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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】这个错误是怎么回事呢？
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小鱼-xf

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】这个错误是怎么回事呢？

麻烦帮忙看下这个错误是怎么回事。非常谢谢！

输入
%mem=400MW
%NprocShared=8
%LindaWorker=node5-ib
%nprocshared=8
%chk=9-px
#p pbe1pbe/6-311g(d) td(singlets,nstates=60,root=1) geom=check  gfinput gfprint iop(6/7=3)

molecule 1+2+3+2

0 1


输出结果
Bad file opened by FileIO:  Unit=2 LstWrd= 120586240 LenFil= 120574129 NIntWP=1.
FileIO: IOper= 9 IFilNo(1)=     2 Len=           0 IPos=           0 Q=          6554520


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         40448
End          65536
End1         65536
Wr Pntr      40448
Rd Pntr      40448
Length       25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
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1楼 2010-12-28 14:25:06
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
小鱼-xf(金币+1):谢谢！ 2010-12-28 19:22:46
看样子是读取chk文件出错...
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2楼2010-12-28 17:42:19
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小鱼-xf(金币+4):非常感谢您解释的这么详细！ 2010-12-28 19:24:33
erylingjet(金币+5):Perfect! 2010-12-28 23:01:55
从Bad file opened by FileIO和NtrErr Called from FileIO看，显然是文件读写错误。
从dumping /fiocom/看，显然是linux操作系统，那么一般不会是由于单个文件超过2G造成的限制，从LindaWorker=node5-ib看，你的机器是通过网络进行并行的，那么极大的可能是网络中断造成读写错误，或者是scr目录被写满，硬盘空间不够造成的。
从LenFil= 120574129 看，才写了120M就出错，硬盘空间不够的可能性不大，所以网络故障是最大的可能。
你没有明确说是运行了一段时间还是刚运行就出错。如果是运行很长一段时间，那么就是刚才说的原因，如果是刚运行就出这个问题，那么可能是linux系统的设置问题，要取消linux的读写缓存功能即可。
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3楼2010-12-28 17:48:50
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小鱼-xf

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-12-28 17:48:50:
从Bad file opened by FileIO和NtrErr Called from FileIO看，显然是文件读写错误。
从dumping /fiocom/看，显然是linux操作系统，那么一般不会是由于单个文件超过2G造成的限制，从LindaWorker=node5-ib看，你的 ...

是刚运行一会就出错了，我这是UNIX的，弱弱的问一下怎么改变读写缓存功能呢？
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4楼2010-12-28 19:25:59
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mchen10

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小鱼-xf(金币+2):谢谢！ 2010-12-29 17:12:42
it could be the case 2L mentions. Either the chk file is bad (i.e., previous calculation is not normally ended), or it is from a different version  of gaussian.

g09 cannot directly read the g03 chk file, which gives an error.

if it is that case, use the c8609 utility to convert the chk file to the right version.
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5楼2010-12-29 12:29:48
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mscic

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小鱼-xf(金币+2):谢谢您的回答！ 2010-12-29 17:13:12
应该是读取CHK文件出错，你的CHK文件不存在或者不在当前指定的路径

geom=check  

请确定你的CHK文件存在，并且在你的提交的这个作业的目录下面，否则是无法读取的。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-12-29 14:39:27
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小鱼-xf

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mscic at 2010-12-29 14:39:27:
应该是读取CHK文件出错，你的CHK文件不存在或者不在当前指定的路径

geom=check  

请确定你的CHK文件存在，并且在你的提交的这个作业的目录下面，否则是无法读取的。

呵呵，我已经把CHK文件重新读入了，这次应该没什么问题了！
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7楼2010-12-29 17:14:58
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小鱼-xf

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mchen10 at 2010-12-29 12:29:48:
it could be the case 2L mentions. Either the chk file is bad (i.e., previous calculation is not normally ended), or it is from a different version  of gaussian.

g09 cannot directly read the g03  ...

我用的一直是G09版本的，应该是CHK文件读入的问题。
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8楼2010-12-29 17:16:14
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