应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】Gaussian09作业中断，可否接着断点继续计算？
121/2返回列表12下一页
查看: 3229  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xmdxn

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】Gaussian09作业中断，可否接着断点继续计算？ 已有6人参与

如题。
正在用td-b3lyp优化perylene的激发态，分子是C20H12，基组是6-311+g**，跑频率分析跑了四五天还没有跑出来，恰好又遇到服务器死机。。。
哪位知道Gaussian09的作业中间断掉可不可以接着断点计算啊？小弟裸膝跪拜，不胜感激~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-15 12:50:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
引用回帖:
Originally posted by xmdxn at 2010-10-15 12:50:51:
如题。
正在用td-b3lyp优化perylene的激发态，分子是C20H12，基组是6-311+g**，跑频率分析跑了四五天还没有跑出来，恰好又遇到服务器死机。。。
哪位知道Gaussian09的作业中间断掉可不可以接着断点计算啊？小弟 ...

perhaps not
回复此楼
惺惺相惜情不自禁
2楼2010-10-15 13:22:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xmdxn

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-10-15 13:22:06:


perhaps not

what a pity...
不知道大家有没有用td优化激发态几何构型的经验，做频率分析的速度是不是对基组大小很敏感？我正在考虑换小基组做下去了。。。
赞一下 回复此楼
3楼2010-10-15 16:08:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gougaozhan

至尊木虫 (职业作家)

busy
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zhou2009(金币+1): 2010-10-16 15:59:58
基组6-311+g**太大了，难怪跑不过去
赞一下(2人) 回复此楼
^_^不要生气||要争气，不要看破||要突破，不要嫉妒||要欣赏，不要托延||要积极，不要心动||要行动^_^
4楼2010-10-15 17:37:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xmdxn

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gougaozhan at 2010-10-15 17:37:57:
基组6-311+g**太大了，难怪跑不过去

我现在又换了6-31+g*和6-31g*继续优化和频率分析，激发态的优化很快，一般两个小时就可以做出来，但是频率分析还是要跑很久，目前跑了两千五百分钟还是没有跑出来，不停地出现
                                                                     
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.28021897D+03
                                                                     
                                                                     
**** Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is  0.95046157D-01
                                                                     
这样的循环，the largest alpha MO coefficient is 后面的值基本上在0.28D+03上下浮动，我在想这是进入了无法跑出结果来的循环么？
之前做激发态大家都是用casscf，老师让我用td，也没人有经验，用过的虫友帮帮忙解答一下呗~~
赞一下 回复此楼
5楼2010-10-16 14:27:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
频率没法接着算，死了就自认倒霉吧！
赞一下(1人) 回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
6楼2010-10-16 15:10:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zhou2009(金币+3): 2010-10-16 16:07:10
激发态优化频率用的是数值梯度，计算过程总共需要计算6N＋1次SCF和TD。
N为原子个数，你看看你的输出文件里有多少次SCF Done了？用6N＋1减去这个数字就是还需要跑的次数，大致应该能估算出时间的。

提供一个脚本，可以用来检查激发态频率已经跑了多少步，还需要跑多少步。
CODE:
#!/bin/sh

if [ $# -ne 1 ]
then
        echo "Usage: $0 Gaussian output file"
        exit 1
fi

if [ ! -e $1 ]
then
        echo "$1 not existed!"
        exit 1
fi

scf_iters=`grep "SCF Done" $1 | wc -l`
natoms=`grep "NAtoms" $1 | awk '{print $2}'| head -1`
left_iters=$(($natoms*6+1-$scf_iters))
echo ""
echo "The SCF has runned for $scf_iters cycles"
echo -e "Still need \033[45m\033[5m $left_iters \033[0m cycles"
echo ""

顺便提一下，G09的频率计算绝对可以接着算，前提是保存了rwf文件，具体如何做，请参考说明书上restart关键词的说明。
引用回帖:
Originally posted by xmdxn at 2010-10-16 14:27:36:


我现在又换了6-31+g*和6-31g*继续优化和频率分析，激发态的优化很快，一般两个小时就可以做出来，但是频率分析还是要跑很久，目前跑了两千五百分钟还是没有跑出来，不停地出现
                             ...

赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-10-16 15:11:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xmdxn

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by pwzhou at 2010-10-16 15:11:09:
激发态优化频率用的是数值梯度，计算过程总共需要计算6N＋1次SCF和TD。
N为原子个数，你看看你的输出文件里有多少次SCF Done了？用6N＋1减去这个数字就是还需要跑的次数，大致应该能估算出时间的。

提供一个脚 ...

原来是数值梯度哦。Gaussian09说明书上写的应该是说一阶导为积分的。
谢谢这位虫友，应该可以接着算，利用rwf文件可以的，似乎chk文件也可以。
用ultraedit搜索字符串也可以看出来scf done了几次O(∩_∩)O~编程序的东西我就不大灵光啦
赞一下 回复此楼
8楼2010-10-16 18:18:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zhou2009(金币+1): 2010-10-16 18:36:21
要断点续算，rwf和chk都必须要，缺一不可。
引用回帖:
Originally posted by xmdxn at 2010-10-16 18:18:47:


原来是数值梯度哦。Gaussian09说明书上写的应该是说一阶导为积分的。
谢谢这位虫友，应该可以接着算，利用rwf文件可以的，似乎chk文件也可以。
用ultraedit搜索字符串也可以看出来scf done了几次O(∩_∩)O~ ...

赞一下(2人) 回复此楼
9楼2010-10-16 18:21:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xmdxn

铁虫 (初入文坛)
ls这位虫友，我用6-31g*重新做频率分析，终于跑出来了。我的体系是C20H12，32个原子，但是scf迭代了44次。照6N+1来算，不止44次啊。。。又困惑了，G09的TD频率分析的梯度到底是什么状况哦。。。
赞一下 回复此楼
10楼2010-10-18 15:00:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xmdxn 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 280求调剂 +8 wzzz王 2026-04-09 8/400 2026-04-11 11:56 by zhq0425
[考研] 285求调剂 +8 恶法大二的气味� 2026-04-05 11/550 2026-04-11 11:28 by 紫曦紫棋
[考研] 一志愿211，0703化学305分求调剂 +21 严西西戏 2026-04-06 27/1350 2026-04-11 10:56 by 1028907439
[考研] 352 求调剂 +5 yzion 2026-04-11 5/250 2026-04-11 10:47 by qingpingzhu
[考研] 调剂 +9 只叙离别辞 2026-04-09 11/550 2026-04-11 10:42 by zhq0425
[考研] 085404 293求调剂 +9 勇远库爱314 2026-04-06 10/500 2026-04-11 10:36 by 紫曦紫棋
[考研] 求调剂 +5 电气300求调剂不 2026-04-08 5/250 2026-04-11 10:17 by Delta2012
[考研] 22408调剂求助 +7 毂12 2026-04-09 9/450 2026-04-11 09:23 by 哦哦123
[考研] 本科南方医科大学 一志愿985 药学学硕284分 求调剂 +4 弱水听文 2026-04-09 4/200 2026-04-10 22:01 by doctff
[考研] 求调剂 +5 不会飞的鱼@ 2026-04-10 5/250 2026-04-10 19:07 by chemisry
[考研] 307求调剂 +8 tzq94092 2026-04-10 8/400 2026-04-10 17:33 by 286640313
[考研] 301求调剂 +5 149. 2026-04-10 5/250 2026-04-10 15:45 by 柴小白
[考研] 求 +6 化工专硕323分 2026-04-04 6/300 2026-04-10 10:04 by may_新宇
[考研] 08工学 309分求调剂 +6 Yin DY 2026-04-08 6/300 2026-04-10 09:18 by Delta2012
[考研] 调剂 +19 2261744733 2026-04-08 19/950 2026-04-09 19:11 by vgtyfty
[考研] 一志愿南昌大学，085600，344分求调剂 +11 调剂上岸玘 2026-04-05 12/600 2026-04-08 16:17 by luoyongfeng
[考研] 264求调剂 +11 麦小叮当 2026-04-07 11/550 2026-04-08 16:05 by 一只好果子?
[考研] 软工学硕299求调剂 +6 useryy 2026-04-07 6/300 2026-04-07 09:50 by vgtyfty
[考研] 327求调剂 +4 拾光任染 2026-04-05 4/200 2026-04-05 20:16 by 南航~万老师
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:58 by imissbao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭