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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】Autodock用于虚拟筛选
汕头大学海洋科学接受调剂
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mary0312332

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Autodock用于虚拟筛选

用Autodock做对接时，常会出现找不到H.map或 HD.map等问题。做单个对接的话还可以修改受体的GPF文件来解决，可是用于虚拟筛选时这种情况可怎么解决？
求高人指点

[ Last edited by mary0312332 on 2010-11-30 at 15:41 ]
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1楼 2010-11-30 15:39:53
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caixin5120

木虫 (正式写手)
我一会做一个图 大家就知道了：）
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6楼2010-12-10 17:31:00
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
mary0312332(金币+3):谢谢参与
zh1987hs(金币+4):thank you 2010-12-10 16:45:06
在做grid的时候 在ligand准备的direct 的地方 添加 H HD，一般使用脚本批量处理需要筛选的分子，生成的文件里面会有所有分子包含的原子，挨个添加到 direct 那里，然后就可以做格点计算了，得到gpf文件。
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2楼2010-12-10 00:50:29
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zoujin129

禁虫 (知名作家)
★
mary0312332(金币+3):谢谢参与
本帖内容被屏蔽
5楼2010-12-10 13:05:41
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5):谢谢 2010-12-10 22:51:11
如图操作：）添加原子类型
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7楼2010-12-10 17:42:14
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