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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】利用smiles码把分子结构拆解成指定的小基团，应该用什么算法？
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leng37436

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】利用smiles码把分子结构拆解成指定的小基团，应该用什么算法？

我用SMARTS码来表示基团，拆解以similes存储的分子结构，直接利用编码拆解好像行不通，难道要把基团和目标分子都转化为结构图，再利用图论的方法进行匹配吗？有做过这方面的朋友给点指导！

[ Last edited by ghcacj on 2010-12-16 at 13:08 ]
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1楼 2010-12-16 10:15:00
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yalefield

金虫 (文坛精英)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+10, 模拟EPI+1):老汉果然牛 2010-12-17 12:40:12
在另一处回答了。

这个不应该在分子模拟版。这是分子拓扑学，属于化学信息学（Chemoinformatics）

化学信息学释疑
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=220153

计算机化学和化学信息学联系和区别
http://muchong.com/viewarticle.php?id=237776

化学信息学是谁最先提出来的？
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=238233

为什么说化学信息学不是文献检索？
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=238892

关于计算机化学的书籍
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=237895

关于国内从事计算机化学研究的一些情况
http://muchong.com/viewarticle.php?id=237889

关于国外计算机化学研究的情况
http://muchong.com/viewarticle.php?id=237891

计算机辅助有机合成的历史与人物（中国）
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=369487

计算机辅助有机合成的历史与人物（外国）
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=369471

关于计算机辅助有机合成的更正与补充
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=370655&fpage=2

五言长诗 谈《未来化学学科的发展趋势》
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=374209

五言长诗：从外行人的眼里远看“21世纪的分析化学”
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=377887

======================
化学风光

惜
秦皇汉武，略懂炼丹，
唐宗宋祖，稍知煮药；
一代天骄，成吉思汗，
吃肉太多，吃菜太少。
俱往矣，
数风流人物，
还看今朝。

甲醇封眼，
乙二醇聚，
三鹿堵肾，
样样令你命逍遥。
化学中心，
右抱生命，左拥材料，
谁敢与尔比主要？

活命要紧，顶帖紧要，
长命百岁凭自己，
万古长青靠干嚎。

=======================
无题

恨天无柄，恨地无环
恨网有关，恨算有偏
还恨分子多构象
无法无规难找全

活性表现喜煞人
窃喜合成做不完
字字血来句句泪
CADD苦不堪

软件功能样样有
可惜参数难寻见
正版盗用且不论
说明晦涩公式煎

内存耗尽硬盘困
风扇频频尘满面
熬过黑夜CPU累
再盼白天偷清闲

自古英雄谁无死
皓首弓腰仍少年
马革裹尸尚有覆
肝脑涂地收不完

计算大旗谁高举
团团护卫缺宝剑
三尺龙泉镇邪去
赤手空拳焚香虔

岂料上帝非我佛
只认经费驳咱面
无可奈何花落去
重取西经再向前
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2697410
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2楼2010-12-16 10:41:47
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