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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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zjchen

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求助2个A问题

解晶体的时候碰到这两个问题,实在头痛,请各位高手指点。

PLAT602_ALERT_2_A VERY LARGE Solvent Accessible VOID(S) in Structure        !
PLAT780_ALERT_1_A Coordinates do not Form a Properly Connected Set          ?

应该怎么解决???
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每天都很痛苦
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zjchen

木虫 (正式写手)

如题

自己先回一个。
第一个应该是溶剂问题吧,第二个是没有配位上去,怎么解决就不知道了。
每天都很痛苦
2楼2010-10-29 20:58:30
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


zjchen(金币+1):谢谢参与
zjchen(金币+5): 恩,用了squeez, 第二个问题也是和你说的一样,谢谢啊! 2010-10-30 00:16:21
第一个问题是不是还有很多Q峰可以加成客体分子如晶格水,溶剂分子? 或者你用了squeez.

第二个问题可能是原子和原子本来该相连的,但你把他们拆开了。 最常见的比如一个金属有6配位, 可是现在只有2个直接相连,而其他四个要通过对称操作才相连。
解决办法, 在xp中 grow, fuse看看, 或Envi, sgen. 这些怎么用,help grow, help fuse,可以看到说明。
xi2004-emuch@163.com
3楼2010-10-29 22:49:55
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fanghua3062

铁杆木虫 (小有名气)


zjchen(金币+1):谢谢参与
zjchen(金币+1): 2010-11-11 18:21:16
zjchen(金币+4): 2010-11-11 18:21:30
不知道你的第二个问题有没有解决,我以前也遇到过这种情况,曾请教别人,方法跟楼上的说的一样,但我不太理解,最后我是把那几个没有相连的原子删掉然后重新精修,就会出现新的Q峰,再重新确认就连接上了。你可以试一下。
4楼2010-11-06 15:38:16
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