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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】msd算法
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astringent

铜虫 (著名写手)

[交流] 【求助】msd算法 已有6人参与

写了一个计算均方位移的程序，可是由于程序中用了很多大的数组，程序总是提示出错，老板让用on the fly算法，请问何为on the fly算法？请大家不吝赐教多谢
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1楼 2011-02-04 04:35:52
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1dubo

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问楼主，你算得MSD最后是求得扩散速率吗？谢谢！！能不能看看你的程序啊！谢！！
1dubo@163.com
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8楼2011-02-16 13:36:54
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-02-05 20:45:23
引用回帖:
Originally posted by astringent at 2011-02-04 04:35:52:
写了一个计算均方位移的程序，可是由于程序中用了很多大的数组，程序总是提示出错，老板让用on the fly算法，请问何为on the fly算法？请大家不吝赐教多谢

为何不将坐标输出到文件，然后进行后续的计算呢
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2楼2011-02-05 00:03:10
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astringent

铜虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1): 鼓励交流 2011-02-09 21:18:31
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-02-05 00:03:10:


为何不将坐标输出到文件，然后进行后续的计算呢

我试试，多谢。
另外我还有个问题，我要对体系中某些原子计算MSD，但是由于在每个时间原点t=0时，这些原子的个数不固定，我在累加msd时可以做到只对符合条件原子的msd进行累加，但是最后求平均用公式MSD（t）=MSD（t）/nparticle*ntime0时，就出现问题了，粒子数nparticle应该怎么办呢？因为在每个时间原点时，nparticle不一样啊？
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3楼2011-02-05 05:48:05
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-02-09 21:18:41
每次都对粒子数求平均就行了。
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4楼2011-02-06 17:56:33
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