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xmdxn

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】Gaussian09作业中断,可否接着断点继续计算? 已有6人参与

如题。
正在用td-b3lyp优化perylene的激发态,分子是C20H12,基组是6-311+g**,跑频率分析跑了四五天还没有跑出来,恰好又遇到服务器死机。。。
哪位知道Gaussian09的作业中间断掉可不可以接着断点计算啊?小弟裸膝跪拜,不胜感激~
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)

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zhou2009(金币+3): 2010-10-16 16:07:10
激发态优化频率用的是数值梯度,计算过程总共需要计算6N+1次SCF和TD。
N为原子个数,你看看你的输出文件里有多少次SCF Done了?用6N+1减去这个数字就是还需要跑的次数,大致应该能估算出时间的。

提供一个脚本,可以用来检查激发态频率已经跑了多少步,还需要跑多少步。
CODE:
#!/bin/sh

if [ $# -ne 1 ]
then
        echo "Usage: $0 Gaussian output file"
        exit 1
fi

if [ ! -e $1 ]
then
        echo "$1 not existed!"
        exit 1
fi

scf_iters=`grep "SCF Done" $1 | wc -l`
natoms=`grep "NAtoms" $1 | awk '{print $2}'| head -1`
left_iters=$(($natoms*6+1-$scf_iters))
echo ""
echo "The SCF has runned for $scf_iters cycles"
echo -e "Still need \033[45m\033[5m $left_iters \033[0m cycles"
echo ""

顺便提一下,G09的频率计算绝对可以接着算,前提是保存了rwf文件,具体如何做,请参考说明书上restart关键词的说明。
引用回帖:
Originally posted by xmdxn at 2010-10-16 14:27:36:


我现在又换了6-31+g*和6-31g*继续优化和频率分析,激发态的优化很快,一般两个小时就可以做出来,但是频率分析还是要跑很久,目前跑了两千五百分钟还是没有跑出来,不停地出现
                             ...

7楼2010-10-16 15:11:09
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)

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zhou2009(金币+1): 2010-10-16 18:36:21
要断点续算,rwf和chk都必须要,缺一不可。
引用回帖:
Originally posted by xmdxn at 2010-10-16 18:18:47:


原来是数值梯度哦。Gaussian09说明书上写的应该是说一阶导为积分的。
谢谢这位虫友,应该可以接着算,利用rwf文件可以的,似乎chk文件也可以。
用ultraedit搜索字符串也可以看出来scf done了几次O(∩_∩)O~ ...

9楼2010-10-16 18:21:01
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)


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应该是由于你的体系有对称性,6N+1指的是无对称性的分子。
如果是解析梯度,只用做一圈SCF就行了,你看看基态频率计算的输出文件就知道了。
引用回帖:
Originally posted by xmdxn at 2010-10-18 15:00:11:
ls这位虫友,我用6-31g*重新做频率分析,终于跑出来了。我的体系是C20H12,32个原子,但是scf迭代了44次。照6N+1来算,不止44次啊。。。又困惑了,G09的TD频率分析的梯度到底是什么状况哦。。。

11楼2010-10-18 18:03:45
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