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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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[交流]
【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道已有19人参与
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本贴应ghcacj 版主邀请建立 讨论namd/vmd,gmx等软件处理水溶液,蛋白,磷脂等生化体系的模型构建及MD 模拟 讨论水在纳米通道,如AQPs,CNT,PNT,GA等,中结构及传输的理论及模拟研究 本学年面临毕业及升学,可能抽不出很多时间处理论坛的事务 本贴中不及时的回复请见谅 [ Last edited by ghcacj on 2010-10-12 at 10:10 ] [ Last edited by bay__gulf on 2010-11-25 at 13:01 ] [ Last edited by bay__gulf on 2011-2-6 at 08:45 ] |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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高手你好！！我有一个问题急需向您请教！ 我最近在用gromacs做钙离子通道部分片段的模拟，首先请问这个软件是不适合这种体系？ 在我开始建立top文件的时候，我input从网上下载的PDB文件，用pdb2gmx命令生成top 和gro文件的时候，出现了这样的报错： Fatal error: Chain identifier 'A' was used in two non-sequential blocks (residue 484, atom 3852) 我的PDB号码是：2BE6.PDB（钙离子通道IQ域） 另外，这个区域还有一个较低分辨率的pdb文件2VAY.pdb。运行的时候同样会出现这个报错！！ 这样是不是说明是这个蛋白质域本身的结构问题？（注：我这个结构有三条链，其中一条是通道阿尔法链的一小段，另外两条是与这条链结合的一个钙调蛋白的两条链） 我在网上查到这个错误的说明：Chain identifier 'X' was used in two non-sequential blocks This means that within the coordinate file fed to pdb2gmx, the X chain has been split, possibly by the incorrect insertion of one molecule within another. The solution is simple: move the inserted molecule to a location within the file so that it is not splitting another molecule. This message may also mean that the same chain identifier has been used for two separate chains. In that case, rename the second chain to a unique identifier. 但是我发现它报错的原子编号前后并未出现他所描述的问题呀！！ 从PDB的文本文档中看出，好像是有几处链有交叉的情况，我试着调了一下： 我把2VAY.pdb中hetatmA B链交叉的部分顺序调整后，把编号按递增顺序编好，又运行了一下，还是出现上文中同样的问题！！ 我现在不知道该怎么办！！急求大侠帮助！！！ 这个问题就结了很久了！！！很急！！！ |
41楼2011-03-14 11:45:01
ghcacj
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阿超
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2楼2010-10-12 10:11:03
jhonsmith001
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3楼2010-10-15 14:18:06
bay__gulf
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lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
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首先保证轨迹中只有1个cluster, 多个cluster 间的平均是没有意义的 该步可使用gmx 的g_cluster 或vmd 的cluster plugin (自己安装,见 http://physiology.med.cornell.ed ... mdplugins/cluster/) 至于如果求平均构象, 这个看所谓"平均构象"的定义吧 一个容易想到的方法是 对各个原子的xyz逐frame 求平均,这个比较简单在vmd 中很容易实现 g_cluster 也可以直接做, 好像也是这个方法 但该方法 is unphysical and difficult to interpret 如果得到一个结构, 它的bonding informations, 主要是二面角是轨迹各个frame 要好些 也就是基于内坐标的平均 算法较复杂, 或许有一些数学上的工具可以直接处理, 这个我就不知道了 |
4楼2010-10-15 15:26:55