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20928140

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】寻找SN2过渡态中遇到的一些问题

最近要做溴甲烷碱性水解反应的理论计算。想要找出过渡态，结果遇到了如下问题，想了很长时间也没解决，请前辈指点一下啊！

      溴甲烷碱性水解的反应机理：

     
问题一：
    怎么创建这种SN2过渡态的分子？自己在网上看到了如下的两种方法：
A  完全按照这个过渡态画，C上连接五个键，CHHH一平面，HOCBr一平面，两平面垂直。
B  OH和溴甲烷分别输入，将O靠近C，但不连接成建。
    不知道该用哪一种方法呢？

问题二：
    该过渡态的分子说明是否该写为-1 1啊？

问题三：
    对于使用TS3寻找的话，是要按照OH^-1 CH3Br 过渡态 CH3OH Br^-1来输入还是按照NaOH CH3Br 过渡态 CH3OH NaBr来输入？

问题四：
      这个反应是在液相中进行的，而且要一定的温度。那么在搜寻过渡态的过程中是否要考虑溶剂效应和设定不同的温度和压力了？

附注：如果哪位前辈有过搜寻SN2过渡态的例子，可否将这个例子分享一下吗？3Q！
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1楼 2010-11-26 16:45:40
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gebitingqin

铁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
20928140(金币+2): 2011-10-21 17:11:53
ding
反应机理啊
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5楼2011-10-15 23:48:45
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manson1998

金虫 (著名写手)
20928140(金币+10): 2010-11-26 17:40:52
问题一：个人认为B比较好一点，但是要注意一些位置，避免明显的位阻效应。可以优化产物醇的构像，看一下C-O键长，TS以及可能的R肯定要比这个CO键长长一点，具体多少可以尝试得到，分子很小不碍事。
问题二：可能的R TS P应该都是-1 1
问题三：忽略Na
问题四：需要考虑溶剂化、温度以及压力。具体输入参考gaussian manual
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2楼2010-11-26 17:11:23
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20928140

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-11-26 17:11:23:
问题一：个人认为B比较好一点，但是要注意一些位置，避免明显的位阻效应。可以优化产物醇的构像，看一下C-O键长，TS以及可能的R肯定要比这个CO键长长一点，具体多少可以尝试得到，分子很小不碍事。
问题二：可能 ...

非常谢谢前辈的回复，对于你的解答我还是有点疑问：

如果是断开输入的话，那么是按照优化后的醇氧基和溴甲烷输入到同一个文件中吗？或者将溴甲烷的稍微变一下，和过渡态类似？

为什么“可能的R TS P应该都是-1 1”？反应物溴甲烷和产物甲烷应当是0 1啊？
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3楼2010-11-26 17:51:06
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manson1998

金虫 (著名写手)
20928140(金币+5):3Q 2010-11-26 19:54:27
我说的R P TS都是结合物，并非分离后的真正反应物或者是产物。类似中间体。
当然这样的中间体可能无法计算得到，所以是可能的R TS P

这个体系很小，你可以直接由scan找寻过渡态，看上去很可能是C-O键长为关键坐标，因此你可以做一个关于C-O键长的扫描，找到能量最高对应的C-O键长，然后再去做ts，应该就可以找到过渡态TS，然后跑IRC就可以得到我所说的可能的R和P。如果没有得到也没有关系，势能面上就直接表现为两个反应物或产物的能量之和。

[ Last edited by manson1998 on 2010-11-26 at 18:52 ]
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4楼2010-11-26 18:46:40
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