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汕头大学海洋科学接受调剂
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konglingbing

木虫 (著名写手)


[交流] 【请教】Squeeze使用

MOF框架中的溶剂分子无序,
1:于是使用squeeze掉溶剂分子,因为自学,所以不知道自己的操作是否正确,请高手赐教具体步骤?
2:如果要使用OMIT命令,是squeeze掉后OMIT,还是先OMIT再squeeze
3:投稿时,不是要上传squeeze之前和squeeze之后的cif,这是指把squeeze之前处理好的数据,然后squeeze,做好cif--check上传,想问如果squeeze之后发现有问题是否还可以再精修数据,或者再加一些限制命令,或者还能否OMIT
4: 对于MOF,最后完成度达到最低多少可以发表

[ Last edited by konglingbing on 2011-2-17 at 13:26 ]
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konglingbing

木虫 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2011-02-25 22:01:13:
电子残留密度,跟你说的这个electrons in the void space per unit差不多

我可能没有表达清楚,
我想问的是从哪里得到电子残留密度
还有        
      1     0.000     0.000     0.000     653.2      37.9
         2    -0.024     0.499     0.499    2646.7     173.1
中37.9和173.1 是什么,是SQUEEZE 掉的电子吗
为什么有两组有时候甚至更多
7楼2011-02-25 23:58:38
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)


konglingbing(金币+3): 2011-02-25 20:37:07
个人认为:
1、用platon squeeze处理ins或者res,把sqf中的数据考入cif
2、omit可以放在最后用
3、squeeze之后数据一般都会变好,可以使用其它的命令修改数据到最完美。
4、好象是0.95,最好要大于0.97
另外,在溶剂分子能确认的情况下不建议使用squeeze,可以用低温等方法测试后实在无法确认才使用,并且在文章中要做说明。
2楼2011-02-24 17:05:08
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konglingbing

木虫 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2011-02-24 17:05:08:
个人认为:
1、用platon squeeze处理ins或者res,把sqf中的数据考入cif
2、omit可以放在最后用
3、squeeze之后数据一般都会变好,可以使用其它的命令修改数据到最完美。
4、好象是0.95,最好要大于0.97
另外 ...

请教squeeze 之后,产生的sqf文件中例如下面所示各代表什么
# SQUEEZE RESULTS (APPEND TO CIF)
loop_
  _platon_squeeze_void_nr
  _platon_squeeze_void_average_x
  _platon_squeeze_void_average_y
  _platon_squeeze_void_average_z
  _platon_squeeze_void_volume
  _platon_squeeze_void_count_electrons
         1     0.000     0.000     0.000     653.2      37.9
         2    -0.024     0.499     0.499    2646.7     173.1
_platon_squeeze_details
; ?
;
怎么根据electrons in the void space per unit去推测溶剂
3楼2011-02-25 20:41:46
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)


konglingbing(金币+1): 2011-02-25 21:52:55
引用回帖:
Originally posted by konglingbing at 2011-02-25 20:41:46:
请教squeeze 之后,产生的sqf文件中例如下面所示各代表什么
# SQUEEZE RESULTS (APPEND TO CIF)
loop_
  _platon_squeeze_void_nr
  _platon_squeeze_void_average_x
  _platon_squeeze_void_average_y
...

(residual electron density  xxxx e per unit cel) ÷ (electron density of solvent molecule such as water)
4楼2011-02-25 21:15:12
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