[交流] 【讨论】请教大家几个问题，一直理解不透

Originally posted by 黄随便 at 2010-12-06 09:53:11:
谢谢qphll   的解答，但是我想问，
（1）在什么系综下盒子才可变？ 难道跟周期性边界条件无关？ 我认为如果 边界条件设成 s s s 的话，在驰豫中（无论在任何系综下），box 会不断变化的。

你的模拟有个初始结构, 是不是? 那是你原生态的盒子, 里面放的是原子, 你也在初始结构中给出所有原子的坐标了.  

模拟的基本输出的是原子坐标 (当然, 还有其他的各个性质, 但是只要你有坐标信息了, 那么结合所使用的力场, 其他的性质直接或者间接地, 你都能得到).

现在的问题是什么模拟的盒子是否变化, 怎样变化.

假设你的初始结构中, 你的盒子是立方型的, 占据了空间

如果你的系综是NVT, 那么模拟程序试图采用各种算法, 保持盒子里面的粒子数, 盒子体积, 还有体系温度, 这三个系统参数保持不变. 此时看你的周期性设置. 如果是XYZ都设置为非周期性条件. 那么对于体系中的粒子而言, 它们是被一个'坚固'的铁盒子包围, 任何粒子都无法穿越任何一个方向. 各个粒子随时间的运动迭代, 始终是在原始区域内完成, X: [-10,10], Y: [-10,10], Z: [-10,10], 当有粒子靠近某方向墙壁的时候, 它会被原路弹回; 或者允许盒子有平移. 此种情况, 要求你描述例子相对作用的力场要准确; 原始盒子大小和该状态下的粒子状态匹配(比如密度); 例子和墙壁的作用关系描述要考虑好. 否则的话, 很难达到体系平衡.

同样的体系, 如果只是周期性条件改成PPP, 那么对你盒子里面的粒子而言, 它们是看不到墙壁的存在的. 它们看到周围无数的兄弟姐妹, 它们可以在空间自由地出入. 但是, 你关注的区域始终是 X: [-10,10], Y: [-10,10], Z: [-10,10], 只不过在程序中监控了粒子的运动情况, 如果某粒子从+X出去了, 那么从对应的 -X处再进来一个粒子, 保持该区域(X: [-10,10], Y: [-10,10], Z: [-10,10])粒子数守恒.

盒子的变和不变, 和周期性条件无关, 和系综有关. 另外, 盒子的变化, 是一个相对值, 绝对地看盒子是在X, Y, 还是Z方向上变化, 没什么意义. 因为这个和你初始构型关联太强了.

我可能还是说得不清楚, 但是大约只能说到这里了.



（2）关于flush的作用 ...