24小时热门版块排行榜    

查看: 1335  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

panwenxiao

金虫 (小有名气)


[交流] 【求助】PM3优化出错:Incomplete coordinate system.

用PM3计算两个分子的相互作用,已经跑了28个点了,报错结束:
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
SLEqS1 Cycle:  5071 Max:0.538619E-09 RMS:0.391054E-10 Conv:0.227262E-10
Incomplete coordinate system.  Try restarting with
Geom=Check Guess=Read Opt=(ReadFC,NewRedundant)
Incomplete coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /home/gauss/g03/l103.exe at Wed Nov 10 03:33:30 2010.
Job cpu time:  0 days  0 hours 46 minutes  2.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     47 Int=      0 D2E=      0 Chk=     30 Scr=      1

不知道是什么原因,还请各位高手帮忙解决一下!急!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panwenxiao

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-13 21:57:59:
可能是内坐标和直角坐标转换时出错,特别是当分子中有三个及以上的原子处在一条直线上时很容易出这类错误。直接按提示做就可以啦。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-13 at 22:02 ]

试过了,还是不行
4楼2010-11-15 11:01:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

ykwang

金虫 (正式写手)



panwenxiao(金币+1):谢谢参与
可能是内坐标和直角坐标转换时出错,特别是当分子中有三个及以上的原子处在一条直线上时很容易出这类错误。直接按提示做就可以啦。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-13 at 22:02 ]
2楼2010-11-13 21:57:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)



panwenxiao(金币+1):谢谢参与
转自CCL:
http://ftp.ccl.net/chemistry/res ... .003-dir/index.html
Hi Adlane,
The error message indicates that the transformation of Cartesian forces
to internals did not converge (for semiempiricals, the "large
molecular"
iterative transformations are used by default, Opt=Small changes that
but may need more memory and much more CPU time, but no guarantee that
it solves the original problem). This usually means that due to changes
in the molecular geometry the initially built redundant internal
coordinate system should be changed. Building up a new coordinate system
usually helps in such situations (the error message gives this advice).
If the error message came in the first optimization cycle or the adviced
restart did not solve the problem than the internal coordinates should
be examined and some manual modifications can help. If you think that
the automatically generated coordinate system should be manually changed
please add some trivial H-bonds or send me the structure directly and
hopefully I can make the necessary changes. For testing the coordinate
system you can use an MM optimization with the Opt=Large option.
Best wishes,
Ödön
5楼2010-11-15 11:09:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ykwang

金虫 (正式写手)


panwenxiao(金币+1): 2010-11-16 17:25:03
引用回帖:
Originally posted by panwenxiao at 2010-11-15 11:01:08:
试过了,还是不行

正如楼上所建议的,看来你得手动对分子结构作某些微调了。不过,我仍然怀疑你的分子中是否有三个(或以上)相邻原子近似在一条直线上。如是,则建议直接用直角坐标进行优化,不要使用内坐标或Z矩阵。
6楼2010-11-15 11:24:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +11 kulium 2026-08-21 14/700 2026-08-24 02:12 by 流流伤
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +4 炎黄贵胄 2026-08-22 5/250 2026-08-24 02:09 by 流流伤
[基金申请] 让我中一个面上吧! +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 什么时候开奖? +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见