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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】Gaussian09作业中断，可否接着断点继续计算？
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xmdxn

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】Gaussian09作业中断，可否接着断点继续计算？已有6人参与

如题。
正在用td-b3lyp优化perylene的激发态，分子是C20H12，基组是6-311+g**，跑频率分析跑了四五天还没有跑出来，恰好又遇到服务器死机。。。
哪位知道Gaussian09的作业中间断掉可不可以接着断点计算啊？小弟裸膝跪拜，不胜感激~
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1楼2010-10-15 12:50:51
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
引用回帖:
Originally posted by xmdxn at 2010-10-15 12:50:51:
如题。
正在用td-b3lyp优化perylene的激发态，分子是C20H12，基组是6-311+g**，跑频率分析跑了四五天还没有跑出来，恰好又遇到服务器死机。。。
哪位知道Gaussian09的作业中间断掉可不可以接着断点计算啊？小弟 ...

perhaps not
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惺惺相惜情不自禁
2楼2010-10-15 13:22:06
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xmdxn

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-10-15 13:22:06:


perhaps not

what a pity...
不知道大家有没有用td优化激发态几何构型的经验，做频率分析的速度是不是对基组大小很敏感？我正在考虑换小基组做下去了。。。
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3楼2010-10-15 16:08:05
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gougaozhan

至尊木虫 (职业作家)

busy
★ ★
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zhou2009(金币+1): 2010-10-16 15:59:58
基组6-311+g**太大了，难怪跑不过去
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^_^不要生气||要争气，不要看破||要突破，不要嫉妒||要欣赏，不要托延||要积极，不要心动||要行动^_^
4楼2010-10-15 17:37:57
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xmdxn

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gougaozhan at 2010-10-15 17:37:57:
基组6-311+g**太大了，难怪跑不过去

我现在又换了6-31+g*和6-31g*继续优化和频率分析，激发态的优化很快，一般两个小时就可以做出来，但是频率分析还是要跑很久，目前跑了两千五百分钟还是没有跑出来，不停地出现
                                                                     
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.28021897D+03
                                                                     
                                                                     
**** Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is  0.95046157D-01
                                                                     
这样的循环，the largest alpha MO coefficient is 后面的值基本上在0.28D+03上下浮动，我在想这是进入了无法跑出结果来的循环么？
之前做激发态大家都是用casscf，老师让我用td，也没人有经验，用过的虫友帮帮忙解答一下呗~~
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5楼2010-10-16 14:27:36
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
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频率没法接着算，死了就自认倒霉吧！
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
6楼2010-10-16 15:10:13
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
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zhou2009(金币+3): 2010-10-16 16:07:10
激发态优化频率用的是数值梯度，计算过程总共需要计算6N＋1次SCF和TD。
N为原子个数，你看看你的输出文件里有多少次SCF Done了？用6N＋1减去这个数字就是还需要跑的次数，大致应该能估算出时间的。

提供一个脚本，可以用来检查激发态频率已经跑了多少步，还需要跑多少步。
CODE:
#!/bin/sh

if [ $# -ne 1 ]
then
        echo "Usage: $0 Gaussian output file"
        exit 1
fi

if [ ! -e $1 ]
then
        echo "$1 not existed!"
        exit 1
fi

scf_iters=`grep "SCF Done" $1 | wc -l`
natoms=`grep "NAtoms" $1 | awk '{print $2}'| head -1`
left_iters=$(($natoms*6+1-$scf_iters))
echo ""
echo "The SCF has runned for $scf_iters cycles"
echo -e "Still need \033[45m\033[5m $left_iters \033[0m cycles"
echo ""

顺便提一下，G09的频率计算绝对可以接着算，前提是保存了rwf文件，具体如何做，请参考说明书上restart关键词的说明。
引用回帖:
Originally posted by xmdxn at 2010-10-16 14:27:36:


我现在又换了6-31+g*和6-31g*继续优化和频率分析，激发态的优化很快，一般两个小时就可以做出来，但是频率分析还是要跑很久，目前跑了两千五百分钟还是没有跑出来，不停地出现
                             ...

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7楼2010-10-16 15:11:09
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xmdxn

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by pwzhou at 2010-10-16 15:11:09:
激发态优化频率用的是数值梯度，计算过程总共需要计算6N＋1次SCF和TD。
N为原子个数，你看看你的输出文件里有多少次SCF Done了？用6N＋1减去这个数字就是还需要跑的次数，大致应该能估算出时间的。

提供一个脚 ...

原来是数值梯度哦。Gaussian09说明书上写的应该是说一阶导为积分的。
谢谢这位虫友，应该可以接着算，利用rwf文件可以的，似乎chk文件也可以。
用ultraedit搜索字符串也可以看出来scf done了几次O(∩_∩)O~编程序的东西我就不大灵光啦
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8楼2010-10-16 18:18:47
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
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zhou2009(金币+1): 2010-10-16 18:36:21
要断点续算，rwf和chk都必须要，缺一不可。
引用回帖:
Originally posted by xmdxn at 2010-10-16 18:18:47:


原来是数值梯度哦。Gaussian09说明书上写的应该是说一阶导为积分的。
谢谢这位虫友，应该可以接着算，利用rwf文件可以的，似乎chk文件也可以。
用ultraedit搜索字符串也可以看出来scf done了几次O(∩_∩)O~ ...

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9楼2010-10-16 18:21:01
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xmdxn

铁虫 (初入文坛)
ls这位虫友，我用6-31g*重新做频率分析，终于跑出来了。我的体系是C20H12，32个原子，但是scf迭代了44次。照6N+1来算，不止44次啊。。。又困惑了，G09的TD频率分析的梯度到底是什么状况哦。。。
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10楼2010-10-18 15:00:11
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