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【求助】如何判断氢键是否合理
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我的结构lst文件中的氢键为 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O4-H4B1 0.840 1.975 150.13 2.736 O2 [ x, -y+1/2, z-1/2 ] O4-H4B1 0.840 3.118 132.66 3.739 Br1 [ x, -y+1/2, z-1/2 ] O4-H4B2 0.885 2.510 166.70 3.378 Br1 [ -x+1, y+1/2, -z+1/2 ] 但是在Mercury中没有Br和O4之间的氢键。 在CIF文件中没有类似 loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_site_symmetry_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_publ_flag N2 H2A N1 . 0.86 2.27 2.651(2) 107 yes N2 H2A O2 2_555 0.86 2.43 3.067(2) 132 yes N3 H3A O2 1_565 0.86 2.06 2.832(2) 150 yes C8 H8B N1 2_555 0.97 2.54 3.500(3) 169 yes C10 H10B O1 3_566 0.97 2.54 3.464(3) 159 yes 的氢键表。 我在ins中做了 htab O4 Br1 htab O4 O2_$1 eqiv $1 x -1/2-Y -1/2+Z 精修后在lst中出现了 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) ** No suitable H-bond found for O4...Br1 = 3.190(4) A ** ** No suitable H-bond found for O4...O2_$1 = 12.189(6) A ** 在ins中只产生了 loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A 这是怎么回事啊?多谢高手给指点一下。 |
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