platon_squeeze_void_average_z
  _platon_squeeze_void_volume
  _platon_squeeze_void_count_electrons
      1    0.000    0.000    0.000    653.2    37.9
      2 -0.024    0.499    0.499 2646.7    173.1
_platon_squeeze_details
; ?
;
怎么根据electrons in the void space per unit去推测溶剂

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3楼2011-02-25 20:41:46

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腾龙云飞

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konglingbing(金币+1): 2011-02-25 21:52:55

引用回帖:

Originally posted by konglingbing at 2011-02-25 20:41:46:
请教squeeze 之后，产生的sqf文件中例如下面所示各代表什么
# SQUEEZE RESULTS (APPEND TO CIF)
loop_
  _platon_squeeze_void_nr
  _platon_squeeze_void_average_x
  _platon_squeeze_void_average_y
...

(residual electron density xxxx e per unit cel) ÷ （electron density of solvent molecule such as water）

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4楼2011-02-25 21:15:12

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konglingbing

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Originally posted by 腾龙云飞 at 2011-02-25 21:15:12:
(residual electron density xxxx e per unit cel) ÷ （electron density of solvent molecule such as water）

which one is residual electron density per unit cel?

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5楼2011-02-25 21:21:48

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腾龙云飞

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★
nash603(金币+1): 谢谢回帖交流！欢迎常来晶体版！ 2011-02-26 11:08:56

电子残留密度，跟你说的这个electrons in the void space per unit差不多

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6楼2011-02-25 22:01:13

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konglingbing

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引用回帖:

Originally posted by 腾龙云飞 at 2011-02-25 22:01:13:
电子残留密度，跟你说的这个electrons in the void space per unit差不多

我可能没有表达清楚，
我想问的是从哪里得到电子残留密度
还有
   1    0.000    0.000    0.000    653.2    37.9
      2 -0.024    0.499    0.499 2646.7    173.1
中37.9和173.1 是什么，是SQUEEZE 掉的电子吗
为什么有两组有时候甚至更多

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7楼2011-02-25 23:58:38

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