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【分享】人细胞中具有类增强子功能的长非编码RNAs
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Long NoncodingRNAs with Enhancer-like Function in Human Cells 人细胞中具有类增强子功能的长非编码RNAs Ulf Andersson Ørom, Thomas Derrien, Malte Beringer, Kiranmai Gumireddy, Alessandro Gardini, Giovanni Bussotti, Fan Lai, Matthias Zytnicki, Cedric Notredame, Qihong Huang, Roderic Guigo, and Ramin Shiekhattar The Wistar Institute, 3601 Spruce Street, Philadelphia, PA 19104, USA Centre forGenomicRegulation(CRG), UPF, Barcelona, Spain Institucio´Catalana de Recerca i Estudis Avanc¸ ats (ICREA), Barcelona, Spain Cell, Volume 143, Issue 1, 46-58, 1 October 2010 摘要：While the long noncoding RNAs (ncRNAs) constitute a large portion of the mammalian transcriptome, their biological functions has remained elusive. A few long ncRNAs that have been studied in any detail silence gene expression in processes such as X-inactivation and imprinting. We used a GENCODE annotation of the human genome to characterize over a thousand long ncRNAs that are expressed in multiple cell lines. Unexpectedly, we found an enhancer-like function for a set of these long ncRNAs in human cell lines. Depletion of a number of ncRNAs led to decreased expression of their neighboring protein-coding genes, including the master regulator of hematopoiesis, SCL (also called TAL1), Snai1 and Snai2. Using heterologous transcription assays we demonstrated a requirement for the ncRNAs in activation of gene expression. These results reveal an unanticipated role for a class of long ncRNAs in activation of critical regulators of development and differentiation. 1. 长的非编码RNAs作为哺乳动物转录组的很大一部分，其功能尚不清楚。 2. 经过细致研究，发现一些长的ncRNAs能够使基因沉默，例如在X染色体失活和基因印记过程中。 3. 基于人类基因组的GENCODE注释，我们发现了1000多条长的非编码RNAs在多个细胞系中有表达。 4. 我们发现了一组具有类增强子功能的长的ncRNAs。 5. 除去一些ncRNAs后，其相邻的蛋白质编码基因的表达降低。 6. 有些基因表达的激活需要ncRNAs的参与 7. 长的ncRNAs在与发育和分化相关的关键调控子的转录激活过程中，具有重要的作用。 更多资料请登录www.bioknow.cn |
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