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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】电子密度问题-如何回答评审人的问题？急啊
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sunday6392

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】电子密度问题-如何回答评审人的问题？急啊

第三个评审人的问题是：2. How the electronic density changes with diferent geometries and how the influence in the magnetic properties with that changes?
电子密度怎样随着不同的几何构型而变化
电子密度的变化又对异构体的磁性是如何影响的？

计算的体系是有机金属化合物（由gaussian03计算）
这里的电子密度如何理解？（应该不是自旋密度吧？）
请教各位 我应该怎么分析 给点建议
拜托大家了哈

祝大家假期快乐！
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1楼 2011-01-25 11:33:50
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zhou2009

版主 (著名写手)
sunday6392(金币+5): 谢谢周老师 2011-01-25 15:37:30
电子密度想来应还是通常意义的。

但如果把全分子或者去掉内层电子的价层电子的电子密度画出来，它们都是浓浓的一片云，很难具体比较几何构型变化在电子云上的变化。

只能作密度差。但是现在几何构型发生了变化，也不能直接来作密度差。
但可以作分子片的密度差，但因不知几何构型到底是如何在变化，不能提出具体的设想。

分子片的密度差，原则上可以这样作：在你的分子中，选择一个这样的关节键，划分分子为R-R’。 R分子片包含金属，R’ 分子片包含异构体的几何构型变化，最好R分子片在构型上没有什么变化，并且将它固定统一的坐标不变，以便比较。
分别计算第一种分子的R-R’的ρ、R的ρ和R’的ρ，要注意这时R和R’都形成有一个单电子的了。然后用R-R’的ρ逐次减去R的ρ和R’的ρ，就得到第一种构型分子的Δρ。
然后计算第二个分子的R-R’，同样作第二种构型分子的Δρ。
比较这两种分子Δρ的变化，特别是包含金属的R分子片的电荷变化，并与几何构型、磁性影响关联起来。
用GV除了看等值面图外，还要设计R在一个平面上，从而比较两个分子在R的截面等值线图，等值线图更加突显不同几何构型的电荷净变化。
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2楼2011-01-25 14:36:06
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manson1998

金虫 (著名写手)
u may get the result after finishing ur optimization first
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3楼2011-01-25 14:39:22
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sunday6392

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2011-01-25 14:36:06:
电子密度想来应还是通常意义的。

但如果把全分子或者去掉内层电子的价层电子的电子密度画出来，它们都是浓浓的一片云，很难具体比较几何构型变化在电子云上的变化。

只能作密度差。但是现在几何构型发生了变 ...

非常感谢您的建议
我感觉好像有些复杂化了
如果再简化些就好了

请周老师看一下下面这个图（J. Phys. Chem. A 2009, 113, 7097–7102）
这样是不是更明了些
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4楼2011-01-25 15:43:49
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zhou2009

版主 (著名写手)
图示只涉及到键长和电子密度的变化。
键长由gaussian03计算会在输出中给出。
电子密度，从它给出的单位看是一个指定点的。
它的得到可以这样作，由gaussian03计算得到chk文件，改写成fch之后，读入multiwfn程序，选择只对某一个指定点（指定x、y、z的坐标值）计算电子密度即可求得，它的表达单位与图例一致。
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5楼2011-01-25 18:27:04
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sunday6392

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2011-01-25 18:27:04:
图示只涉及到键长和电子密度的变化。
键长由gaussian03计算会在输出中给出。
电子密度，从它给出的单位看是一个指定点的。
它的得到可以这样作，由gaussian03计算得到chk文件，改写成fch之后，读入multiwfn程序 ...

上文是通过AIM2000软件计算得到
在高斯输入文件加关键字：aim=all 有时候也可以
我想通过说明某些键的电子密度与几何构型变化的关系来回答评审人的问题
是否合适？
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6楼2011-01-25 19:27:09
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zhou2009

版主 (著名写手)
某些键的电子密度与几何构型变化当然是有关系的，但不足以说明对磁性是如何影响的。
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7楼2011-01-25 21:26:56
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mchen10

金虫 (正式写手)
ref asks you to make comparisons between your molecules, so just try to explain it, and better not overdo it to make it become too complicated.
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8楼2011-01-26 03:22:55
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
关于电子密度变化的问题 zhou2009老师已经解释的很清楚了 我以前就是这样用的 这样解释 我觉得比各种电荷划分方法（不论mulliken、aim、nbo等任何电荷划分方法）都更加接近真实

但是 电子密度跟磁性 我觉得实在是扯不上关系 倒是可以这样 电子密度变化造成自旋密度的变化 再通过自旋密度的变化来解释磁性的变化 这还差不多
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9楼2011-01-30 10:42:35
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by sunday6392 at 2011-01-25 19:27:09:
上文是通过AIM2000软件计算得到
在高斯输入文件加关键字：aim=all 有时候也可以
我想通过说明某些键的电子密度与几何构型变化的关系来回答评审人的问题
是否合适？

这个问题呢 我觉得还是用total density的变化来解释要更合适一些 键的电子密度的变化 受周边环境的影响很大 而且某个键的长度 并不完全由该键的电子密度来决定 周边环境原子的“挤压或吸引”（也就是我们常说的空阻）也有很大影响 嗯
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10楼2011-01-30 10:47:11
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
你说的电子密度应该是BCP的电子密度，键长变化，这个密度也跟着变。至于磁性，你可以算一下spin-spin coulping constant,键变了，这个数也跟着变。
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11楼2011-01-30 15:07:05
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