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yalefield

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[交流] 化学信息学释疑()

一、化学信息学与文献检索的区别

目前，对于化学信息学（Chemoinformatics）的定义虽然还有争议，但是把情报、文献管理也归入化学信息学，是不正确的；建议把文献方面的专业叫做“化学情报学”，是把每篇文献作为一个个体，这个个体有其属性，如题目、作者、关键字、正文、参考文献等；这些个体之间有一定的关系，如谁引用了谁，文献的被引用次数随时间推移而变化的情况等。

例如：ISI的SCI因子就是这类研究。

二、化学信息学与化学计量学的区别

化学信息学主要是面向药物/农药/材料分子设计的、有机分子结构（二维、三维）与其性能（生物活性、毒性等）的关系研究，包括分子结构参数设计、结构-性能关系（用到线性、非线性统计和模式识别）、组合化学、分子差异与相似性算法、分子拓扑结构匹配等。

如果是谱图本身的处理，如过滤、插值、微分、积分、拟合、变换（傅立叶变化、小波变换）等、应该叫化学计量学（Chemometrics）；但如果把谱图（谱线/谱峰/指纹）也作为有机分子结构的一类表征方法，即“分子结构参数(Descriptor)”，那么也就是化学信息学了。

三、化学信息学与化学统计学的区别

从历史发展角度来看，化学数据一直缺乏系统的统计学研究。随着计算机的发展，化学数据越来越多，“产生数据的时间远远小于处理数据的时间”，因此，需要统计学在化学中的应用，形成了化学统计学。包括误差理论、概率、回归、统计推断、建模与检验、实验设计、Monte Carlo法、人工神经网络、遗传算法等。

容易理解，信息学研究离不开统计方法的应用。但是化学信息学只是运用统计学方法找出有机分子结构与其性能的关系，而不是发现新的统计规律。

四、化学信息学与计算化学、分子模拟的区别

计算化学较多是指在量子化学、分子力学、分子动力学、分子动理学等理论指导下进行计算。用这类计算结果来展示分子体系的运动、能量规律即分子模拟。

计算化学与分子模拟一般研究的是一个固定的或一组相似的分子结构（1个到几十个）。而化学信息学往往处理的是大量的分子结构（几十、几百甚至几亿个）。前者算是战术手段而后者属于战略手段。后者长于发现、前者长于攻坚。

从数据管理角度看，计算化学不需要特别的数据管理，而化学信息学则离不开数据库技术的帮助。

从硬件需求看，一个明显的区别是：计算化学的计算是高强度、长时间，要求每个计算点有很大的内存；化学信息学的计算是海量、短时间，要求计算点多，而对每个计算点的要求不高。

五、化学信息学与化学数据库

化学数据库更多的是研究高效率的存储、检索技术。存储的对象可以是谱图、分子结构或者其他多种类型的数据。

化学信息学是把化学数据库作为信息管理的工具，目标是寻找、设计更好的分子。

六、化学信息学与生物信息学的区别

生物信息学主要处理基因、蛋白质等；化学信息学主要处理有机小分子（也包括功能分子）。

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