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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何做autodock的结果分析
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】如何做autodock的结果分析

使用AntoDockTool程序分析对接结果时，分析配体与受体间的相互作用，具体怎么分析？包括化合物分子与受体活性位点相互作用的氨基酸残基、分子形状契合度、静电作用力、疏水作用力和氢键等。在这里先谢过各位大侠了。
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1楼2010-12-09 10:13:21
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-29 09:30:28
zhaoqingshan(金币+1): 2011-01-18 12:04:57
zhaoqingshan(金币+1): 2011-01-18 12:37:21
引用回帖:
Originally posted by zhaoqingshan at 2010-12-27 21:43:31:
已经知道残基，并且对接完毕，就是不知道怎么分析结果呀，是用autodock，还是其他的软件呢？

1.簇分析：主要观察AD对接结果里的成簇情况，一般来说，比较可能的构象在你对接的总数中应该占据比较大的比例，因此，可以结合文献判断你的蛋白-配体联系。这是后续分析的基础
2.氢键分析：可以用PYMOL,DS,SYBYL等多种软件进行分析，了解受-配体相互作用
3.对接的结合能分析：可以根据AD自身的打分函数作为标准，确认对接配体与酶结合的紧密程度。
其它还有许多，需要结合你自己的体系进行分析，比如关键残基与底物的距离等等，需要你多看文献，慢慢积累
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7楼2010-12-28 22:46:22
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普通回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-10 10:49:09
zhaoqingshan(金币+1): 2010-12-10 14:53:01
分子得具体情况具体分析，结合文献报道！

Autodcok的参数设置，可以通过观察结果的cluster得到一个合适的参数设置。

但作用力的分析得具体！
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2楼2010-12-10 00:42:36
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)
对呀，还是请教关键是作用力怎么分析呀？
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3楼2010-12-10 14:54:46
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):thank you 2010-12-10 18:16:02
zhaoqingshan(金币+1): 2010-12-23 09:41:44
呵呵 一言难尽：）具体的做法是结合文献报道的已知配体进行对比分析。这种方法比较可靠，如果完全是对着结构分析那么通常不准确。结合文献里面的实验报道去确定哪些是关键氨基酸残基，再分析他们之间从对接结果上看有哪些重要的结合力。
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4楼2010-12-10 17:28:05
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)
已经知道残基，并且对接完毕，就是不知道怎么分析结果呀，是用autodock，还是其他的软件呢？
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5楼2010-12-27 21:43:31
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houxuben

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-28 22:46:36
zhaoqingshan(金币+1): 2011-01-18 12:05:02
可以考虑把结果放到syby里试试，具体我也没做，但是ADT处理起来不是很顺手，其实主要是看一下参考文献，别人分析的东西可以借鉴的。
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6楼2010-12-28 00:03:19
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by caixin5120 at 2010-12-10 00:42:36:
分子得具体情况具体分析，结合文献报道！

Autodcok的参数设置，可以通过观察结果的cluster得到一个合适的参数设置。

但作用力的分析得具体！

你好，请问该如何通过结果的cluster得到参数设置？举个例子好吗？QQ592930344
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8楼2011-04-26 16:16:54
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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9楼2011-09-05 19:23:50
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zhang360

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
有没有专门的实例操作
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11楼2016-07-09 20:44:54
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longytu10楼
2012-04-03 07:57   回复  
chaizhm: 金币-10 2012-04-03 18:42:45
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:42
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:42 ]
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