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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】怎么从结果中提取径向分布函数、键长、键角
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zugulitang

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】怎么从结果中提取径向分布函数、键长、键角

我需要从vasp的计算结果中提取径向分布函数、键长、键角，一般都是说从PCDAT和XDATCAR中提取，XDATCAR中有三行，表示原子轨迹的？但是体系中有好几种原子，并且有几十个原子，怎么确定哪个是哪个的原子轨迹呢？具体PCDAT和XDATCAR这两个文件包含了哪些信息呢？哪个高手能出来说说吗？
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1楼 2011-01-16 15:03:36
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gzhao1980

铁虫 (初入文坛)
★ ★
zugulitang(金币+1):谢谢参与
sunyang1988(金币+1): 谢谢指点 2011-02-19 09:37:14
引用回帖:
Originally posted by zugulitang at 2011-01-16 07:03:36:
我需要从vasp的计算结果中提取径向分布函数、键长、键角，一般都是说从PCDAT和XDATCAR中提取，XDATCAR中有三行，表示原子轨迹的？但是体系中有好几种原子，并且有几十个原子，怎么确定哪个是哪个的原子轨迹呢？具 ...

XDATCAR中应该是有3列吧，每列代表x,y,z，行数应该和POSCAR里面的行数一样，每一行代表一个原子，知道了原子坐标，用FOrtran编个程序就能求键长、键角、径向分布函数了。。。
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9楼2011-02-19 09:30:28
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普通回帖

zugulitang

金虫 (正式写手)
欢迎大家来讨论！
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2楼2011-01-16 15:04:46
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zhang668

木虫 (正式写手)
★ ★
zugulitang(金币+1):谢谢参与
ellsaking(金币+1): 谢谢交流 2011-02-08 18:54:11
把结构图导入到MS下，可以手动测量。
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3楼2011-01-16 17:44:25
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zugulitang

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhang668 at 2011-01-16 17:44:25:
把结构图导入到MS下，可以手动测量。

我没用MS，我是说那些数据怎么提取？
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4楼2011-01-16 17:46:32
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zhang668

木虫 (正式写手)
★ ★
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢回复 2011-01-16 18:31:21
ellsaking(金币+1): 谢谢交流 2011-02-08 18:54:24
你可以用vesta导入POSCAR，存为cif格式，然后再导入到MS中，就可以测量。
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5楼2011-01-16 17:52:34
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zugulitang

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhang668 at 2011-01-16 17:52:34:
你可以用vesta导入POSCAR，存为cif格式，然后再导入到MS中，就可以测量。

请问你有vesta软件吗？有的话能不能传一个给我？谢谢！
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6楼2011-01-16 18:40:26
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zhang668

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-01-16 19:10:49
zugulitang(金币+1): 谢谢 2011-01-17 11:17:45
你站内搜下，这个别人放过的。
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7楼2011-01-16 18:43:22
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zugulitang

金虫 (正式写手)
现在不做这个了，换课题了，来看看，没人答复啊！
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10楼2011-09-04 16:19:10
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
zugulitang(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-09-07 09:18:34
可以用下ring code
http://rings-code.sourceforge.ne ... id=23&Itemid=34
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11楼2011-09-05 20:03:27
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lilanyu

铁虫 (初入文坛)
★
zugulitang(金币+1): 谢谢参与
用Dmol计算过频率后，如何看键长键角。。。。大家说可以直接测量，，如何直接测量啊，，我没找到
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12楼2012-09-15 18:55:58
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gcworm

木虫 (职业作家)
★
zugulitang(金币+1): 谢谢参与
顶你
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13楼2012-09-15 22:17:36
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liangzhibin

新虫 (初入文坛)
★
zugulitang(金币+1): 谢谢参与
我也想换课题啊
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14楼2012-12-26 09:52:18
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lbing9002

木虫 (正式写手)
★
zugulitang(金币+1): 谢谢参与
File PCDAT contains the pair correlation function. For dynamic simulations (IBRION>=0) an averaged pair correlation is written to the file.
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15楼2013-04-12 07:54:06
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lbing9002

木虫 (正式写手)
After NBLOCK ionic steps the ionic configuration is written to the file XDATCAR
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16楼2013-04-12 07:57:18
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wangfei天空

铜虫 (小有名气)
★
zugulitang(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhang668 at 2011-01-16 17:52:34
你可以用vesta导入POSCAR，存为cif格式，然后再导入到MS中，就可以测量。

cif怎样导入MS呢   我只能导入xsd的
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17楼2014-11-23 15:46:17
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liumin222

新虫 (初入文坛)
★
zugulitang(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
9楼: Originally posted by gzhao1980 at 2011-02-19 09:30:28
XDATCAR中应该是有3列吧，每列代表x,y,z，行数应该和POSCAR里面的行数一样，每一行代表一个原子，知道了原子坐标，用FOrtran编个程序就能求键长、键角、径向分布函数了。。。...

请问编程得程序是什么？
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18楼2019-06-16 14:20:54
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boylc7898楼
2011-02-08 16:33   回复  
zugulitang(金币+1):谢谢参与
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