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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 【求助】md跑几百步之后out文件出现NaN（无报错）
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xk6891

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[交流] 【求助】md跑几百步之后out文件出现NaN（无报错）

做了一个周期性的模拟，一直困扰我的问题，wavefunction optimize与geometry optimize都做了，而且都收敛了，为了实验收敛条件降低了两三个数量级，为什么跑md时，跑了200，300步之后总是出现NaN的字样，这大概是什么问题，NaN代表什么？？
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1楼 2010-11-12 10:51:12
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coolrainbow

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★
xk6891(金币+1):谢谢参与
xk6891(金币+2):谢谢专家，哈哈，能给列出一些可能出问题项目么 2010-11-12 18:37:07
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-13 12:06:05
NaN是IEEE中非数的意思，表明体系的能量过高或者某些设置不合理
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2楼2010-11-12 17:38:41
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baoer3808

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
xk6891(金币+1):谢谢参与
我也遇到的是这个问题
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3楼2010-11-19 09:46:27
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xk6891

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-19 13:54:45
引用回帖:
Originally posted by baoer3808 at 2010-11-19 09:46:27:
我也遇到的是这个问题

个人感觉还是优化做的不好或者md的输入文件写的不合理，现在我的已经不NaN了～～但是结果还是不合理
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4楼2010-11-19 12:59:14
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baoer3808

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-19 21:09:43
我的也不NaN了，可是md过程中温度飙升·····
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5楼2010-11-19 18:59:00
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xk6891

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
Originally posted by baoer3808 at 2010-11-19 18:59:00:
我的也不NaN了，可是md过程中温度飙升·····

快好了  加油  呵呵 我温度也飙升
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6楼2010-11-19 19:37:42
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hooge

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★
xk6891(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-21 14:55:49
xk6891(金币+1): 2010-11-21 15:20:11
选用的是什么系综阿？温度是否没有控制呢
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7楼2010-11-21 14:37:34
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xk6891

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-21 17:44:28
引用回帖:
Originally posted by hooge at 2010-11-21 14:37:34:
选用的是什么系综阿？温度是否没有控制呢

用的是PARRINELLO－RAHMAN的关键词，msst冲击加载。找到下面对应的是NPT的系综，是因为温度没有设定。但是这个温度的设定不能设为一个定值吧，应该定一个初始温度，这样想对么？？
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8楼2010-11-21 15:23:47
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hooge

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
xk6891(金币+1): 2010-11-22 10:57:33
zh1987hs(金币+1):谢谢交流 2010-11-22 14:31:29
引用回帖:
Originally posted by xk6891 at 2010-11-21 15:23:47:

用的是PARRINELLO－RAHMAN的关键词，msst冲击加载。找到下面对应的是NPT的系综，是因为温度没有设定。但是这个温度的设定不能设为一个定值吧，应该定一个初始温度，这样想对么？？

系综的意思就是调整外界条件阿，所以压力和温度都需要设定的，除非你用nve系综（等能量），不用调整，温度升高是一定的。但是npt温度不变的，否则不符号统计系综阿。PR好像是调节压力的吧。
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9楼2010-11-22 08:33:05
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xk6891

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-22 14:31:45
引用回帖:
Originally posted by hooge at 2010-11-22 08:33:05:


系综的意思就是调整外界条件阿，所以压力和温度都需要设定的，除非你用nve系综（等能量），不用调整，温度升高是一定的。但是npt温度不变的，否则不符号统计系综阿。PR好像是调节压力的吧。

先请教一下这个NVE系综，N不用说了应该是不变的，V这个应该也需要限定吧。还有这个能量感觉如何设定啊，这个不变的能量在input文件中应该设定什么不变啊？
PR后面这个好像是常压但是msst技术应当是变压的，稍等我今天再看一看再来。
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10楼2010-11-22 11:19:23
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happyxiaoya

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by baoer3808 at 2010-11-19 18:59:00:
我的也不NaN了，可是md过程中温度飙升·····

你好大侠， 你是怎么处理的，我的也出现NaN，始终不知道怎么解决，想请教一下大侠，谢谢
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11楼2011-12-28 21:20:23
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quanta

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-31 17:59:18
多半是数值溢出。
原因：
1.结构不合理。
2.步长过大。
办法：
1.先做最小化
2.减小步长
如果还不行，那么你的参数设置有问题。
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12楼2011-12-29 18:49:53
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