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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】DS中如何导入化合物小分子啊
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xppcomeon

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[交流] 【求助】DS中如何导入化合物小分子啊 已有12人参与

DS中如何导入化合物小分子啊，可以用chemoffice画好后导入吗？还是必须在DS中画？那怎么画呢，看到三维界面分子画图，好像很麻烦
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1楼 2010-10-12 19:11:51
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mike0601

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-13 10:16:10
在chem3D中画完可以存成pdb或其他DS能识别的格式，然后再导入到DS中
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2楼2010-10-12 22:06:28
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
多谢楼上，试试
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3楼2010-10-12 22:38:57
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zhujinlian

银虫 (初入文坛)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-30 16:09:34
引用回帖:
Originally posted by xppcomeon at 2010-10-12 19:11:51:
DS中如何导入化合物小分子啊，可以用chemoffice画好后导入吗？还是必须在DS中画？那怎么画呢，看到三维界面分子画图，好像很麻烦

可以再Moe软件中画好，或者是chemoffice中画好，保存为pdb或者mol12格式
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4楼2010-10-15 13:39:33
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xppcomeon

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引用回帖:
Originally posted by zhujinlian at 2010-10-15 13:39:33:

可以再Moe软件中画好，或者是chemoffice中画好，保存为pdb或者mol12格式

谢谢了
添加到ds后，在对接前还要添加力场进行优化吧，可否知道下主要进行哪些优化吗
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5楼2010-10-30 14:39:19
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zhujinlian

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-17 13:05:53
引用回帖:
Originally posted by xppcomeon at 2010-10-30 14:39:19:

谢谢了
添加到ds后，在对接前还要添加力场进行优化吧，可否知道下主要进行哪些优化吗

可以先进行Steepest Descent优化然后再用Conjudate Gradient优化
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6楼2010-11-16 18:52:06
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chongchong11

至尊木虫 (著名写手)

Senior Engineer
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-17 13:06:00
其他的化学常用软件画好后存为pdb ，mol ，mol2 。等等然后import就行了啊、。。
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Nature+Science=Wisdom
7楼2010-11-17 00:12:50
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xppcomeon

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引用回帖:
Originally posted by zhujinlian at 2010-11-16 18:52:06:

可以先进行Steepest Descent优化然后再用Conjudate Gradient优化

恩，好像很多人用MM2
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8楼2010-12-13 20:03:47
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lixiaolin530

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
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zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-15 22:29:47
优化可以在chem3D里先做  也可以在DS里Conjudate Gradient优化
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上联:沉默是金,下联:吃苦是福,横批:忍
9楼2010-12-15 15:15:54
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matvey

金虫 (正式写手)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-25 23:07:09
画好之后直接复制过去就行
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10楼2010-12-24 17:25:13
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