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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】用monte carlo法做分子模拟，用什么编程语言实现比较好？
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yangbob

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用monte carlo法做分子模拟，用什么编程语言实现比较好？

用monte carlo法做分子模拟，用什么编程语言实现比较好？需要做出分子运动轨迹的图形（团簇结构），还有RDF曲线。
本人是初学者。请各位高手说得详细些，谢谢！
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1楼 2011-01-15 16:43:30
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-01-16 20:56:05
MC算法能实现分子运动轨迹？RDF曲线？你说的应该是MD方法吧
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2楼2011-01-15 17:08:54
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yangbob

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-01-15 17:08:54:
MC算法能实现分子运动轨迹？RDF曲线？你说的应该是MD方法吧

MC不能实现分子运动轨迹么？
MC肯定能反映分子结构，
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3楼2011-01-15 18:19:24
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
yangbob(金币+1): 2011-01-15 22:39:37
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-01-16 20:55:57
yangbob(金币+1): 谢谢回复 2011-01-18 09:27:20
引用回帖:
Originally posted by yangbob at 2011-01-15 16:43:30:
用monte carlo法做分子模拟，用什么编程语言实现比较好？需要做出分子运动轨迹的图形（团簇结构），还有RDF曲线。
本人是初学者。请各位高手说得详细些，谢谢！

这要看你做的是什么monte carlo了，不过科学计算语言最好的还是FORTRAN.
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4楼2011-01-15 18:53:19
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yangbob

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-15 18:53:19:

这要看你做的是什么monte carlo了，不过科学计算语言最好的还是FORTRAN.

用matlab和fortran 比，优点和缺点能说一点么？
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5楼2011-01-15 22:39:30
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0610240

木虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-01-17 21:57:58
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-01-17 21:58:06
yangbob(金币+1): 谢谢回复 2011-01-18 09:27:05
yangbob(金币+1): 2011-01-19 22:31:19
引用回帖:
Originally posted by yangbob at 2011-01-15 22:39:30:


用matlab和fortran 比，优点和缺点能说一点么？

据说matlab 比 Fortran速度更快
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6楼2011-01-17 12:25:56
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xianggui7895

银虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-01-17 21:58:03
yangbob(金币+1): 谢谢回复 2011-01-18 09:26:53
matlab吧，容易上手。不过高手都用Fortran
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7楼2011-01-17 19:20:38
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
yangbob(金币+1): 谢谢回复，希望继续交流！ 2011-01-18 09:26:42
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-01-19 16:39:04
我从fortran转到c++了。c++的速度可能稍慢于fortran，但语法灵活，对程序的改动与管理更为方便
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8楼2011-01-18 01:42:56
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0610240

木虫 (正式写手)
yangbob(金币+1): 2011-06-10 08:29:32
请问MATLAB可以实现分子动力学模拟吗？
引用回帖:
Originally posted by xianggui7895 at 2011-01-17 19:20:38:
matlab吧，容易上手。不过高手都用Fortran

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9楼2011-01-18 18:32:09
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xianggui7895

银虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-01-19 16:39:16
引用回帖:
Originally posted by 0610240 at 2011-01-18 18:32:09:
请问MATLAB可以实现分子动力学模拟吗？


why not? 而且会很方便

PS：我没编过，但是知道可以：）
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10楼2011-01-19 10:54:59
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-01-23 15:43:11
好久没来了, 灌水一下.

你会啥语言, 就用什么语言.
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11楼2011-01-20 12:04:15
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0610240

木虫 (正式写手)
啥语言都不会的飘过
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2011-01-20 12:04:15:
好久没来了, 灌水一下.

你会啥语言, 就用什么语言.

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12楼2011-01-21 12:43:30
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wl1777

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-02-05 20:52:54
yangbob(金币+1): 2011-06-10 08:29:54
只会Fortran的含泪飘过。MC算RDF应该没问题，也就是一个数个数的问题。

轨迹这个问题就比较复杂，不是很好解决，就算出来的结果可能和实际系统查得也挺大。

MC原则上说毕竟只是一个掷骰子的游戏。
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13楼2011-01-24 06:35:46
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-02-05 20:53:01
yangbob(金币+1): 2011-06-10 08:30:03
速度最快的肯定还是F啊，
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14楼2011-01-26 17:14:07
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wangqingbo

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-05 20:53:07
推荐C＋＋，其实语言之争由来已久，不多综合考虑还是认为C＋＋好
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15楼2011-01-28 12:48:54
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1dubo

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-04 10:21:46
yangbob(金币+1): 2011-06-10 08:30:10
MATLAB使用起来，方便，学起来简单易懂，画图方便，但是对于计算来讲，计算大体系时，速度特慢
Fortran 语言环境跟MATLAB相似，但是程序出来时感觉比较乱，一般初学者学习应慎重，不过速度相当快，一般高手喜欢
C/C++个人认为是最好的，程序有条理，适合初学者学习，速度也比较快。
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16楼2011-03-03 21:27:51
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dubo

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-09 14:11:27
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-08 16:27:08
yangbob(金币+1): 2011-06-10 08:30:14
这个可以有，呵呵
matlab可以实现MC,算小体系较快，不过体系一大，速度特慢，比C和fortran慢多了
不过他的语言简单易学。
C，fortran比较适合做计算，一是速度好，二是可以移植好
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17楼2011-03-08 11:26:32
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alwin1

捐助贵宾 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-08 16:26:56
yangbob(金币+1): 2011-06-10 08:30:20
python/c++
http://code.google.com/p/gce-ising/
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18楼2011-06-08 14:38:53
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李学忠

铁杆木虫 (知名作家)
fortran
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19楼2011-06-08 18:14:48
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-09 18:28:22
yangbob(金币+1): 2011-06-10 08:30:25
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-01-15 17:08:54:
MC算法能实现分子运动轨迹？RDF曲线？你说的应该是MD方法吧

这取决于体系的动力学特征。如果是随机的，那么MC完全可以。我以前在别的回帖中说过，例如高分子链在溶液中的动力学，你完全可以使用MC来研究。

至于楼主所问的编程语言，我推荐c++(几年前用的是fortran)。速度不比fortran慢什么，但是修改及管理比fortran更为灵活。
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20楼2011-06-09 00:10:02
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-09 18:28:04
yangbob(金币+1): 2011-06-10 08:30:32
引用回帖:
Originally posted by yangbob at 2011-01-15 16:43:30:
用monte carlo法做分子模拟，用什么编程语言实现比较好？需要做出分子运动轨迹的图形（团簇结构），还有RDF曲线。
本人是初学者。请各位高手说得详细些，谢谢！

Python可以。网上有现成的模板程序：

Dynamo

不要钱儿。 请自行google获取。
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21楼2011-06-09 12:06:08
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jasonyang

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
yangbob(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-06-26 22:03:19
我从原来使用fortran77到现在的Fortran 95，我觉得Fortran在计算方面比C强，而且现在高级Fortran语言的模块化功能非常强大。我现在写的Fortran软件包基本上都采用模块格式。非常方便增减
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22楼2011-06-26 00:23:14
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谷雨精致

金虫 (正式写手)
★
yangbob(金币+1): 谢谢参与
到底是用什么语言啊，对于一个初学者
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23楼2013-07-10 13:22:11
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qinjianfa

新虫 (小有名气)
★
yangbob(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
20楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-06-09 00:10:02
这取决于体系的动力学特征。如果是随机的，那么MC完全可以。我以前在别的回帖中说过，例如高分子链在溶液中的动力学，你完全可以使用MC来研究。

至于楼主所问的编程语言，我推荐c++(几年前用的是fortran)。速度 ...

朋友，可以交流一下MC嘛？在软件方面，求助
赞一下 回复此楼
24楼2013-10-21 15:18:21
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
内容已删除
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25楼2013-10-22 01:11:05
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fucunfc

新虫 (初入文坛)
mc不能描述分子运动轨迹吧，rdf肯定没问题的。语言的话matlab就算了，用它会让别人低看你的。做科研的话fortran肯定是首选，大家都用。c++的话功能更加强大，做计算机程序肯定优于fortran，但是fortran做科研够用了。
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26楼2013-11-13 20:55:45
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