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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
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lsmmaomao

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
高手你好！！我有一个问题急需向您请教！
我最近在用gromacs做钙离子通道部分片段的模拟，首先请问这个软件是不适合这种体系？
在我开始建立top文件的时候，我input从网上下载的PDB文件，用pdb2gmx命令生成top 和gro文件的时候，出现了这样的报错：
Fatal error:
Chain identifier 'A' was used in two non-sequential blocks (residue 484, atom 3852)
我的PDB号码是：2BE6.PDB（钙离子通道IQ域）
另外，这个区域还有一个较低分辨率的pdb文件2VAY.pdb。运行的时候同样会出现这个报错！！
这样是不是说明是这个蛋白质域本身的结构问题？（注：我这个结构有三条链，其中一条是通道阿尔法链的一小段，另外两条是与这条链结合的一个钙调蛋白的两条链）
我在网上查到这个错误的说明：Chain identifier 'X' was used in two non-sequential blocks
This means that within the coordinate file fed to pdb2gmx, the X chain has been split, possibly by the incorrect insertion of one molecule within another. The solution is simple: move the inserted molecule to a location within the file so that it is not splitting another molecule.
This message may also mean that the same chain identifier has been used for two separate chains. In that case, rename the second chain to a unique identifier.
但是我发现它报错的原子编号前后并未出现他所描述的问题呀！！
从PDB的文本文档中看出，好像是有几处链有交叉的情况，我试着调了一下：
我把2VAY.pdb中hetatmA B链交叉的部分顺序调整后，把编号按递增顺序编好，又运行了一下，还是出现上文中同样的问题！！
我现在不知道该怎么办！！急求大侠帮助！！！
这个问题就结了很久了！！！很急！！！
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41楼2011-03-14 11:45:01
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lan626

银虫 (正式写手)
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你好，想请问你，Namd可以把多个相同的分子放到一个盒子中吗？如并三苯，我现在有一个并三苯的pdb，psf文件，怎么把几百多个并三苯分子放到一个盒子中，不胜感谢哈
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选择了后悔就不要后悔选择......
42楼2011-03-18 19:23:41
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zgxjlx

木虫 (小有名气)
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引用回帖:
Originally posted by lsmmaomao at 2011-03-14 11:45:01:
高手你好！！我有一个问题急需向您请教！
我最近在用gromacs做钙离子通道部分片段的模拟，首先请问这个软件是不适合这种体系？
在我开始建立top文件的时候，我input从网上下载的PDB文件，用pdb2gmx命令生成top  ...

本来是问bay的，我插个话，我下了2BE6.PDB这个文件，用GMX451做了pdb2gmx，没有发现这个问题啊，倒是有missing atoms不少，重新下载一下吧，是不是用错文件了
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43楼2011-03-24 18:26:10
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ruthxu

金虫 (正式写手)
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楼主我想问一下什么叫做蛋白质的可及表面积？
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Betterlatethannever!
44楼2011-04-12 10:39:06
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无色无味

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Bay神一定要赐教啊 本人simulation初入 组内无人做这个方向 请高人们不吝收徒 感激不尽~
切入正题： simulation的方向是biophotonics， 想用分子模拟研究超短脉冲光对细胞类磷脂膜的穿孔效应（Photoporation）， 相应在生物上的应用叫光转染（phototransfection），查了一些资料，有关穿孔效应的，一些使用电场的张力效应加以模拟的，不过都是好几年前的老文章了。近期都是用MS的方法直接模拟，不过所有的模拟（simulation）都是在研究电穿孔（electroporation） 关于脉冲光场的一点也没有。。。因为之前没有任何模拟经验 手足无措。。。
脉冲是100飞秒左右 80Mhz的大功率场 目前所有工作都是模拟plasma效应的 中间的电反应肯定也有非线性的效应  不知道现有的MS软件能否胜任？ 查处的MS软件做电穿孔的主要是NAMD

NAMD合适我的情况么？ 如果可行这个电场要如何通过力场耦合到膜上~
新人能力有限只能伸手 有朝一日一定回报社会~~
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liveontheplanet
45楼2011-07-08 15:03:59
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
专家，您好！
我想请教一下关于膜模拟过程中，用gromacs 如何实现zero tension simulation？
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Betterlatethannever!
46楼2011-08-25 19:37:39
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请问专家，用gromacs如何实现 zero tension simulation，然后进行膜弹性模量的测定
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Betterlatethannever!
47楼2011-09-01 19:20:07
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jiangdafa

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
版上各位大牛，最近想学NAMD，这个软件和autodock有什么最大的不同，近来发现autodock的局限性太大了
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48楼2013-01-29 12:12:33
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mumun

新虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我是菜鸟，刚开始学习。请问如果PDB文件中原子跟力场文件中原子名称不同，如何修改自己的PDB文件使其与力场文件中的原子名称一致？我是在构建PSF文件时提示出错的。
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49楼2013-09-05 15:05:43
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红颜不美

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好，我在运行NAMD时提示如下错误：version conflict for package "Tcl": have 8.5.7, need exactly 8.3
这是怎么回事？求大神解答
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计算模拟biubiu
50楼2015-03-25 09:33:22
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