应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 【求助】md跑几百步之后out文件出现NaN（无报错）
121/1返回列表
查看: 2260  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xk6891

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】md跑几百步之后out文件出现NaN（无报错）

做了一个周期性的模拟，一直困扰我的问题，wavefunction optimize与geometry optimize都做了，而且都收敛了，为了实验收敛条件降低了两三个数量级，为什么跑md时，跑了200，300步之后总是出现NaN的字样，这大概是什么问题，NaN代表什么？？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-12 10:51:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
xk6891(金币+1):谢谢参与
xk6891(金币+2):谢谢专家，哈哈，能给列出一些可能出问题项目么 2010-11-12 18:37:07
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-13 12:06:05
NaN是IEEE中非数的意思，表明体系的能量过高或者某些设置不合理
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-11-12 17:38:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baoer3808

银虫 (小有名气)
★
xk6891(金币+1):谢谢参与
我也遇到的是这个问题
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-11-19 09:46:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-19 13:54:45
引用回帖:
Originally posted by baoer3808 at 2010-11-19 09:46:27:
我也遇到的是这个问题

个人感觉还是优化做的不好或者md的输入文件写的不合理，现在我的已经不NaN了～～但是结果还是不合理
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-11-19 12:59:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baoer3808

银虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-19 21:09:43
我的也不NaN了，可是md过程中温度飙升·····
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-11-19 18:59:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by baoer3808 at 2010-11-19 18:59:00:
我的也不NaN了，可是md过程中温度飙升·····

快好了  加油  呵呵 我温度也飙升
赞一下 回复此楼
6楼2010-11-19 19:37:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hooge

木虫 (正式写手)
★ ★
xk6891(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-21 14:55:49
xk6891(金币+1): 2010-11-21 15:20:11
选用的是什么系综阿？温度是否没有控制呢
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-11-21 14:37:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-21 17:44:28
引用回帖:
Originally posted by hooge at 2010-11-21 14:37:34:
选用的是什么系综阿？温度是否没有控制呢

用的是PARRINELLO－RAHMAN的关键词，msst冲击加载。找到下面对应的是NPT的系综，是因为温度没有设定。但是这个温度的设定不能设为一个定值吧，应该定一个初始温度，这样想对么？？
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-11-21 15:23:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hooge

木虫 (正式写手)
★
xk6891(金币+1): 2010-11-22 10:57:33
zh1987hs(金币+1):谢谢交流 2010-11-22 14:31:29
引用回帖:
Originally posted by xk6891 at 2010-11-21 15:23:47:

用的是PARRINELLO－RAHMAN的关键词，msst冲击加载。找到下面对应的是NPT的系综，是因为温度没有设定。但是这个温度的设定不能设为一个定值吧，应该定一个初始温度，这样想对么？？

系综的意思就是调整外界条件阿，所以压力和温度都需要设定的，除非你用nve系综（等能量），不用调整，温度升高是一定的。但是npt温度不变的，否则不符号统计系综阿。PR好像是调节压力的吧。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-11-22 08:33:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-22 14:31:45
引用回帖:
Originally posted by hooge at 2010-11-22 08:33:05:


系综的意思就是调整外界条件阿，所以压力和温度都需要设定的，除非你用nve系综（等能量），不用调整，温度升高是一定的。但是npt温度不变的，否则不符号统计系综阿。PR好像是调节压力的吧。

先请教一下这个NVE系综，N不用说了应该是不变的，V这个应该也需要限定吧。还有这个能量感觉如何设定啊，这个不变的能量在input文件中应该设定什么不变啊？
PR后面这个好像是常压但是msst技术应当是变压的，稍等我今天再看一看再来。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-11-22 11:19:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happyxiaoya

金虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by baoer3808 at 2010-11-19 18:59:00:
我的也不NaN了，可是md过程中温度飙升·····

你好大侠， 你是怎么处理的，我的也出现NaN，始终不知道怎么解决，想请教一下大侠，谢谢
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2011-12-28 21:20:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

quanta

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-31 17:59:18
多半是数值溢出。
原因：
1.结构不合理。
2.步长过大。
办法：
1.先做最小化
2.减小步长
如果还不行，那么你的参数设置有问题。
赞一下(2人) 回复此楼
12楼2011-12-29 18:49:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xk6891 的主题更新
121/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭