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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 【求助】如何判断氢键是否合理
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倚门回首

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何判断氢键是否合理

我的结构lst文件中的氢键为

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O4-H4B1        0.840    1.975   150.13    2.736    O2 [ x, -y+1/2, z-1/2 ]
O4-H4B1        0.840    3.118   132.66    3.739    Br1 [ x, -y+1/2, z-1/2 ]

O4-H4B2        0.885    2.510   166.70    3.378    Br1 [ -x+1, y+1/2, -z+1/2 ]
但是在Mercury中没有Br和O4之间的氢键。

在CIF文件中没有类似

loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_site_symmetry_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_publ_flag  
N2 H2A N1  .    0.86 2.27 2.651(2) 107  yes
N2 H2A O2 2_555 0.86 2.43 3.067(2) 132  yes
N3 H3A O2 1_565 0.86 2.06 2.832(2) 150  yes
C8 H8B N1 2_555 0.97 2.54 3.500(3) 169  yes
C10 H10B O1 3_566 0.97 2.54 3.464(3) 159  yes
的氢键表。
我在ins中做了
htab O4 Br1
htab O4 O2_$1
eqiv $1 x -1/2-Y -1/2+Z
精修后在lst中出现了

Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H          H...A        D...A        <(DHA)

** No suitable H-bond found for O4...Br1 = 3.190(4) A **
** No suitable H-bond found for O4...O2_$1 = 12.189(6) A **

在ins中只产生了
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
这是怎么回事啊?多谢高手给指点一下。
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1楼 2010-12-18 20:52:54
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454106649

木虫 (著名写手)
倚门回首(金币+3): 2010-12-19 08:44:20
倚门回首(金币+3): 2010-12-23 09:42:06
引用回帖:
Originally posted by 倚门回首 at 2010-12-18 20:52:54:
我的结构lst文件中的氢键为

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O4-H4B1        0.840  ...

氢键距离合适，但是你做氢键时候O2对称操作写错了，Br1没写对称操作。对称操作是A——H  。。。。。。。。  B[X Y Z],这行中中括号里面的！
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2楼2010-12-18 22:02:01
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fanghua3062

铁杆木虫 (小有名气)
倚门回首(金币+3): 2010-12-19 08:46:51
倚门回首(金币+3): 2010-12-23 09:42:15
到ins文件中加入如下命令，并将你原来的加氢键命令删除，精修试一下。
eqiv $1 x, -y+1/2, z-1/2
eqiv $2 x, -y+1/2, z-1/2
eqiv $3 -x+1, y+1/2, -z+1/2
htab O4 O2_$1
htab O4 Br1_$2
htab O4 Br1_$3
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3楼2010-12-18 22:40:27
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倚门回首

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 454106649 at 2010-12-18 22:02:01:

氢键距离合适，但是你做氢键时候O2对称操作写错了，Br1没写对称操作。对称操作是A——H  。。。。。。。。  B[X Y Z],这行中中括号里面的！

谢谢你！
我已经修改了。
我还有一个问题就是我的结构在Mercury中为什么只有O4-O2之间的氢键，而Br的不出现呢？
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4楼2010-12-19 08:46:26
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倚门回首

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by fanghua3062 at 2010-12-18 22:40:27:
到ins文件中加入如下命令，并将你原来的加氢键命令删除，精修试一下。
eqiv $1 x, -y+1/2, z-1/2
eqiv $2 x, -y+1/2, z-1/2
eqiv $3 -x+1, y+1/2, -z+1/2
htab O4 O2_$1
htab O4 Br1_$2
htab O4 Br1_$3

谢谢你！按照你的帮助我解决了这个问题。
还有一个问题，就是在发文章的时候，lst文件中的所有H键都要写入CIF文件中吗？
我的Br的氢键在Mercury中无法显示，没办法画氢键图。只有short contact情况下会出现很多的键，但是杂乱的线太多了，没办法提供氢键图。
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5楼2010-12-19 08:52:10
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fanghua3062

铁杆木虫 (小有名气)
倚门回首(金币+2): 2010-12-19 11:32:19
倚门回首(金币+3): 2010-12-23 09:42:35
嗯，所有的氢键都应写入cif文件，画氢键图可以用diamond中的created H-bonds来进行设置形成氢键的相应原子间的距离和键角来完成。
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6楼2010-12-19 09:13:54
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