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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs的一个新问题
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】gromacs的一个新问题

版本问题算是解决了，但是又遇到一个新问题：
zyj@zyj-laptop:~/桌面/drg$ grompp -f fullmd.mdp -c minimized_water.gro -p sys.to
p -o fullmd.tpr
                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:

              GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories

                            :-)  VERSION 4.0.7  (-:


      Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
             Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
            check out http://www.gromacs.org for more information.

         This program is free software; you can redistribute it and/or
          modify it under the terms of the GNU General Public License
         as published by the Free Software Foundation; either version 2
             of the License, or (at your option) any later version.

                                :-)  grompp  (-:

Option     Filename  Type         Description
------------------------------------------------------------
  -f     fullmd.mdp  Input, Opt!  grompp input file with MD parameters
-po      mdout.mdp  Output       grompp input file with MD parameters
  -c minimized_water.gro  Input        Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
  -r       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
-rb       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
  -n      index.ndx  Input, Opt.  Index file
  -p        sys.top  Input        Topology file
-pp  processed.top  Output, Opt. Topology file
  -o     fullmd.tpr  Output       Run input file: tpr tpb tpa
  -t       traj.trr  Input, Opt.  Full precision trajectory: trr trj cpt
  -e       ener.edr  Input, Opt.  Energy file: edr ene

Option       Type   Value   Description
------------------------------------------------------
-[no]h       bool   no      Print help info and quit
-nice        int    0       Set the nicelevel
-[no]v       bool   yes     Be loud and noisy
-time        real   -1      Take frame at or first after this time.
-[no]rmvsbds bool   yes     Remove constant bonded interactions with virtual
                            sites
-maxwarn     int    0       Number of allowed warnings during input processing
-[no]zero    bool   no      Set parameters for bonded interactions without
                            defaults to zero instead of generating an error
-[no]renum   bool   yes     Renumber atomtypes and minimize number of
                            atomtypes

Ignoring obsolete mdp entry 'title'
Ignoring obsolete mdp entry 'cpp'

Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#
checking input for internal consistency...

NOTE 1 [file fullmd.mdp, line unknown]:
  The Berendsen thermostat does not generate the correct kinetic energy
  distribution. You might want to consider using the V-rescale thermostat.

processing topology...
Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffG53a6.itp
Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffG53a6nb.itp
Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffG53a6bon.itp
Opening library file /usr/share/gromacs/top/ff_dum.itp
Generated 165 of the 1596 non-bonded parameter combinations
Opening library file /usr/share/gromacs/top/spce.itp
Opening library file /usr/share/gromacs/top/ions.itp
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'DRG'
turning H bonds into constraints...
Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'
turning H bonds into constraints...
processing coordinates...
double-checking input for internal consistency...
Velocities were taken from a Maxwell distribution at 290 K
renumbering atomtypes...
converting bonded parameters...
initialising group options...
processing index file...
Analysing residue names:
Opening library file /usr/share/gromacs/top/aminoacids.dat
There are: 46055      OTHER residues
There are:     0    PROTEIN residues
There are:     0        DNA residues
Analysing Other...

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.0.7
Source code file: ../../../../src/kernel/readir.c, line: 1069

Fatal error:
137973 atoms are not part of any of the T-Coupling groups
-------------------------------------------------------

"Look at these, my work-strong arms" (P.J. Harvey)
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1楼 2011-01-07 18:00:51
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-07 18:02:24:

zyj@zyj-laptop:~/桌面/drg$ ls
drg.gro     md.log          minimized_box.gro    minim_traj.trr  #sys.top.1#
drg.itp     mdout.mdp       minimized.gro        out.gro
fullmd.mdp  #mdout.mdp.1#    ...

此问题也解决了，是temperature coupling的问题。
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3楼2011-01-07 23:17:58
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-07 18:00:51:
版本问题算是解决了，但是又遇到一个新问题：
zyj@zyj-laptop:~/桌面/drg$ grompp -f fullmd.mdp -c minimized_water.gro -p sys.to
p -o fullmd.tpr
                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-: ...

zyj@zyj-laptop:~/桌面/drg$ ls
drg.gro     md.log          minimized_box.gro    minim_traj.trr  #sys.top.1#
drg.itp     mdout.mdp       minimized.gro        out.gro
fullmd.mdp  #mdout.mdp.1#   minimized_water.gro  sys.top
input.tpr   minim_ener.edr  minim.mdp            sys.top~
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2楼2011-01-07 18:02:24
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