| 查看: 1814 | 回复: 5 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】如何判断氢键是否合理
|
|||
|
我的结构lst文件中的氢键为 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O4-H4B1 0.840 1.975 150.13 2.736 O2 [ x, -y+1/2, z-1/2 ] O4-H4B1 0.840 3.118 132.66 3.739 Br1 [ x, -y+1/2, z-1/2 ] O4-H4B2 0.885 2.510 166.70 3.378 Br1 [ -x+1, y+1/2, -z+1/2 ] 但是在Mercury中没有Br和O4之间的氢键。 在CIF文件中没有类似 loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_site_symmetry_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_publ_flag N2 H2A N1 . 0.86 2.27 2.651(2) 107 yes N2 H2A O2 2_555 0.86 2.43 3.067(2) 132 yes N3 H3A O2 1_565 0.86 2.06 2.832(2) 150 yes C8 H8B N1 2_555 0.97 2.54 3.500(3) 169 yes C10 H10B O1 3_566 0.97 2.54 3.464(3) 159 yes 的氢键表。 我在ins中做了 htab O4 Br1 htab O4 O2_$1 eqiv $1 x -1/2-Y -1/2+Z 精修后在lst中出现了 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) ** No suitable H-bond found for O4...Br1 = 3.190(4) A ** ** No suitable H-bond found for O4...O2_$1 = 12.189(6) A ** 在ins中只产生了 loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A 这是怎么回事啊?多谢高手给指点一下。 |
回复此楼» 猜你喜欢
在MOF中，有没有羧基参加配位的情况
已经有2人回复
-
招2026年入学上海交通大学博士生，急！！！
已经有1人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有140人回复
-
理论计算合作
已经有0人回复
-
求高校合作
已经有1人回复
-
27级无机化学申博自荐
已经有2人回复
-
Chemdraw免费软件
已经有0人回复
-
单晶结构解析，各类疑难晶体数据处理和答疑
已经有38人回复
-
这个水相反应有没有催化剂促进发生
已经有4人回复
-
Mn Me3TACN
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 水合物氢键分析判断
已经有5人回复
- 【求助】怎么判断氢键强弱对共价键的影响
已经有5人回复
- 【分享】教你如何在CIF文件中表达氢键
已经有82人回复
3楼2010-12-18 22:40:27
2楼2010-12-18 22:02:01
4楼2010-12-19 08:46:26
5楼2010-12-19 08:52:10
20