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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】PM3优化出错：Incomplete coordinate system.
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panwenxiao

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】PM3优化出错：Incomplete coordinate system.

用PM3计算两个分子的相互作用，已经跑了28个点了，报错结束：
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
SLEqS1 Cycle:  5071 Max:0.538619E-09 RMS:0.391054E-10 Conv:0.227262E-10
Incomplete coordinate system.  Try restarting with
Geom=Check Guess=Read Opt=(ReadFC,NewRedundant)
Incomplete coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /home/gauss/g03/l103.exe at Wed Nov 10 03:33:30 2010.
Job cpu time:  0 days  0 hours 46 minutes  2.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     47 Int=      0 D2E=      0 Chk=     30 Scr=      1
不知道是什么原因，还请各位高手帮忙解决一下！急！
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1楼 2010-11-13 20:45:24
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ykwang

金虫 (正式写手)
panwenxiao(金币+1): 2010-11-16 17:25:03
引用回帖:
Originally posted by panwenxiao at 2010-11-15 11:01:08:
试过了，还是不行

正如楼上所建议的，看来你得手动对分子结构作某些微调了。不过，我仍然怀疑你的分子中是否有三个(或以上)相邻原子近似在一条直线上。如是，则建议直接用直角坐标进行优化，不要使用内坐标或Z矩阵。
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6楼2010-11-15 11:24:42
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ykwang

金虫 (正式写手)
★
panwenxiao(金币+1):谢谢参与
可能是内坐标和直角坐标转换时出错，特别是当分子中有三个及以上的原子处在一条直线上时很容易出这类错误。直接按提示做就可以啦。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-13 at 22:02 ]
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2楼2010-11-13 21:57:59
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panwenxiao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-13 21:57:59:
可能是内坐标和直角坐标转换时出错，特别是当分子中有三个及以上的原子处在一条直线上时很容易出这类错误。直接按提示做就可以啦。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-13 at 22:02 ]

试过了，还是不行
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4楼2010-11-15 11:01:08
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
panwenxiao(金币+1):谢谢参与
转自CCL：
http://ftp.ccl.net/chemistry/res ... .003-dir/index.html
Hi Adlane,
The error message indicates that the transformation of Cartesian forces
to internals did not converge (for semiempiricals, the "large
molecular"
iterative transformations are used by default, Opt=Small changes that
but may need more memory and much more CPU time, but no guarantee that
it solves the original problem). This usually means that due to changes
in the molecular geometry the initially built redundant internal
coordinate system should be changed. Building up a new coordinate system
usually helps in such situations (the error message gives this advice).
If the error message came in the first optimization cycle or the adviced
restart did not solve the problem than the internal coordinates should
be examined and some manual modifications can help. If you think that
the automatically generated coordinate system should be manually changed
please add some trivial H-bonds or send me the structure directly and
hopefully I can make the necessary changes. For testing the coordinate
system you can use an MM optimization with the Opt=Large option.
Best wishes,
Ödön
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5楼2010-11-15 11:09:16
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