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咖啡喝不醉

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】MS遇到的问题 已有3人参与

1.discover能量最小化不收敛是什么原因？这样出来的结果可靠吗？
2.数据不稳定，是不是体系未趋于平衡呢？怎么解决这个问题呢？
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1楼 2010-12-04 14:44:42
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2010-12-08 16:19:12
如果是有文献可以参照, 那么尽量先采用文献值; 如果是新的体系, 那么很多参数都是需要测试的.

你的两个问题其实反映的是同一个本质: 体系还未平衡.

建议:

(1) 首先做minimization, 使得体系的overlap消除, 这样MD开始的那个初始构型比较合理;

(2) 跑足一定的步数, 看能量是否收敛. 这里的收敛并不是要求能量就不变化了, 而是说能量在一个比较小的范围内周期震荡.

看你体系大小, 但是一般来讲如果1~2ns以后, 体系能量还是有很大的震荡, 那么需要考虑你的参数的使用是不是合理.

其实我也是'空对空', 以后提问记得上图.

一图胜千言.
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Life, Love, Laugh.
2楼2010-12-05 02:47:49
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咖啡喝不醉

新虫 (初入文坛)

MS遇到的问题

引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-12-05 02:47:49:
如果是有文献可以参照, 那么尽量先采用文献值; 如果是新的体系, 那么很多参数都是需要测试的.

你的两个问题其实反映的是同一个本质: 体系还未平衡.

建议:

(1) 首先做minimization, 使得体系的overlap消除 ...

此为其中的一个片段，

谢谢帮忙再分析一下！
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3楼2010-12-08 15:30:43
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-18 20:36:55
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 22:25:55
把结果再优化一下试试
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4楼2010-12-09 09:04:13
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咖啡喝不醉

新虫 (初入文坛)
在做聚乙烯的能量最小化时，聚乙烯的结构是用build直接建成的。可是无论能量最小化多少次，都显示不收敛。这是为什么呢？
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5楼2010-12-18 10:43:24
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咖啡喝不醉

新虫 (初入文坛)
[quote]Originally posted by 咖啡喝不醉 at 2010-12-08 15:30:43:




此为其中的一个，我不知道是怎么回事，是否已经收敛。谢谢帮忙再分析一下！
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6楼2010-12-19 11:05:36
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-27 22:27:40
虽然没有达到收敛标准，但可以认为结果有效。
不知道你是用来产生MD的初始构象还是仅仅想最小化，如果是前者已经完全达到标准了
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-12-19 22:32:37
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咖啡喝不醉

新虫 (初入文坛)
问题已解决，谢谢各位的帮忙！
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8楼2010-12-27 16:07:30
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