应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 【求助】如何判断氢键是否合理
61/1返回列表
查看: 1865  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

倚门回首

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何判断氢键是否合理

我的结构lst文件中的氢键为

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O4-H4B1        0.840    1.975   150.13    2.736    O2 [ x, -y+1/2, z-1/2 ]
O4-H4B1        0.840    3.118   132.66    3.739    Br1 [ x, -y+1/2, z-1/2 ]

O4-H4B2        0.885    2.510   166.70    3.378    Br1 [ -x+1, y+1/2, -z+1/2 ]
但是在Mercury中没有Br和O4之间的氢键。

在CIF文件中没有类似

loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_site_symmetry_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_publ_flag  
N2 H2A N1  .    0.86 2.27 2.651(2) 107  yes
N2 H2A O2 2_555 0.86 2.43 3.067(2) 132  yes
N3 H3A O2 1_565 0.86 2.06 2.832(2) 150  yes
C8 H8B N1 2_555 0.97 2.54 3.500(3) 169  yes
C10 H10B O1 3_566 0.97 2.54 3.464(3) 159  yes
的氢键表。
我在ins中做了
htab O4 Br1
htab O4 O2_$1
eqiv $1 x -1/2-Y -1/2+Z
精修后在lst中出现了

Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H          H...A        D...A        <(DHA)

** No suitable H-bond found for O4...Br1 = 3.190(4) A **
** No suitable H-bond found for O4...O2_$1 = 12.189(6) A **

在ins中只产生了
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
这是怎么回事啊?多谢高手给指点一下。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-18 20:52:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

454106649

木虫 (著名写手)
倚门回首(金币+3): 2010-12-19 08:44:20
倚门回首(金币+3): 2010-12-23 09:42:06
引用回帖:
Originally posted by 倚门回首 at 2010-12-18 20:52:54:
我的结构lst文件中的氢键为

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O4-H4B1        0.840  ...

氢键距离合适，但是你做氢键时候O2对称操作写错了，Br1没写对称操作。对称操作是A——H  。。。。。。。。  B[X Y Z],这行中中括号里面的！
赞一下 回复此楼
2楼2010-12-18 22:02:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanghua3062

铁杆木虫 (小有名气)
倚门回首(金币+3): 2010-12-19 08:46:51
倚门回首(金币+3): 2010-12-23 09:42:15
到ins文件中加入如下命令，并将你原来的加氢键命令删除，精修试一下。
eqiv $1 x, -y+1/2, z-1/2
eqiv $2 x, -y+1/2, z-1/2
eqiv $3 -x+1, y+1/2, -z+1/2
htab O4 O2_$1
htab O4 Br1_$2
htab O4 Br1_$3
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-18 22:40:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倚门回首

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 454106649 at 2010-12-18 22:02:01:

氢键距离合适，但是你做氢键时候O2对称操作写错了，Br1没写对称操作。对称操作是A——H  。。。。。。。。  B[X Y Z],这行中中括号里面的！

谢谢你！
我已经修改了。
我还有一个问题就是我的结构在Mercury中为什么只有O4-O2之间的氢键，而Br的不出现呢？
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-19 08:46:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倚门回首

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by fanghua3062 at 2010-12-18 22:40:27:
到ins文件中加入如下命令，并将你原来的加氢键命令删除，精修试一下。
eqiv $1 x, -y+1/2, z-1/2
eqiv $2 x, -y+1/2, z-1/2
eqiv $3 -x+1, y+1/2, -z+1/2
htab O4 O2_$1
htab O4 Br1_$2
htab O4 Br1_$3

谢谢你！按照你的帮助我解决了这个问题。
还有一个问题，就是在发文章的时候，lst文件中的所有H键都要写入CIF文件中吗？
我的Br的氢键在Mercury中无法显示，没办法画氢键图。只有short contact情况下会出现很多的键，但是杂乱的线太多了，没办法提供氢键图。
赞一下 回复此楼
5楼2010-12-19 08:52:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanghua3062

铁杆木虫 (小有名气)
倚门回首(金币+2): 2010-12-19 11:32:19
倚门回首(金币+3): 2010-12-23 09:42:35
嗯，所有的氢键都应写入cif文件，画氢键图可以用diamond中的created H-bonds来进行设置形成氢键的相应原子间的距离和键角来完成。
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-19 09:13:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 倚门回首 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +3 wangyl_123 2026-10-10 6/300 2026-10-11 15:04 by Abin0406
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +3 好运来～9527 2026-10-10 5/250 2026-10-11 09:00 by 好运来～9527
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +5 13108017953 2026-10-08 5/250 2026-10-10 11:15 by wdwd123
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭