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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】msd算法
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astringent

铜虫 (著名写手)

[交流] 【求助】msd算法 已有6人参与

写了一个计算均方位移的程序，可是由于程序中用了很多大的数组，程序总是提示出错，老板让用on the fly算法，请问何为on the fly算法？请大家不吝赐教多谢
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1楼 2011-02-04 04:35:52
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astringent

铜虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1): 鼓励交流 2011-02-09 21:18:50
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-02-06 17:56:33:
每次都对粒子数求平均就行了。

多谢。
请问均方位移可以不对粒子数取平均吗？比如说做蛋白质水合层中水的均方位移，这个时候是考虑整个水合层中水的均方位移还是需要在对水合层粒子数去平均呢？
因为我计算的到得msd值在不考虑对粒子数平均的时候和文献上的图基本符合，可是一考虑对粒子数取平均就相差很远了。
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5楼2011-02-08 05:07:11
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-02-05 20:45:23
引用回帖:
Originally posted by astringent at 2011-02-04 04:35:52:
写了一个计算均方位移的程序，可是由于程序中用了很多大的数组，程序总是提示出错，老板让用on the fly算法，请问何为on the fly算法？请大家不吝赐教多谢

为何不将坐标输出到文件，然后进行后续的计算呢
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2楼2011-02-05 00:03:10
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astringent

铜虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1): 鼓励交流 2011-02-09 21:18:31
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-02-05 00:03:10:


为何不将坐标输出到文件，然后进行后续的计算呢

我试试，多谢。
另外我还有个问题，我要对体系中某些原子计算MSD，但是由于在每个时间原点t=0时，这些原子的个数不固定，我在累加msd时可以做到只对符合条件原子的msd进行累加，但是最后求平均用公式MSD（t）=MSD（t）/nparticle*ntime0时，就出现问题了，粒子数nparticle应该怎么办呢？因为在每个时间原点时，nparticle不一样啊？
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3楼2011-02-05 05:48:05
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-02-09 21:18:41
每次都对粒子数求平均就行了。
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4楼2011-02-06 17:56:33
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