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【求助】MS遇到的问题 已有3人参与
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1.discover能量最小化不收敛是什么原因？这样出来的结果可靠吗？ 2.数据不稳定，是不是体系未趋于平衡呢？怎么解决这个问题呢？ |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2010-12-08 16:19:12
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zh1987hs(金币+4): 谢谢 2010-12-08 16:19:12
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如果是有文献可以参照, 那么尽量先采用文献值; 如果是新的体系, 那么很多参数都是需要测试的. 你的两个问题其实反映的是同一个本质: 体系还未平衡. 建议: (1) 首先做minimization, 使得体系的overlap消除, 这样MD开始的那个初始构型比较合理; (2) 跑足一定的步数, 看能量是否收敛. 这里的收敛并不是要求能量就不变化了, 而是说能量在一个比较小的范围内周期震荡. 看你体系大小, 但是一般来讲如果1~2ns以后, 体系能量还是有很大的震荡, 那么需要考虑你的参数的使用是不是合理. 其实我也是'空对空', 以后提问记得上图. 一图胜千言. |
2楼2010-12-05 02:47:49
3楼2010-12-08 15:30:43
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