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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)


[交流] 【求助】如何做autodock的结果分析

使用AntoDockTool程序分析对接结果时,分析配体与受体间的相互作用,具体怎么分析?包括化合物分子与受体活性位点相互作用的氨基酸残基、分子形状契合度、静电作用力、疏水作用力和氢键等。在这里先谢过各位大侠了。
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by caixin5120 at 2010-12-10 00:42:36:
分子得具体情况具体分析,结合文献报道!

Autodcok的参数设置,可以通过观察结果的cluster得到一个合适的参数设置。

但作用力的分析得具体!

你好,请问该如何通过结果的cluster得到参数设置?举个例子好吗?QQ592930344
8楼2011-04-26 16:16:54
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caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-10 10:49:09
zhaoqingshan(金币+1): 2010-12-10 14:53:01
分子得具体情况具体分析,结合文献报道!

Autodcok的参数设置,可以通过观察结果的cluster得到一个合适的参数设置。

但作用力的分析得具体!
2楼2010-12-10 00:42:36
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)


对呀,还是请教关键是作用力怎么分析呀?
3楼2010-12-10 14:54:46
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caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):thank you 2010-12-10 18:16:02
zhaoqingshan(金币+1): 2010-12-23 09:41:44
呵呵 一言难尽:)具体的做法是结合文献报道的已知配体进行对比分析。这种方法比较可靠,如果完全是对着结构分析那么通常不准确。结合文献里面的实验报道去确定哪些是关键氨基酸残基,再分析他们之间从对接结果上看有哪些重要的结合力。
4楼2010-12-10 17:28:05
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longytu10楼
2012-04-03 07:57   回复  
chaizhm: 金币-10 2012-04-03 18:42:45
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:42
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:42 ]
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