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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【讨论】请教大家几个问题，一直理解不透
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黄随便

铜虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】请教大家几个问题，一直理解不透

我想模拟不同温度下ｃｕ　的密度，应该怎么办？
１、边界条件都模拟成 p p p？ 如果那样的话，模拟的box大小是不变的，盒子里的原子个数也是不变的，那密度就应该没什么变化。
2、 这个跟熔化是一样的，但我看见他们用的也是 p p p
3、设成周期性边界后，应该说一个原子超出了一边的边界后就会从另一边进入box，怎么还会lost atom？怎么理解？

4、我设的 dump 1  all xyz 5 c100.xyz

怎么运行中出现了

ERROR: Atom IDs must be consecutive for dump xyz
什么原因？
5、在并行计算的时候，怎么知道一个任务适合多少个核才运行最好最有效率？？

6、怎么设置才能在丢失原子的情况下，能正常运行完模拟的步数。

用 thermo_modify  lost ignor ??

那有的也用了 flush yes

这个flush 有什么用，看说明没看明白
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1楼 2010-12-04 17:28:10
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qphll

金虫 (正式写手)
黄随便(金币+4): 2010-12-11 16:15:06
引用回帖:
Originally posted by 黄随便 at 2010-12-06 09:53:11:
谢谢qphll   的解答，但是我想问，
（1）在什么系综下盒子才可变？ 难道跟周期性边界条件无关？ 我认为如果 边界条件设成 s s s 的话，在驰豫中（无论在任何系综下），box 会不断变化的。

你的模拟有个初始结构, 是不是? 那是你原生态的盒子, 里面放的是原子, 你也在初始结构中给出所有原子的坐标了.  

模拟的基本输出的是原子坐标 (当然, 还有其他的各个性质, 但是只要你有坐标信息了, 那么结合所使用的力场, 其他的性质直接或者间接地, 你都能得到).

现在的问题是什么模拟的盒子是否变化, 怎样变化.

假设你的初始结构中, 你的盒子是立方型的, 占据了空间

如果你的系综是NVT, 那么模拟程序试图采用各种算法, 保持盒子里面的粒子数, 盒子体积, 还有体系温度, 这三个系统参数保持不变. 此时看你的周期性设置. 如果是XYZ都设置为非周期性条件. 那么对于体系中的粒子而言, 它们是被一个'坚固'的铁盒子包围, 任何粒子都无法穿越任何一个方向. 各个粒子随时间的运动迭代, 始终是在原始区域内完成, X: [-10,10], Y: [-10,10], Z: [-10,10], 当有粒子靠近某方向墙壁的时候, 它会被原路弹回; 或者允许盒子有平移. 此种情况, 要求你描述例子相对作用的力场要准确; 原始盒子大小和该状态下的粒子状态匹配(比如密度); 例子和墙壁的作用关系描述要考虑好. 否则的话, 很难达到体系平衡.

同样的体系, 如果只是周期性条件改成PPP, 那么对你盒子里面的粒子而言, 它们是看不到墙壁的存在的. 它们看到周围无数的兄弟姐妹, 它们可以在空间自由地出入. 但是, 你关注的区域始终是 X: [-10,10], Y: [-10,10], Z: [-10,10], 只不过在程序中监控了粒子的运动情况, 如果某粒子从+X出去了, 那么从对应的 -X处再进来一个粒子, 保持该区域(X: [-10,10], Y: [-10,10], Z: [-10,10])粒子数守恒.

盒子的变和不变, 和周期性条件无关, 和系综有关. 另外, 盒子的变化, 是一个相对值, 绝对地看盒子是在X, Y, 还是Z方向上变化, 没什么意义. 因为这个和你初始构型关联太强了.

我可能还是说得不清楚, 但是大约只能说到这里了.



（2）关于flush的作用 ...

这个....

请你先直译过来听听呢? 不清楚意思的单词, 请查字典.
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4楼2010-12-06 10:27:28
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
黄随便(金币+4): 2010-12-06 09:46:41
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-12-06 12:10:00
字里行间.....



我想模拟不同温度下ｃｕ　的密度，应该怎么办？
１、边界条件都模拟成 p p p？ 如果那样的话，模拟的box大小是不变的，盒子里的原子个数也是不变的，那密度就应该没什么变化。

盒子的大小, 盒子里面原子数目的多少与你的周期性边界条件不冲突的. 盒子是不是可变, 最终模拟盒子里面的原子数目有多少, 和你的系综有关.


2、 这个跟熔化是一样的，但我看见他们用的也是 p p p

同(1), 这个不矛盾.


3、设成周期性边界后，应该说一个原子超出了一边的边界后就会从另一边进入box，怎么还会lost atom？怎么理解？

如果你的timestep设置得不合适, 或者温度,压力的控制方法不合适, 那么这个是可能的.


4、我设的 dump 1  all xyz 5 c100.xyz

怎么运行中出现了

ERROR: Atom IDs must be consecutive for dump xyz

什么原因？

这个也是和参数有关, 我也遇到过这个问题. 如果你用NVT, 尝试调节 Tdamp这个参数.  将那个参数调小一些.



5、在并行计算的时候，怎么知道一个任务适合多少个核才运行最好最有效率？？

这就是为什么有这个单词: benchmark. 在你自己的机器上, 你需要自己找到这个最优并行效率.

6、怎么设置才能在丢失原子的情况下，能正常运行完模拟的步数。

用 thermo_modify  lost ignor ??

那有的也用了 flush yes

这个flush 有什么用，看说明没看明白


丢失原子, 本来就不是很合理了. 还是尽量解决丢失的问题吧. 至于flush, 手册上说得很明白, 很直白了.


"The flush keyword invokes a flush operation after thermodynamic info is written to the log file. This insures the output in that file is current (no buffering by the OS), even if LAMMPS halts before the simulation completes."
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2楼2010-12-05 03:17:57
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黄随便

铜虫 (小有名气)
谢谢qphll   的解答，但是我想问，
（1）在什么系综下盒子才可变？ 难道跟周期性边界条件无关？ 我认为如果 边界条件设成 s s s 的话，在驰豫中（无论在任何系综下），box 会不断变化的。
（2）关于flush的作用，我也看到了那段话，但没理解清楚，能详细说说吗
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3楼2010-12-06 09:53:11
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qphll

金虫 (正式写手)
黄随便(金币+1): 2011-05-30 14:55:41
回复格式似乎有些问题, 不过楼主应该能找到对于两个问题的回复的.
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5楼2010-12-06 10:28:34
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