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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】同源建模、分子动力学模拟和分子对接的关系是怎样的
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lchc1985

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】同源建模、分子动力学模拟和分子对接的关系是怎样的 已有6人参与

菜鸟求助，同源建模、分子动力学模拟和分子对接的关系是怎样的，分子动力学模拟能解决什么问题，对结构进行优化还是可以对小分子和酶等结合的过程进行动态的分析？这三者是怎样的关系，是先同源建模然后利用分子动力学模拟进行结构优化再利用分子对接进行对接还是其他的关系？谢谢~~
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1楼 2010-12-23 11:40:35
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littlewm

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ding 望达人解答一下啊
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2楼2011-04-22 11:33:45
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2011Jessie

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
同样菜鸟一只，帮你顶一下
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Be happy！
3楼2011-04-22 15:19:17
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chongchong11

至尊木虫 (著名写手)

Senior Engineer
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
如楼主所说，就是那样的关系。
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Nature+Science=Wisdom
4楼2011-04-26 17:46:52
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-27 09:28:52
同源建模是那些你不知道真实3D结构的蛋白质，而且又可以找到那些序列相似性在30%以上的且有立体结构的蛋白质，构建具有一定模型基础的蛋白质。在此基础上，利用动力学进行优化结构，得出可信的结构（而且同源建模也不万能的，如果没有没模板，只能从头建了）。
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5楼2011-04-27 08:43:07
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-27 09:28:59
分子对接就是利用小分子和你做好的蛋白质进行docking，得出符合最后筛选结果的cluster，看看能量是怎么样的。再进行动力学优化，得出相对更加接近真实结构的cluster，分析即可啦。呵呵
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6楼2011-04-27 08:45:11
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lchc1985

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wuhaigang at 2011-04-27 08:45:11:
分子对接就是利用小分子和你做好的蛋白质进行docking，得出符合最后筛选结果的cluster，看看能量是怎么样的。再进行动力学优化，得出相对更加接近真实结构的cluster，分析即可啦。呵呵

呵呵，非常感谢，今天才发现忘了说谢谢了
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7楼2011-12-07 11:29:34
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lchc1985

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chongchong11 at 2011-04-26 17:46:52:
如楼主所说，就是那样的关系。

thank you，非常感谢
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8楼2011-12-07 11:30:14
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lovedi

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-17 21:50:33
老实讲，这种在前一步模拟的结果再模拟，之后在模拟，都很难让人相信的
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9楼2012-02-15 21:16:20
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lianxiaoping

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
只是觉得整个流程好复杂，，，
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10楼2013-06-30 17:44:09
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